PROSITE entry PS50967

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HRDC
Accession [info]	PS50967
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAR-2004 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50967
Associated ProRule [info]	PRU00328

Name and characterization of the entry

Description [info]

HRDC domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=81;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=76;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.9155555; R2=0.0241654; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=252; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=149; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='B';  M= -7,  3,-22,  3,  1,-20,-12, -5,-17, -2,-16,-11,  3,-11, -1, -1,  2, -1,-13,-29,-13, -1;
/M: SY='P';  M= -7,  1,-26,  5,  9,-25,-14, -4,-21, -2,-22,-15,  1, 10,  2, -5,  1, -5,-21,-31,-18,  4;
/M: SY='Q';  M= -5, -6,-23, -7,  1,-15,-19, -3,-10, -2, -7, -2, -5,-13,  2,  1, -4, -3, -9,-24, -8,  0;
/M: SY='Q';  M= -7,  5,-22,  5,  8,-22,-15,  5,-18, -2,-15, -8,  3,-14, 11, -2, -2, -8,-19,-26, -9,  9;
/M: SY='Q';  M= -9, -8,-24, -8,  1,-14,-19, -8, -8, -5,  0,  0, -8,-12,  3, -1, -9, -6,-10,-24,-10,  1;
/M: SY='A';  M=  4,  0,-22, -1,  4,-22, -9, -9,-17,  0,-15, -9, -1,-10,  1, -2,  0, -4,-12,-25,-15,  2;
/M: SY='L';  M= -2,-25, -4,-28,-22,  0,-27,-22, 12,-22, 19,  8,-23,-27,-20,-17,-15, -5, 15,-24, -6,-22;
/M: SY='F';  M= -7,-24,-22,-28,-20, 21,-26,-13,  6,-20, 15,  5,-21,-26,-20,-14,-18, -8,  4, -2, 16,-20;
/M: SY='E';  M= -9, -1,-27,  1, 14,-24,-15, -4,-24, 14,-19,-11, -1,-12, 11, 14, -3, -7,-20,-21,-11, 11;
/M: SY='E';  M= -1, -2,-23, -2,  5,-18,-15, -2,-16,  3,-13, -8, -1,-13,  2,  4, -3, -7,-13,-25,-11,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-31,-21, 22,-28, 42, 19,-28,-28,-20,-20,-27, -9, 13,-20,  0,-20;
/M: SY='R';  M= -9,-14,-20,-15, -8, -6,-21, -8,-13,  0, -7, -5,-12,-21, -5,  9,-12, -8,-10, -4,  1, -8;
/M: SY='E';  M=  0,  1,-21,  1,  8,-22,-16, -5,-18,  5,-15,-10, -1,-13,  5,  3, -1, -5,-14,-25,-12,  6;
/M: SY='W';  M=-10,-29,-32,-30,-21,  6,-23,-23, -3,-19,  5, -4,-29,-26,-17,-18,-26,-15, -9, 53, 12,-17;
/M: SY='R';  M=-17,-11,-23,-12, -2,-18,-20, -3,-28, 24,-19,-10, -2,-20,  6, 58, -9, -9,-18,-21,-10, -2;
/M: SY='D';  M=-10,  8,-26, 13, 13,-23,-18, -5,-22,  9,-16,-12,  0,-13,  4,  7, -4, -6,-17,-26,-11,  8;
/M: SY='E';  M= -6,  1,-23,  0, 11,-20,-14, -5,-19,  6,-16,-10,  3,-13,  5,  6,  2, -1,-15,-27,-13,  8;
/M: SY='I';  M= -7,-18,-24,-20,-10, -5,-28,-15, 13,-15, 13,  9,-16,-20, -6,-13,-15, -7,  6,-21, -3,-10;
/M: SY='A';  M= 37,-10, -9,-18, -9,-17,  0,-18,-11,-11,-11, -8, -8,-12,-10,-18, 10,  1, -2,-22,-18, -9;
/M: SY='R';  M= -7, -1,-25, -1,  6,-23,-16, -4,-23, 14,-18,-10,  2,-14, 11, 26, -2, -4,-18,-24,-13,  6;
/M: SY='E';  M= -3,  1,-25,  1, 15,-24,-14, -6,-19,  9,-17,-10,  1,-10,  9,  7,  0, -5,-17,-26,-15, 11;
/M: SY='R';  M=-10, -4,-22, -4,  6,-14,-20,  0,-16,  3,-10, -6, -3,-17,  5, 11, -7, -8,-14,-22, -5,  3;
/M: SY='D';  M=-11, 27,-26, 32,  7,-30,  5, -4,-31, -4,-28,-23, 19,-13, -4, -9,  3, -8,-25,-35,-21,  1;
/M: SY='V';  M= -8,-15,-18,-15, -3,-11,-26,-13,  6,-10,  4,  4,-15,-17, -7,-10,-10, -6,  8,-27,-10, -6;
/M: SY='P';  M=  7,-10,-22, -9, -4,-20,-11,-14,-15,-10,-19,-12, -7, 21, -7,-14,  8,  3,-13,-30,-20, -7;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='P';  M= -5,-17,-28,-14, -7,-17,-20,-14,-10, -7,-13, -8,-15, 27, -9, -6, -8, -4,-12,-25,-15,-11;
/M: SY='Y';  M=-10, -6,-25, -8, -9,  0, -8,  7,-18, -5,-16, -9,  1,-20, -6,  0, -3, -6,-17,-10, 13, -9;
/M: SY='Y';  M= -8,-15,-21,-19,-13,  1,-22, -8, -2, -7, -6,  0,-11,-17, -8, -4, -7, -4, -1,-11,  5,-12;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-22,-35,-28,  5,-34,-27, 35,-25, 16, 15,-24,-22,-24,-24,-17, -6, 32,-21, -2,-28;
/M: SY='F';  M=-10,-27,-18,-33,-24, 30,-28,-18, 12,-25, 23, 15,-23,-25,-24,-19,-21, -9,  9,-11,  8,-23;
/M: SY='S';  M= -1, -3,-22, -4, -1,-23, -6, -5,-22, -3,-25,-15,  3,  6, -1, -4, 11,  6,-18,-31,-17, -2;
/M: SY='D';  M=-14, 32,-27, 36, 16,-30,-12,  0,-26,  1,-24,-21, 22,-12,  3, -5,  2, -5,-25,-36,-18,  9;
/M: SY='E';  M=  0,  2,-22,  1,  9,-24,-13,  2,-21,  4,-20,-11,  2,-10,  9,  0,  6,  1,-16,-28,-12,  8;
/M: SY='T';  M=  4, -7,-14,-14,-11,-13,-13,-13, -3,-11, -5,  0, -5,-16, -7,-12,  4, 11,  1,-27,-12, -9;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-22,-32,-23,  8,-32,-21, 27,-28, 36, 21,-26,-26,-19,-22,-25, -9, 16,-19,  2,-22;
/M: SY='R';  M= -7,-12,-25,-14, -8,-11,-21,-12, -5,  1, -3,  0,-11,-19, -6,  4,-12, -9, -3,-16, -6, -8;
/M: SY='E';  M=  0,  7,-21, 11, 22,-27,-12, -6,-24,  3,-21,-17,  2, -7,  8, -3,  6, -2,-20,-30,-18, 15;
/M: SY='M';  M= -7,-26,-22,-33,-24,  4,-28,-17, 28,-22, 25, 30,-23,-23,-15,-20,-20, -9, 18,-20, -1,-20;
/M: SY='A';  M= 31,-13, -8,-20,-13,-15, -8,-20, -3,-14, -5, -6,-12,-15,-13,-19,  7,  1,  6,-25,-17,-13;
/M: SY='E';  M= -3, -1,-24, -2, 10,-21,-18, -8,-15,  7,-13, -8, -1,-12,  6,  7, -2, -2,-13,-25,-13,  7;
/M: SY='R';  M= -4, -7,-22,-10, -4,-12,-19, -7, -8,  2, -8, -3, -3,-17,  0,  3, -4, -3, -7,-21, -4, -3;
/M: SY='M';  M=-11,-15,-23,-18,-11, -5,-20,-10, -2, -7,  6,  8,-13,-20, -3, -2,-15, -8, -5,-11, -2, -7;
/M: SY='P';  M= -9,-19,-37,-10, -1,-28,-19,-19,-19,-10,-28,-19,-18, 80,-10,-19, -7, -7,-28,-30,-29,-10;
/M: SY='R';  M= -4, -3,-22, -5, -1,-19,-16, -9,-14,  5,-13, -6, -3,-12,  2,  7,  0,  4, -9,-26,-11, -1;
/M: SY='B';  M= -4, 16,-18, 14,  3,-22, -7, -6,-22, -4,-23,-18, 16,-12, -3, -6, 16, 14,-16,-35,-17,  0;
/M: SY='L';  M= -2,-13,-21,-14, -7, -8,-21,-15, -1, -8,  4,  2,-14,-11,-10, -9,-10, -4,  0,-23, -9, -9;
/M: SY='E';  M=  1,  7,-22,  8, 13,-26, -9, -6,-22,  2,-21,-15,  5,-10,  6, -4,  7, -1,-18,-29,-17,  9;
/M: SY='E';  M=  0, 10,-25, 13, 17,-29, -7, -6,-25,  4,-21,-16,  4, -9,  6, -3,  3, -6,-20,-28,-18, 12;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-17,-31,-23, 14,-27,-19, 18,-26, 33, 20,-26,-28,-21,-19,-24, -9, 12,-18,  1,-21;
/M:         M= -3,-10,-18,-12, -2,-12,-18,-11, -9, -1, -2, -3, -9,-18, -5, -1, -9, -7, -8,-20, -8, -4;
/M: SY='S';  M=  7,  2,-19, -2,  2,-22, -7, -8,-19,  4,-19,-11,  5,-12,  2,  2,  8,  3,-14,-27,-16,  2;
/M: SY='I';  M= -8,-25,-14,-31,-24, -1,-30,-23, 26,-25, 20, 15,-21,-25,-18,-23,-19, -9, 19,-24, -5,-23;
/M:         M= -9, -4,-15, -4, -5,-17,-14,-10,-16, -5,-15,-11, -2, -4, -5, -4, -3, -4,-15,-28,-13, -6;
/M: SY='G';  M= -5, -4,-27, -4,-11,-23, 25,-13,-24,-12,-19,-13,  1,-17,-12,-13, -1,-10,-19,-24,-19,-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='V';  M= -6,-20,-22,-21,-16, -2,-23,-20,  9,-15,  2,  5,-18, -8,-16,-16,-10, -5, 11,-20, -7,-17; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='G';  M= -3, -3,-21, -6, -9,-17, 14,-11,-18,-10,-15,-10,  3,-14,-10,-11,  2, -3,-14,-24,-17,-10; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -2, -2,-25,  0, 10,-24, -9, -5,-21,  0,-20,-13, -1,  2,  3, -3,  3, -3,-18,-28,-17,  5;
/M: SY='R';  M= -9, -2,-28,  0,  2,-21,-13, -2,-21,  4,-20,-12, -1, -5,  3,  7, -4, -8,-19,-19, -9,  1;
/M: SY='K';  M= -8, -5,-26, -8,  1,-13,-15, -8,-19, 16,-17, -7, -2,-15,  1, 11, -8, -8,-14,-18, -6,  0;
/M: SY='V';  M= -1,-23,-20,-26,-19, -1,-23,-20, 13,-17, 12,  6,-20,-22,-16,-13,-13, -5, 14,-19, -3,-19;
/M: SY='E';  M= -6,  4,-25,  4, 14,-24,-16, -3,-22, 10,-19,-13,  5,-12,  8, 11,  1, -4,-18,-28,-14, 10;
/M: SY='R';  M= -7, -4,-24, -5,  5,-24,-17,  2,-21, 15,-19, -6, -1,-14, 13, 19, -4, -7,-16,-24,-10,  7;
/M: SY='Y';  M=-16,-10,-26,-13,-12, 15,-24, 19, -8,-10, -5, -3, -6,-25, -6, -6,-12, -8,-14,  3, 40,-11;
/M: SY='G';  M=  1,-13,-25,-15,-19,-17, 35,-20,-22,-19,-16,-12, -5,-19,-19,-19, -2,-11,-15,-20,-19,-19;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='E';  M= -5,  5,-25,  7, 11,-24,-13, -2,-21,  3,-18,-12,  2, -4,  3,  0,  0, -4,-18,-28,-15,  6; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='E';  M= -9,  2,-25,  4,  7,-16,-15, -5,-19,  5,-13, -9, -2,-12,  1,  4, -5, -5,-16,-22, -7,  3; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='F';  M=-13,-30,-24,-36,-27, 25,-32,-24, 21,-27, 17, 10,-23,-24,-25,-22,-21,-10, 14, -3,  9,-26;
/M: SY='L';  M= -7,-23,-21,-26,-18,  3,-26,-15, 15,-23, 25, 13,-21,-25,-16,-19,-20, -9,  8,-18, -1,-18;
/M: SY='E';  M=  3,  2,-23,  2, 10,-25,-11, -6,-21,  4,-19,-13,  0, -5,  7, -1,  3, -3,-18,-26,-15,  8;
/M: SY='V';  M=  1,-18,-14,-22,-13, -7,-24,-18, 11,-16,  9,  6,-16,-20,-13,-17, -8,  0, 12,-25, -9,-14;
/M: SY='I';  M= -8,-29,-17,-35,-28,  5,-34,-27, 33,-27, 19, 16,-23,-25,-23,-25,-18, -6, 28,-22, -2,-28;
/M: SY='R';  M= -3, -3,-22, -4,  4,-22,-15, -8,-18,  9,-16, -8, -2,-14,  6, 13, -1, -4,-13,-25,-14,  4;
/M: SY='D';  M= -6, 10,-23, 12,  8,-27,-13,  0,-26,  9,-23,-15,  7,-11,  8,  9,  2, -3,-21,-29,-14,  7;
/M: SY='Y';  M=  5,-15,-20,-19,-12,  6,-16, -4, -6,-13, -4, -5,-12,-18,-11,-14, -4, -3, -5, -8, 10,-12;
/M:         M= -3,-12,-15,-14, -7,-14,-15,-14,-10, -4, -7, -5, -9,-16, -6, -1, -6, -6, -7,-18,-10, -8;
/M: SY='E';  M= -3,  1,-25,  1,  6,-23,-10, -7,-20,  6,-19,-11,  0, -9,  4,  1, -1, -6,-16,-24,-13,  4;
/M: SY='E';  M= -5, -2,-24, -2,  8,-16,-12, -8,-15, -3,-12, -9, -2,-14,  1, -5, -1, -4,-13,-22,-10,  4;
/M:         M= -7, -6,-22, -7, -4,-14,-15, -8,-12, -5,-12, -8, -4, -2, -5, -8, -5, -4,-13,-23, -7, -6;
/M: SY='D';  M= -3,  4,-25,  6,  6,-24, -9, -8,-22,  1,-19,-15,  4, -1,  0, -1,  1, -4,-19,-29,-18,  2;
/M: SY='E';  M= -2, -4,-24, -5,  5,-16,-16, -9, -8, -8, -7, -7, -2, -7, -2,-10, -3, -4,-10,-27,-13,  0;
/M: SY='E';  M= -3, -1,-23, -2,  6,-17,-15, -6,-14,  0,-11, -5, -2, -9,  3, -4, -2, -2,-13,-24,-10,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	53 in 53 different sequences
Number of true positive hits	53 in 53 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	1
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	98.15 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HRDC
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

53 sequences

BLM_CAEEL   (O18017), BLM_CHICK   (Q9I920), BLM_DROME   (Q9VGI8),

BLM_HUMAN   (P54132), BLM_MOUSE   (O88700), BLM_XENLA   (Q9DEY9), 
EXOSX_CAEEL (G5EBX6), EXOSX_DROME (Q9VFF3), EXOSX_HUMAN (Q01780), 
EXOSX_MOUSE (P56960), EXOSX_RAT   (D4A1X2), HUS2_SCHPO  (Q09811), 
RECQ2_ARATH (Q9FT73), RECQ_BACSU  (O34748), RECQ_ECOLI  (P15043), 
RECQ_HAEIN  (P71359), RECQ_PASMU  (Q9CL21), RECQ_SALTY  (P40724), 
RND_ACICJ   (A5G127), RND_BARHE   (Q6G329), RND_CROTZ   (C9XUE4), 
RND_DESPS   (Q6AJF4), RND_ECOLI   (P09155), RND_GLUDA   (A9H9B7), 
RND_GRABC   (Q0BVP4), RND_HAEIN   (P44442), RND_JANSC   (Q28RA7), 
RND_METSB   (B8EN54), RND_MUSP7   (C6C608), RND_NITHX   (Q1QLI8), 
RND_PARL1   (A7HYE5), RND_PSEA7   (A6V8R6), RND_PSYIN   (A1SVE6), 
RND_SERP5   (A8GFH0), RND_SHESA   (A0KXU5), RND_SPHIU   (D4Z694), 
RND_XANOR   (Q5GZ75), RND_ZYMMO   (Q5NPM2), RP6L1_ARATH (Q0WVE8), 
RP6L2_ARATH (A9LLI7), RQL4A_ARATH (Q8L840), RQL4B_ARATH (Q9FT70), 
RRP6_SCHPO  (Q10146), RRP6_YEAST  (Q12149), SGS1_YEAST  (P35187), 
UVRD2_MYCBO (P64321), UVRD2_MYCLE (P53528), UVRD2_MYCTO (P9WMP8), 
UVRD2_MYCTU (P9WMP9), WRN_CAEEL   (Q19546), WRN_HUMAN   (Q14191), 
WRN_MOUSE   (O09053), WRN_XENLA   (O93530)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

1 sequence

RP6L3_ARATH (A9LLI8)

PDB
[Detailed view]

34 PDB

1D8B; 1WUD; 1YT3; 2CPR; 2DGZ; 2E1E; 2E1F; 2HBJ; 2HBK; 2HBL; 2HBM; 2KV2; 2RRD; 3SAF; 3SAG; 3SAH; 4CDG; 4CGZ; 4O3M; 4OO1; 5C0W; 5C0X; 5C0Y; 5K36; 5VZJ; 6D6Q; 6D6R; 6FSZ; 6FT6; 6LQS; 7AUC; 7AUD; 7D4I; 7MQA
» more