PROSITE entry PS51295

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51295
Entry name [info]	CRM
Accession [info]	PS51295
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-FEB-2007 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC01005
Associated ProRule [info]	PRU00626

Name and characterization of the entry

Description [info]

CRM domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=97;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=92;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6734837; R2=0.0058687; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1164; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=772; N_SCORE=6.2; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-15; D=-100; I=-100; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;

...

                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='M';  M=-19,-52,  9, 34,-40,-49,-37, -1,  3,  8, 62,-18, 34,-30, -6,-10, -4,-20, 12,-39;
/M: SY='M';  M=-10, 20,-37, 13,-47,  3,-40,  3, 19,-26, 35,-17, 32,-17, 18, -7, 29,-26,-55,-43;
/M: SY='L';  M=-43,-47,-61,-53,  7,-61,-45, 16,-53, 70, 47,-57,-16,-47,-51,-52,-39, -3,-47,-28;
/M: SY='T';  M=-13,-45,  9, 14,-50,-21,-37,-46, -8,-49,-43,  6, 21,-12,-15, 45, 59,-40,-59,-21;
/M: SY='S';  M=-10,-49, 13, 17,-22, 26,-38,-21, 15,-36,-23, 20, 15,-30,-20, 27,  9,-15,-56,-44;
/M: SY='K';  M=  0,-52,  7, 41,-23,-19,  9,-50, 47,-48,  5,  4, -8, 14,  5, -9,-12,-34, 13,-40;
/M: SY='Q';  M=-26,-57,-13, 69,-55,-48,-30,-35,  3,-25,-18,-15,-39, 76, -8,-31,-28,-36, 13,-42;
/M: SY='R';  M=-15,-50,-42,-34,-40,-31, -9,  3, 37, 17, -6,-17,-48, -5, 52,-10,  5,  2,-53,-38;
/M: SY='R';  M= -5,-51,-23, -8,-46,-46,  4,-30, 48,-24,-37,-14,-45, 12, 57, -5, 17,-22,-51, -2;
/M: SY='Y';  M= -5,-14,  5, 26, 20,-48, 22,-10,  7,-38,  2,-18,-47, 13, 42,-19,-38,-40,-39, 48;
/M: SY='L';  M=-42,-47,-56,-21,  8,-59,-42, -6,-49, 71, 42,-54,-23,-43,-29,-30,-25,-19,-46,-14;
/M: SY='R';  M=-20,-57,-18,-27,-50,-51,-32,-16, 39,-34,-38,-32,-49,  1, 90,-36,-39,-31,-52,-39;
/M: SY='S';  M= 21,-47,-22,-21,-52, 15,-37,-48, 29,-49,-17, 10,-17,-17, 34, 37,  4,-23,-55,-44;
/I:         I=-24; MI=0; MD=-61; IM=0; DM=-61;
/M: SY='L';  M=-17,-51,-42,  6,-37, -6,-15, 21, 24, 27, 23,-39,-48, 21, 18,-30,-23,  6,-52,-37;
/M: SY='A';  M= 60,-44, -8,-39,-23, 48,-16,-48,-17,-39,-41,-17,-44,-37,-43, -5,-11,-39,-50, -8;
/M: SY='H';  M=-21,-51,-38,-24, -6,-35, 97,-14,-34, 10, 24,  5,-49,-18, 13, -8, -2,-16,-56,  9;
/M: SY='H';  M= -5,-51, 29,  5,-49,-11, 60,-48, 24,-24,-39, -2, -9, -2, 16,  4, 20,-28,-59,-18;
/M: SY='L';  M=-30,-14,-28,-30,-27,-38,-41, 12,-11, 54, 46,-10,-52,-22,-13, -7,  0, -6,-52,-34;
/M: SY='K';  M= -9,-53,  3, 18,-52,-44,-16,-46, 54,-28,-14, 18, 41, -5, 16,-10,-13,-20,-55,-44;
/M: SY='P';  M=  4,-57,-24,-11,-53,-44,-43,-12, -8,-37,-39, -8, 94,-13, -5,-15,-18,  0,-56,-51;
/M: SY='V';  M=-24,-49,-16,-27,-18,-41, 24, 33,  0,  8,-24,-39,-49, -6,  2,-11, 18, 35, 29,  1;
/M: SY='V';  M=-19,-10,-58,-52, 32,-58,-52, 38,-50, 17, 30,-51,-27,-29,-51,-43,  1, 55,-49,-28;
/M: SY='W';  M= -3,-50,-38,-33,-26,-44,  0,  4, 16, -6, 29, 30,-20, 39, 21, -5,  5,-14, 55,-34;
/M: SY='I';  M=-27,-48,-58,-35,-17,-61,-55, 62,-51, 27, 10,-53,-22,-49,-54,-46,-14, 51,-54,-34;
/M: SY='G';  M= -5,-53,-25,-47,-59, 88,-46,-64,-28,-60,-50,-28, -4,-41,-11,-26,-23,-57,-51,-53;
/M: SY='K';  M=-21,-54, -3,-16,-53, -8,-33,-53, 72,-52,-42, -5, -7, 18, 41,-19,-23,-33,-50,-15;
/M: SY='N';  M= 18,-48, 16, 12,-50, -4,-11,-51,  4,-41,-43, 63,-45, 12, 15, 19,-29,-47,-56, -4;
/M: SY='G';  M=-27,-53,-18,-48,-57, 89,-45,-63,-41,-44,-49,-13,-45,-41, -1,-19,-25,-58,-51,-52;
/I:         I=-14; MD=-35;
/M: SY='V';  M=-38,-48,-58,-34,-11,-62,-52, 25,-50, 43,  5,-55,-57,-18,-29,-30,-35, 55,-54,-16; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-35; IM=0; DM=-35;
/M: SY='T';  M=-24,-42,-27,-40, 17,-34,-39, -1,-27, -4,-31,  9,-43,-39,-42, 16, 77,-28,-49, 21;
/M: SY='D';  M=-22,-14, 55, 52,-34, -9,  8,-54,-10,-52,-46,-26, 18, 45, -6,-20,-23,-33,-59,-44;
/M: SY='G';  M= 25,-45,-18,-15,-51, 42,-38,-32,-14,-31,-42, 40,-25,-22,-40, 39,  0,-24,-57,-47;
/M: SY='V';  M=-19,-45,-59,-53,  4,-59,-53, 22,-51, 31, 25,-54,-55,-50,-51,-44, -9, 65, 21,-17;
/M: SY='I';  M=  4,-46,-58,-52,-17,-57,-53, 52,-40, 33, 22,-52,-53,-47,-36,-43,-14, 47,-53,-34;
/M: SY='E';  M= 11,-51, 18, 51,-54, -3,-34,-36, 16,-26,-41, 17, -4, 22,  1,-11,-11,-25,-56,-46;
/M: SY='E';  M= 19,-51,-11, 65,-56,-13,-31,-52, -6,-49,  2, 25,-39, 38, -1,  8,-32,-47,-56,-46;
/M: SY='I';  M=-18,-49,-60,-55,-14,-61,-53, 68,-52, 26, 47,-52,-52,-48,-53,-46,-17, 36,-52,-32;
/M: SY='H';  M=-20,-53, 41, 28,-49,-46, 69,-29, 31,-16,-37, 18,-44, -5, 15,-25,-35,-13,-62,-36;
/M: SY='E';  M=-17,-52, 31, 36,-26, -4, -2,-36, 20, -6, -1, 10,-44,  9, 32,-12,-13,-28,-56,-40;
/M: SY='H';  M= 45,-20,-38, -9,-47,-39, 56,-41, -4,  1,  2,-32,-45, 50,  3, -5,  1,-37,-55,-36;
/M: SY='W';  M=-47,-54,-67,-56, 28,-58,-54, 14,-53, 55, -5,-62,-58,-49,-52,-55,-46,-25,122,-16;
/M: SY='E';  M= -5,-52, 15, 53,-52,-36,-33,-50, 45,-14,-41, 10,-40, 10, 17, -8, -5,-46,-55,-44;
/M: SY='K';  M= 18,-48, 22,-13,-23,-43, 22,-28, 43,-32,-37,-21,-44,-13, 11,  2, 19, 12,-55,-17;
/M: SY='H';  M=-22, 12,  2, -8,-50,-20, 93,-58,  2,-50,-39, 19,-47,-23, 54, 10,-24,-53,-64,-31;
/I:         I=-30; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='E';  M=-25,-56, -6, 89,-57,-19,-32,-56,  2,-26,-45,-33,-17,  1, -7,-12,-36,-50,-56,-48;
/M: SY='L';  M=-20,-45,-59,-53,-22,-60,-49, 28,-53, 66, -9,-56,-57,-48,-52,-48,-10, 31,-51,-32;
/M: SY='V';  M= 16, -8,-58,-53,-30,-56,-58, 59,-51,  4,-18,-52,-52,-50,-54,-41,-31, 61,-56,-37;
/M: SY='K';  M=-39,-54,-33,-20,-54,-33,-34,-38, 90,-51,-14,-26,-41, -2, 33,-34,-24,-49,-49,-41;
/M: SY='V';  M=-35,-17,-61,-56,-27,-47,-59, 62,-53, 16, -2,-54,-54,-52,-55,-46,-32, 65,-56,-35;
/M: SY='K';  M= -1, -7, 11,-16,-32,-44,-19,-15, 65,-37,-40,  6,-44,-22, 44, -4, -9,-43,-53,-41;
/M: SY='C';  M=-20, 62,-59,-55, 33,-58,-54, 44,-51, 10, 23,-50,-55,-52,-53,-31,-12, 43, 15,-29;
/M: SY='L';  M=-15,-49, -7, -4,-18, -9, 32,-32, 32, 34, -7, 14,-21, -2, -2,-14,-18,-16,-53,-35;
/I:         I=-22; MD=-57;
/M: SY='Q';  M=-12,-55,  6, 14,-55, 29, -3, -5, 15,-49,-41,  3,-12, 42, 33, -8,-26,-32,-55,-44; D=-22;
/I:         I=-22; MI=0; MD=-57; IM=0; DM=-57;
/M: SY='N';  M=  8,-48, 16,  6,-12,-14,-38,-13,  0,  1,-10, 26, 12,-33,-15, 13, -1, 12,-55,-18;
/M: SY='E';  M= -4, 34, 29, 36,-32,-13,-37,-32, -6,-15,-40,-22, 23, 16,-17, 21,  2,-27,-56,-17;
/M: SY='R';  M=-13,-12,-16, 10, -8, 17,-35,-32, 11,-19,  6, 22, 21,-28, 49, -8,-12,-32,-53,-41;
/M: SY='E';  M= -7,-50, 26, 42,-44,  0,-11, -3, -3,  2, 27,-31,-42,-28, -3, 10,  8,-13,-56,-30;
/M: SY='D';  M=-21,-13, 71, 29,-34,-29,-32,-39,-16,-45,-27, 36, -1,  3,-10,-21, 18,-39,-65,-45;
/M: SY='R';  M=-31, -4,-44,-36,-21,-50,-36,  4, 23, -7, 52, -6,  7,-29, 57,-11,-17,  5,-50, -1;
/M: SY='K';  M=  2,-53, 33, 34,-32,-45,  1,-31, 52,-28,-40,-19,-42, 24, 22,-24,-16,-33,-55,-41;
/M: SY='E';  M= 10,-52,  0, 56,-52,-25, -2,-37, 19,-34,-23,  3,-29, 19, 31,-11, -5,-36,-54,-21;
/M: SY='M';  M= 12,-46,-54,-49, -5,-52,-47, 51,-47, 17, 57,-21,-49,-27,-49,-38, 15, 23, -9,-14;
/M: SY='A';  M= 55, 27,-46,-42,-29,  8, 33, 20,-32,-16, -6,-38,-47,-18,-27, -6,-26,-15,  6,-11;
/M: SY='E';  M= 19,-50, 21, 56,-31,-42, -7,-45, 17,-28,-20,  5,-40,-12, -7,  8,-15, -9,  8,-42;
/M: SY='Q';  M= -2,-51, -5, 31, -8,-36,  0,  6, 31,-14, -7,-15,-43, 37, 14,-16,  4,-11,-51,-23;
/M: SY='L';  M=-40,-47,-61,-55,-22,-62,-51, 52,-54, 59, 14,-56,-56,-48,-53,-30,-36, 26,-51,-32;
/M: SY='C';  M= 35, 60,-32, 43,-51,-42,-39,-34, 25,-26,-17,-35,-27,  6,  4, -8,-11,-18,-56,-46;
/I:         I=-19; MD=-47;
/M: SY='E';  M=  1,-51, 30, 47,-24, -6,-19,-31,  3,-33,-41, -5,-42, 12, 10, -8, 17,-13,-56,-21; D=-19;
/I:         I=-19; MD=-47;
/M: SY='K';  M= 14,-50,-23, 16,-43,-37,-16, -9, 44,  6,  8,  7,-46, -7, 16,-11,-19,-23,-52,-14; D=-19;
/I:         I=-19; MI=0; MD=-47; IM=0; DM=-47;
/M: SY='T';  M=-14,-14,-39,-19,-38,-25,-42,-11,-17, 12,-29, -6,-44,-22,-20, 32, 60, 18,-58,-24;
/M: SY='G';  M=-32,-53, 11,-26,-24, 62,-38,-55,  3,-28,-45, 23, 16,  7, 12,  3,-37,-53,-53,-46;
/M: SY='G';  M= 43, 42,-41,-25,-32, 45, -5,-23,-41,-29,-40,-32,-45,-13,-45, 34,-30,-16,-54,-45;
/M: SY='E';  M= -6,-49, -5, 43,-19,-49,-19, 12,  1,  1,-30,-36,-44, 12,-10,  6,  8, 24,-54,-23;
/M: SY='L';  M=-32,-48,-55,-39, -9,-46,-11, 26,-46, 48, -2,-52, 22,-46,-10,-34,-27, 41,-52,-34;
/M: SY='V';  M= -2,-46,-56,-52,-31,-34,-57, 56,-48,-10, -3,-49,-52,-48,-29,-13,-16, 65,-57,-37;
/M: SY='Q';  M=-26,-55, 20,  2,-27, -8, 20,-49,-26,-21,-39,  1,-45, 76,  0, 25,-16,-49, 60,-17;
/M: SY='V';  M=-15,-48,-47,-40, 26,-51, 18, 15, -2,-19,  2,-39,-50,  4, 36,  6,  4, 41,-51,-30;
/M: SY='I';  M=-39,-53,  6,  2,-37,-53, -8, 59,  3, -5,  0,  5,-47,-14, 32, -5,-19, -7,-54,-37;
/I:         I=-24; MI=0; MD=-61; IM=0; DM=-61;
/M: SY='G';  M=-13,-52,-17,-28,-54, 82,-42,-42, -9,-57,-48, 16,-23,-39,-46,-15,-40,-36,-51,-17;
/M: SY='N';  M=-25,-52,-11, 18,  2,-12, 34,-30, 30,-48,-40, 43,-45,-15, 43,  5,-14,-47,-50,  7;
/M: SY='T';  M=-16,-45,-22,-39,-20,-48,-43, 26,  0, -6,  7, -4,-45,  8,-16,  9, 50, 28,-55,-16;
/M: SY='I';  M= 16,-48,-55,-50, 18,-27,-16, 52,-29, 28, -1,-49,-52,-33,-49,-41,-25, 24,-45,  6;
/M: SY='V';  M=-35,-46,-11,-49, -3,-59,-54, 44,-30, 29,-17,-49,-53,-49,-50,-30,  1, 59,-55,-34;
/M: SY='L';  M=-33,-48,-60,-54, 27,-62,-47, 46,-52, 54,  7,-55,-57,-21,-51,-50,-37, 18,-42, 13;
/M: SY='Y';  M=-26,-57,-50,-17, 53,-54, -7,-18,-43,-24,-29,-50,-57,-15,-42,-44,-44,-37, 81,100;
/M: SY='R';  M=-42,-57,-19,-26,-52,-52,-31,-54, 42,-38,-40,-31,-49,-18, 94,-36,-22,-33,-52,-40;
/M: SY='G';  M=  0,-23,-38,  4,-27, 52,-41,-12, 12,-50,-42,-16, 46,  7, 19,-31,-38,-31,-51,-47;
/M: SY='N';  M=  7,-47,-16,-22,-33,-15, 16,-48, 31,-50,-17, 45,-45,-25, 30, 44,-27,-23,  6,-40;
/M: SY='P';  M=-18, -5, 33, 27,-52,-14,-33,-28,  4,-39,-44, 38, 47, -4, 11,  7,-32,-29,-58,-16;
/M: SY='Y';  M= -9,-53, 10, 27,  2, -7,-30,-44, 28,-43,-38,  7,-17, -4, -6,-13, -7,-19, 14, 61;
/M: SY='W';  M= -2, -4, 11, 11,-45,-15,-36,-33, 33,-16,-39, 16, 18, 11, 20,-11,-12,-22, 39, -1;
/M: SY='P';  M=-29,-21,  5, 22,-45,-23,-35,-42,  8,  2,-37, 14, 51,  3, 25,  6,-10,-22,-53, -2;
/M: SY='P';  M= -5,-52,-34, 11,-47,-44,  4, -2, 33,-37,-37, 11, 49, 12, 15, -2, 12,-17,-53, -5;
/M: SY='I';  M=  1,-13,-25, 11, -8,-11,-39, 27, 12,-10,-31,-23, -4, 26,  8,  3, -4, -8,-47, 11;
/M: SY='K';  M=-30,-49,-10,-15,-22, -5, 17,-23, 39, 21,-29,  1,-47,  8, 14,  2,  4,  6,-54,-37;
/M: SY='P';  M=-21,-50,-22, -8,-24,-38,-40, 12,  4, 20, 18,-21, 36,  0, 11, 24, -4, -2,-53,-39;
/M: SY='P';  M= -9, -3, -5,  1,-30,-43, -4,  0,  1,  0,-15, 15, 40, 12, 13, 25,-11,-29, 10,-40;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	55 in 28 different sequences
Number of true positive hits	55 in 28 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	4
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	CRM
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

28 sequences

CAF1M_ARATH (Q8VYD9), CAF1M_ORYSJ (Q6Z4U2), CAF1P_ARATH (Q9SL79),

CAF1P_MAIZE (Q84N49), CAF1P_ORYSJ (Q5VMQ5), CAF2M_ARATH (Q9FFU1), 
CAF2M_ORYSJ (Q0J7J7), CAF2P_ARATH (Q9LDA9), CAF2P_MAIZE (Q84N48), 
CAF2P_ORYSJ (Q657G7), CFM2_ARATH  (Q8L7C2), CFM3A_ARATH (F4J2U9), 
CFM3B_ARATH (F4JVH1), CFM3_MAIZE  (A7XN92), CFM3_ORYSJ  (Q2R1U8), 
CFM9_ARATH  (Q9LT57), CRS1_ARATH  (Q9LF10), CRS1_MAIZE  (Q9FYT6), 
CRS1_ORYSJ  (Q6YYA3), Y1333_HAEIN (P71376), Y3544_ARATH (Q67XL4), 
Y4753_PSEAE (P95453), Y652_METJA  (Q58068), YHBY_ECO57  (P0AGK6), 
YHBY_ECOL6  (P0AGK5), YHBY_ECOLI  (P0AGK4), YHBY_SHIFL  (P0AGK7), 
YQEI_BACSU  (P54454)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

2 PDB

1JO0; 1LN4