PROSITE entry PS51074

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51074
Entry name [info]	DPH_MB
Accession [info]	PS51074
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51074
Associated ProRule [info]	PRU00456

Name and characterization of the entry

Description [info]

DPH-type metal-binding (MB) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=57;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=52;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5419047; R2=0.0187807; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2564.2028809; R2=1.9955882; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=451; H_SCORE=3464; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=211; H_SCORE=2985; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F';  M= -7,-19,-17,-21,-20,  2,-10,-16, -3,-20, -9, -6,-14,-25,-19,-22, -9, -7, -1,-11, -1,-20;
/M: SY='Y';  M= -8,-18,-17,-17,-13,  0,-24, -2, -5,-15, -1, -4,-14,-23,-11,-16,-11,-12, -6,-14,  9,-14;
/M: SY='D';  M= -8, 16,-25, 27, 15,-26,-13,-11,-23, -5,-26,-19,  1,-12,  1,-11,  2, -6,-21,-34,-24,  8;
/M: SY='E';  M= -8, -5,-27,  0, 18,-20,-24, -8,-10, -3,-13, -8, -8,-15,  6, -9, -4, -6, -5,-28,-15, 14;
/M: SY='I';  M= -6,-26,-13,-27,-21, -1,-31,-21, 21,-21,  8,  6,-24,-24,-18,-25,-15, -5, 21,-23, -4,-20;
/M: SY='E';  M= -7,  6,-23,  8, 16,-25,-15, -2,-25,  4,-25,-16,  5,-13,  6, -1,  7, -2,-21,-29,-17, 12;
/M: SY='L';  M= -9,-31,-13,-31,-23, -4,-36,-26, 18,-17, 24, 12,-25,-27,-18,-18,-16, -9, 11,-25,-12,-23;
/M: SY='E';  M=-11, 17,-32, 26, 28,-29,-15, -5,-27,  4,-30,-21,  4,-11,  9, -5,  1, -8,-22,-34,-23, 20;
/M: SY='D';  M=-14, 23,-31, 38, 22,-29,-14,-10,-28, -6,-33,-24,  3, -4,  3,-15, -1,-10,-24,-37,-27, 13;
/M: SY='F';  M=-14,-28,-15,-29,-24, 21,-30,-16,  4,-18, 10, 18,-21,-29,-15,-17,-14,-11, -1, -6,  5,-20;
/M: SY='E';  M= -8,  3,-29,  8, 23,-24,-18, -7,-21,  5,-22,-13,  0,-12, 10, -4,  3, -2,-14,-28,-18, 19;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='Y';  M=-15,-25,-19,-25,-21, 17,-19, -8, -7,-21, -8, -4,-22,-29,-17,-21,-17,-15, -8, 13, 20,-21; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='D';  M= -9, 11,-26, 15, 12,-26,-13, -6,-21, -4,-25,-18,  9,-11,  1, -8,  3, -3,-18,-34,-21,  7;
/M: SY='E';  M= -5, -1,-29,  3, 18,-24,-13, -5,-25,  2,-23,-15, -3, -8,  9, -4, -2,-10,-17,-26,-14, 14;
/M: SY='D';  M= -8, 10,-31, 18, 15,-28,  4, -8,-30, -5,-32,-23,  2,-13,  3,-11,  1, -9,-23,-29,-24, 10;
/M: SY='E';  M= -8, -4,-24, -2,  7,-21,-18,-12,-14,  2,-11, -5, -4,-15,  2, -6,  0, -2,-10,-27,-18,  5;
/M: SY='E';  M=-12,  1,-25,  3,  8,-21,-13, -7,-23, -2,-22,-14, -2,-17,  4, -6, -5,-11,-19,-22,-16,  6;
/M: SY='T';  M=  0, -8,-13, -6, -5,-19,-11,-17,-11, -8,-13, -8, -5,-14, -7,-14,  7,  8, -6,-26,-19, -6;
/M: SY='Y';  M=-19,-32,-18,-32,-26, 34,-30, -5, -3,-25,  0, -2,-28,-35,-21,-26,-21,-18, -8, 19, 35,-26;
/M: SY='F';  M=-10,-21,-16,-20,-18, 12,-25, -7, -2,-18, -2, -2,-17,-25,-15,-19, -8, -5, -4, -8, 12,-18;
/M: SY='Y';  M=-14,-25,-18,-26,-14, 10,-29,  1, -6,-10, -3,  1,-18,-25, -7,-11,-16,-14, -5, -1, 27,-14;
/M: SY='P';  M= -9, -6,-24,  1, -5,-23,-16,-13,-24,-10,-25,-17, -7, 21, -7,-17, -2, -3,-18,-30,-18, -6;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='P';  M=-10,-15,-30,-15, -5,-35,-20,-10,-30,  4,-25,-15,-10, 27,  0, 14,-10,-10,-25,-35,-25, -5;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='G';  M=  0, -9,-29, -9,-14,-29, 47,-17,-37,-16,-36,-25,  0,-18,-11,-16,  1,-17,-28,-21,-27,-13;
/M: SY='D';  M=-11, 11,-26, 19,  2,-18,  0, -7,-24,-13,-29,-22,  3,-16, -7,-18, -1,-11,-22,-28,-17, -3;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M:         M= -9,-11,-24,-13, -8,-12, -5,-10,-19, -4,-17,-12, -6,-20, -7, -5, -5, -8,-16,-18, -8, -9;
/M: SY='F';  M=-19,-30,-19,-30,-28, 51,-31, -6,  0,-28,  0, -1,-28,-38,-26,-28,-20,-19, -8, 10, 35,-28;
/M: SY='E';  M= -5, -5,-19, -4,  6,-21,-20,-10,-10, -2,-13, -7, -5,-15,  3, -8, -1, -4, -6,-29,-16,  5;
/M: SY='I';  M= -9,-32,-12,-32,-27,  4,-32,-27, 21,-24, 19, 10,-28,-28,-24,-26,-19, -8, 17,-20, -6,-27;
/M: SY='T';  M=  0, -4,-16, -4, -4,-23,-12,-14,-18, -4,-17,-12,  3, -2, -5,-10, 14, 17,-13,-29,-21, -4;
/M: SY='E';  M= -6, -5,-28, -2, 18,-24,-22,-10,-18,  8,-14, -9, -7,-10,  7, -2, -2, -8,-12,-29,-18, 14;
/M: SY='D';  M=-11, 19,-31, 28, 27,-29,-12, -4,-28,  1,-31,-21,  8,-11,  9, -6,  4, -7,-24,-34,-23, 20;
/M: SY='D';  M=-11, 13,-27, 23, 16,-24,-17, -8,-20, -5,-22,-16,  0,-13,  2,-12, -3, -9,-17,-32,-21, 10;
/M: SY='L';  M= -7,-27, -9,-27,-19, -5,-31,-22,  7,-16, 17, 10,-22,-25,-10,-16,-13, -8,  3,-20, -8,-18;
/M: SY='E';  M=-10, -1,-29,  3, 11,-22,-10, -7,-24, -3,-23,-15, -4,-13,  5, -5, -5,-12,-19,-25,-15,  8;
/M: SY='E';  M=-10,  8,-31, 10, 22,-27,-13, -3,-26,  4,-24,-15,  7,-13, 13, -1,  2, -6,-21,-29,-19, 18;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='G';  M= -5,-10,-25, -8, -6,-14,  7, -6,-23,-13,-24,-17, -6,-16, -9,-16, -4,-13,-17,-18, -6, -8;
/M: SY='E';  M= -7, -1,-27,  3, 18,-19,-19, -5,-19,  0,-20,-12, -3,-14,  9, -5,  2, -2,-13,-23,-10, 15;
/M: SY='V';  M= -6,-10,-19, -6, -3,-16,-20,-20,  3,-13, -5, -4,-13,-18,-10,-20, -9, -4,  7,-30,-17, -6;
/M: SY='I';  M= -7,-31, -2,-31,-27, -3,-36,-28, 28,-25, 16,  9,-30,-27,-25,-28,-19, -8, 25,-26, -7,-27;
/M: SY='V';  M=  6,-24,-10,-24,-16, -9,-20,-20,  4,-15,  0, -1,-21,-11,-14,-20, -6, -1, 10,-24, -8,-16;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='Q';  M= -6, -6,-21, -5,  8,-24,-17, -9,-16,  1,-16, -6, -6, -8, 13, -2, -2, -5, -9,-25,-15, 10; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='P';  M= -4, -3,-25,  3, -2,-30,  0,-14,-27, -8,-28,-17, -3, 10, -3,-14,  2, -7,-21,-31,-25, -3;
/M: SY='S';  M=  8, -4,-14, -3, -1,-15, -3,-12,-18, -5,-19,-12,  0,-13, -4,-12, 22,  4,-16,-26,-17, -2;
/M: SY='C';  M= -1,-28, 80,-29,-37,-21,-29,-28,-12,-26,-11,-10,-28,-29,-27,-23,-10,-10,-12,-21,-20,-28;
/M: SY='S';  M=  7, -3,-11, -3, -3,-13, -3,-10,-18, -3,-18, -9,  6,-12, -3,-12, 34,  9,-18,-26,-16, -3;
/M: SY='L';  M= -8,-36,-10,-36,-27, -2,-36,-28, 19,-19, 32, 16,-27,-28,-19,-20,-15, -8, 11,-22,-11,-27;
/M: SY='W';  M=-11,-25,-11,-25,-20, -7,-25,-21, -4,-16, -4,  1,-22,-18,-15,-20,-10, -5, -3,  5, -6,-19;
/M: SY='I';  M= -7,-26,-11,-24,-22, -6,-34,-28, 24,-23, 16,  8,-25,-25,-22,-26,-16, -6, 21,-28,-12,-23;
/M: SY='K';  M=-12, -8,-25,-11,  6,-20,-22, -6,-24, 14,-19,-10, -7,-17,  7,  9, -6, -8,-18,-13, -9,  5;
/M: SY='V';  M= -2,-29,-10,-29,-21, -8,-30,-28, 24,-19, 13, 10,-26,-22,-19,-26,-14, -1, 28,-28,-11,-21;
/M: SY='I';  M=-11,-14,-13,-17,-14,-14,-27,-19,  3, -9,  0, -1,-11,-23,-12,-13,-11, -6,  2,-24,-14,-14;
/M: SY='Y';  M=-16,-22,-22,-23,-15, 15,-27,  7,-13,-14,-12, -8,-17,-19, -8,-14,-15,-14,-12,  0, 30,-14;
/M: SY='D';  M= -9,  9,-26, 14,  8,-19, -8, -6,-23, -7,-26,-18,  5,-15,  1,-13,  1, -7,-19,-27,-14,  5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	40 in 40 different sequences
Number of true positive hits	40 in 40 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	DPH-type MB
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

40 sequences

DJC24_BOVIN (Q0VBY7), DJC24_HUMAN (Q6P3W2), DJC24_MOUSE (Q91ZF0),

DPH3B_HUMAN (Q9H4G8), DPH3_ASPFU  (Q4WPU8), DPH3_BOVIN  (Q1LZC9), 
DPH3_CAEEL  (Q21102), DPH3_CANGA  (Q6FXS6), DPH3_CRIGR  (Q6VUC1), 
DPH3_CRYNB  (P0CN23), DPH3_CRYNJ  (P0CN22), DPH3_DEBHA  (Q6BTW5), 
DPH3_DROME  (Q9VGQ9), DPH3_EMENI  (P0C0V4), DPH3_ENCCU  (Q8STR6), 
DPH3_EREGS  (Q74Z32), DPH3_GIBZE  (Q4I9U7), DPH3_HUMAN  (Q96FX2), 
DPH3_KLULA  (Q6CMG4), DPH3_MACFA  (Q4R312), DPH3_MOUSE  (Q8K0W9), 
DPH3_MYCMD  (Q4P8G2), DPH3_NEUCR  (Q7SC15), DPH3_PONAB  (Q5R7N8), 
DPH3_SCHPO  (Q9UT33), DPH3_YARLI  (Q6C0G3), DPH3_YEAST  (Q3E840), 
DPH4_ASPFU  (Q4WPF7), DPH4_CANAL  (Q5AD49), DPH4_CANGA  (Q6FWM1), 
DPH4_DEBHA  (Q6BPC1), DPH4_DICDI  (Q54CI5), DPH4_EMENI  (P0C0V5), 
DPH4_EREGS  (Q752D7), DPH4_GIBZE  (Q4I7G0), DPH4_KLULA  (Q6CUQ9), 
DPH4_NEUCR  (Q7SEK8), DPH4_SCHPO  (Q9UUG3), DPH4_YARLI  (Q6C6T1), 
DPH4_YEAST  (P47138)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

9 PDB

1WGE; 1YOP; 1YWS; 2JR7; 2L6L; 4D4O; 4D4P; 4X33; 5AX2