PROSITE entry PS51029

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51029
Entry name [info]	MADF
Accession [info]	PS51029
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-OCT-2004 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51029
Associated ProRule [info]	PRU00372

Name and characterization of the entry

Description [info]

MADF domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=87;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=87;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1081318; R2=0.0117999; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=627; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=457; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-5; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Q';  M= -1, -3,-14, -1,  9,-15,-16, -8,-18,  7,-10, -1, -4, -6, 15, 13, -4,-10,-15,-19, -9,  9;
/M: SY='F';  M=-12,-18,-12,-26,-22, 45,-23,-17, 16,-16, 31,  6,-15,-34,-23,-17,-16, -7, 12,-11, 27,-22;
/M: SY='I';  M= -1,-18,-12,-33,-26,  3,-14,-20, 49,-20, 21, 10, -5,-31,-21,-26,-11,  1, 34,-28, -3,-26;
/M: SY='E';  M=  0,  3,-14,  9, 19,-26,-15, -1,-22,  6,-12, -7, -1, -3, 15,  3,  0, -9,-19,-20,-13, 17;
/M: SY='L';  M=  5, -6, -9, -6,  4, -8,-15,-10,  2, -3,  8,  7, -8,-15,  0,-12, -4,  1,  0,-26, -5,  3;
/M: SY='Y';  M= -9,-23,-33,-19,-25, 16,-26,-17, 23,-15, 19, -1,-23,-31,-20, -9,-14,  1, 31, -2, 34,-25;
/M: SY='R';  M=  1, -8,-22, -4, 11,-17,-13, -6,-22, 16,-18,  3, -8,  0, 18, 26,  0,-13,-17,-16,-11, 11;
/M: SY='Q';  M=  0,  2,-16,  4,  9,-19,-12, -7,-18,  8,-14, -3,  2, -5, 11,  9,  1, -6,-16,-24,-13,  8;
/M: SY='H';  M=-11, -8,-29, -8, -1, -8,-20, 21,-15, -2, -5,  1, -2,-10, 10,  9, -8, -9,-14,-17,  6,  2;
/M: SY='P';  M= -6,-14,-26, -5, 11,-35,-11,  5,-27,  9,-25,-29,-22, 74,  6, -4, -6, -1,-33,-27,-17,  4;
/M: SY='C';  M= -6,-14, 51,-20, -2,-12,-22,-30,  1,-15,  1, -7, -9,-24,-14,-15, -7, -6,  1,-24,-27, -7;
/M: SY='L';  M= -8,-12, -5,-16,-15, 17,-19,-13, 28,-20, 35, 17,-16,-30,-20,-21,-18,  0, 16,-22, 22,-15;
/M: SY='W';  M=-44,-42,-35,-29,-15, 20, -6,-31,-21,-16,  0,-22,-56,-27,-11,  0,-25,-33,-13,136, 63,-15;
/M: SY='D';  M= -1, 35,-20, 46,  5,-31, -9,-11,-23,  1,-13,-13, 27,-14, -5, -9, -1, -4,-20,-45,-19,  0;
/M: SY='R';  M= -1,-10,-24, -8, -2,-15,-14, -3,-12,  4,-12, -4,-10,  8,  6, 10, -1, -2,-10,-22, -7, -2;
/M: SY='Q';  M=  2,  0,-23, -1, -3,-14,-11, -7,-13,  3,-12, -2,  5, -8,  6,  6,  5,  3,-10,-28,-11, -1;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='H';  M= -6,  5,-18,  8,  0,-20,-15, 23,-12, -7, -3,  1,  4, -9, -6,-10, -5, -6,-14,-35, -7, -3; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='P';  M= -3, -7,-21, -1,  8,-23,-10, -2,-19,  8,-16,-15,-11, 33,  2, -2, -2, -4,-20,-24,-13,  3; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='D';  M= -2, 11,-21, 15,  0,-15, -4,-10,-15, -1, -8, -9,  9,-13, -5, -8, -1, -6,-14,-26,-10, -3; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='Y';  M=-23,-21,-41,-16,-15, 22,-21,  6,-10, -7, 12, -8,-21,-17,-10, -4, -9,-10, -1, 13, 40,-16;
/M: SY='R';  M= -3, -9,-20, -9, -2, -7,-10,-10,-13,  6,-10,  2, -7,-10,  7, 17, -5,-11,-10,-14, -5, -2;
/M: SY='N';  M= -2, 13,-15, 12,  1,-16, -9, -9,-13,  3,-12, -4, 18,-14, -4, -3,  1, -2,-14,-35,-15, -3;
/M: SY='K';  M=  0, -4,-23, -5,  2,-13,-10, -9,-14, 11,-13,  3, -1, -2,  5, 10,  0, -5,-12,-23,-11,  1;
/M: SY='E';  M=  5,  0,-17,  6, 13,-24,-14, -7,-15,  6,-11, -7, -4,  4,  9, -4,  3,  1,-13,-27,-14, 11;
/M: SY='M';  M= -2, -8,-14, -6, -3, -6,-17,-12, -4, -2,  1,  2, -7,-14,  1,  1, -6, -3, -1,-19,  0, -3;
/M: SY='R';  M= -4,-11,-21, -9, -3, -7,-16,-14,-14, 11,-11,  5, -9, -8,  8, 27, -5,-11, -6,-14, -3, -1;
/M: SY='Q';  M=  2,  3,-22,  6,  6,-20,-11, -3,-16,  5,-11, -3,  1, -4,  7,  1,  1, -4,-14,-27,-13,  5;
/M: SY='E';  M=  1,  1,-16,  6, 14,-23,-14, -5,-20, 10,-14, -4, -2,  2, 13,  9,  0, -8,-18,-23,-14, 12;
/M: SY='A';  M= 18, -6,-21, -9, -8, -7, -6,-19,  7, -6,  0,  5, -4,-18, -2,-12,  2,  5, 10,-34,-19, -8;
/M: SY='W';  M=-39,-39,-24,-32,-13, 17, -1,-36,-18,-17, -4,-20,-54,-28,-11, -3,-24,-35,-17,134, 48,-12;
/M: SY='E';  M=  4,  3,-17,  7, 10,-22, -8,-11,-15,  5,-11, -5, -2, -6, 10,  1,  1, -5,-13,-23,-14,  9;
/M: SY='E';  M=  4, -5,-13, -1, 18,-20,-13, -7,-16,  9,-10,  0, -7, -4, 17,  8, -1, -8,-15,-17,-12, 17;
/M: SY='I';  M=  2,-18,-17,-29,-24,  5,-17,-17, 42,-16, 21, 13, -8,-32,-21,-21,-12,  2, 32,-28,  1,-24;
/M: SY='A';  M= 16, -3,-20, -4, -3,-15, -1,-18,  0, -4, -7, -2, -4,-14, -2,-11,  8,  5,  3,-29,-21, -5;
/M: SY='E';  M=  3,  1,-18,  4,  9,-21,-10, -7,-11,  5, -9, -2,  0, -6,  6, -1,  0, -4,-12,-26,-14,  6;
/M: SY='E';  M=  3,  2,-11,  6, 17,-22,-15,-10,-14,  9, -9, -2, -2, -5,  7, -2,  0, -6,-12,-24,-14, 13;
/M: SY='L';  M= -5,-15, -8,-20,-16, 14,-21,-12, 19,-14, 25, 12,-14,-29,-18,-16,-14,  0, 15,-20, 14,-16;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='G';  M=  0,  6,-24, -3, -1,-23, 22,-12,-13,  2,-18, -7, 14, -9,  0, -6, -2,-10,-25,-17,-24, -1;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='L';  M= -3,-11,-10,-12, -9, -1,-17,-16,  9,-10, 12,  4,-11,-21,-10,-13, -8,  1,  8,-17,  6,-10;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='S';  M=  8,  8,-24, 12, -1,-25, -6,-12,-14, -1,-12,-13,  4,  3, -3,-13, 14, 13, -9,-37,-18, -4; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='I';  M=  7,-10,-19,-13,-11,-10, -8,-17, 13, -6, -2,  0, -7,-14,-11,-11, -3,  1, 12,-27,-11,-12;
/M: SY='E';  M=  2,  4,-16, 12, 17,-28,-13, -8,-21,  8,-12, -9, -3,  4, 10,  0,  2, -5,-17,-23,-14, 13;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E';  M=  1,  1,-17,  6,  7,-18,-14, -4,-13,  2, -5, -4, -3, -6,  2, -7,  0, -3,-11,-26, -9,  5;
/M: SY='C';  M= -6,-13, 33,-21,-12, -5,-23,-26, 15,-19, 10,  0, -7,-28,-20,-18,-11, -1, 12,-27,-13,-15;
/M: SY='K';  M=  0, -8,-18, -7,  8, -8,-14,-13,-12, 12, -7,  5, -9, -6,  4,  8, -3, -9, -8,-16, -5,  5;
/M: SY='R';  M=  2, -7,-17, -7,  4,-12,-14,-13,-10, 10, -8,  7, -6, -8,  5, 12, -1, -6, -7,-19, -9,  3;
/M: SY='R';  M=  0, -9,-20, -6,  5,-14,-15,-13,-19, 16,-17,  6, -8, -1, 15, 29, -3,-11,-12,-17,-10,  6;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='W';  M=-31,-38,-21,-36,-16, 12, -2,-34, -4,-18, -3,-13,-45,-30,-14, -8,-23,-30, -7,109, 33,-16;
/M: SY='K';  M=  0,  1,-23, -2,  4,-10,-11,-10,-13, 14,-13,  6,  7, -6,  5,  7,  1, -2,-14,-26,-10,  2;
/M: SY='N';  M=  4,  7,-18, -2, -2,-14, -6, -8, -4,  1,-13, -2, 19,-13,  0,-10,  6,  6,-11,-37,-20, -2;
/M: SY='L';  M= -5,-11, -8,-13,-11, 11,-19, -5, 18,-13, 30, 21,-15,-29,-17,-17,-17,  0, 10,-24, 18,-11;
/M: SY='R';  M= -7,-17,-22,-10, -7, -9,-19, -5,-22,  8,-14,  4,-17,-10, 21, 57, -9,-23, -8, -7,  0, -1;
/M: SY='D';  M=  0, 10,-12, 17, -1,-19,-13,-17,-15, -3, -6,-11,  4,-11, -5,-11,  4,  4, -8,-30,-10, -4;
/M: SY='Q';  M=  0, -5,-13, -5,  1,-14,-11,-11,-15,  2,-13, -5, -3,-10, 11, 10,  1, -3,-13,-15,-11,  3;
/M: SY='Y';  M=-31,-28,-48,-21,-24, 44,-29, -8, -5,-10, 27, -9,-30,-26,-15, -3,-17,-11, 10, 32, 67,-24;
/M: SY='R';  M= -2,-10,-22, -9, -7,-10,-14,  1, -9,  0, -8,  3, -7,-12,  3, 16, -3, -7, -4,-21, -4, -5;
/M: SY='R';  M= -2,-10,-22, -5,  0,-13,-16, -8,-18, 10,-15,  3,-10, -7, 15, 33, -3,-13,-10,-13, -6,  3;
/M: SY='E';  M= -1, -7,-11, -2, 25,-19,-18, -2,-16,  7, -4, -5,-11, -2, 15, -5, -2, -9,-15,-10, -4, 22;
/M: SY='L';  M= -7,-12,-14,-14, -6,  8,-20,-10,  3, -4, 10,  7,-11,-19, -6, -1,-10, -6,  2,-15, 10, -7;
/M: SY='R';  M=  0, -5,-20, -5,  1,-12,-13, -8,-13, 11,-11,  9, -2, -7,  7, 18, -4, -9,-10,-23,-10,  1;
/M: SY='R';  M= -1, -9,-22, -7,  1,-12,-14, -8,-14,  9,-12,  5, -9, -6, 13, 23, -4,-10,-10,-15, -5,  4;
/M: SY='I';  M=  1,-12,-19,-14, -9, -5,-14,-10,  8, -5,  3,  5, -9,-19, -5, -6, -6, -2,  7,-18, -2, -9;
/M: SY='Q';  M= -1, -5,-17, -5,  3,-15,-13, -4, -9,  3, -7,  1, -3, -5,  9,  6, -4, -6,-11,-23, -9,  4;
/M: SY='K';  M=  1, -3,-19, -4,  4,-13,-12, -8,-10,  5, -8,  0, -1, -5,  5,  1,  1,  0, -9,-24, -8,  3;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='Q';  M=  0, -4,-19, -3, -1,-10, -1,  0, -8, -2, -6, -2, -5, -7,  2,  0,  0, -5, -9,-10, -5, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
/M: SY='G';  M=  2, -1,-18, -2,  0,-15,  5, -8, -7,  1, -9, -6, -1,  0, -3, -7,  3, -2,-10,-16,-12, -2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='E';  M=  1,  2,-13,  3,  4,-17, -1,-13,-11,  2,-10, -7,  2, -5,  1, -5,  1, -3,-12,-18,-13,  2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='K';  M= -2, -3,-16, -1,  0,-13, -6,-10, -7,  1, -4, -4, -6,  0, -3, -5, -2, -1, -9,-18, -5, -2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='Y';  M= -6, -9,-19, -9, -1,  0,-15, -9, -7,  1, -1, -4, -7, -5, -1, -3, -3, -3, -5, -9,  5, -2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='Q';  M=  1, -6,-18, -7,  2,-14, -7, -7, -9,  3, -9, -4, -5,  4,  5,  0, -2, -3,-11,-21,-11,  1; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='P';  M=  2, -5,-19, -4,  1,-16, -8, -9, -8,  2,-12,-10, -5, 11, -2, -7,  6,  5,-10,-27,-14, -3; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='K';  M= -2, -7,-19, -6,  3,-14,-15, -8,-14,  9,-10,  2, -7,  0,  4,  7,  1, -2,-10,-19, -6,  1;
/M: SY='W';  M=-27,-30,-20,-26,-13, 15, -7,-28,-10,-14,  1,-12,-38,-24,-11, -3,-19,-23, -9, 78, 33,-13;
/M: SY='W';  M=-14,-14,-19, -8,  1, -3,-13,-15,-17,  0, -7,-13,-19, -3,  0,  2, -7,-13,-14, 16,  9, -2;
/M: SY='Y';  M=-23,-24,-36,-21,-18, 28,-24,  5, -5,-12, 18, -4,-24,-22,-12, -7,-14,-11,  2, 17, 43,-18;
/M: SY='F';  M=-10,-16,-25,-18,-16, 27,-21,-14, -2, -8, 12, -7,-13,-21,-12, -9, -6, -5,  5, -4, 20,-17;
/M: SY='E';  M=  0,  7,-19, 16, 18,-26,-11, -7,-23, 12,-13, -6, -1,  2,  8,  3, -1,-10,-21,-22,-12, 13;
/M: SY='E';  M=  2, -3,-21,  1,  8,-17,-14, -1,-13,  5, -8,  0, -6, -4,  6,  3,  1, -4,-11,-24, -8,  5;
/M: SY='M';  M= -2,-13, -5,-18, -9, -1,-21,  3, 11, -3, 24, 29, -8,-31,-14,-11,-17, -1,  3,-25,  6,-10;
/M: SY='D';  M=  0, -1,-21,  4,  3,-15, -9, -5,-14,  2, -8, -5, -6, -8,  0,  0,  3, -5,-12,-18, -7,  0;
/M: SY='F';  M=-21,-30,-26,-47,-37, 89,-28,-30,  0,-11, 19,-18,-13,-39,-28,-10,-11,-20,  9, 15, 30,-37;
/M: SY='L';  M= -4,-11, -9,-14,-11, 10,-17, -8, 17,-11, 29, 22,-13,-28,-16,-17,-15,  2,  9,-23, 17,-11;
/M: SY='Q';  M= -1,  1,-22,  9,  7,-20,-13, -7,-18,  4, -9, -6, -7, -2, 10,  8, -3, -7,-13,-20, -5,  6;
/M: SY='P';  M=  2,  6,-18, 12, 10,-28,-11, -6,-18,  4,-14,-13,  0, 13,  4, -7,  1, -1,-18,-32,-17,  6;
/M: SY='H';  M= -5,-13,-25,-14, -7, -4,-17, 10,  0, -7,  0,  0, -9,-11, -8, -8, -5, -5,  0,-21,  0, -9;
/M: SY='I';  M= -1, -8,-18,-10, -8, -2,-13,-12, 10, -7,  9,  2, -7,-18,-10,-13, -5, -1,  7,-21,  1, -9;
/M: SY='Q';  M=  3, -2,-20,  1,  5,-20, -9, -8,-13,  3,-11, -5, -4,  0,  7,  1,  3,  0,-12,-24,-11,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	3 in 2 different sequences
Number of true positive hits	3 in 2 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	2
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	60.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	MADF
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

2 sequences

ADF1_DROME  (P05552), CLIFF_DROME (Q1LZ24)

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

2 sequences

ENAP1_ARATH (Q8VZI9), ENAP2_ARATH (Q9FFG0)