PROSITE entry PS50884

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50884
Entry name [info]	ZF_DOF_2
Accession [info]	PS50884
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2003 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50884
Associated ProRule [info]	PRU00071

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger Dof-type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=55;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3707771; R2=0.0093185; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5895.8437500; R2=4.6951971; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1356; H_SCORE=12263; N_SCORE=15.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=658; H_SCORE=8985; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-40; I=-40; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L';  M=-12,-21,-23,-20,-13, -3,-26,-15,  5,-13, 22,  8,-19,-21,-10,  1,-20, -9,  1,-22, -5,-13;
/M: SY='P';  M= -5,-11,-23, -9, -5,-21,-18,-16,-12,  0,-20,-12, -8, 21, -9, -7, -4, -5, -9,-30,-20, -9;
/M: SY='C';  M=-10,-20,115,-30,-30,-19,-30,-29,-28,-29,-19,-17,-20,-39,-29,-29,-10,-10, -9,-49,-29,-29;
/M: SY='P';  M= -6,-19,-37,-10, -1,-29,-18,-20,-19,-10,-29,-19,-18, 81,-10,-20, -7, -8,-27,-30,-29,-10;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D';  M=-12, 20,-27, 21,  7,-22, -4,  2,-27,  2,-24,-19, 18,-16,  0,  1,  0, -8,-26,-26, -8,  3;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='T';  M= -7,  2,-21,  2, -4,-18,-15, -9,-14, -2,-11, -3, -1,-12, -3,  3,  1,  5, -8,-28,-12, -5;
/M: SY='N';  M=-12, 29,-25, 26, 16,-28, -9,  7,-26,  4,-26,-19, 31,-13, 11,  0,  5, -4,-29,-35,-17, 13;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 35,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='C';  M= -8,-18,104,-26,-26,-20,-26,-28,-29,-28,-21,-20,-16,-36,-26,-28, -4, -6,-10,-49,-29,-26;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 31,-30, 19,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-11,-10,-20,-10,-10, 30, 79,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-24,-26,-28,-24, 50,-30,  4,  0,-18,  4,  0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 60,-24;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='Y';  M=-19,-13,-29,-15,-18, 24,-26, 19, -2, -9, -4, -2,-10,-29, -9, -9,-16, -9,-12, 22, 68,-18;
/M: SY='N';  M= -3, 20,-13,  9,  0,-21, -3,  0,-22,  2,-30,-19, 34,-16,  0, -1, 17,  5,-22,-38,-19,  0;
/M: SY='L';  M= -6,-21,-18,-22,-13, -1,-27,-20, 12,-12, 16, 10,-22,-24,-16,-12,-16, -5, 16,-24, -6,-14;
/M: SY='S';  M=  2,  7,-15, -1, -4,-13, -6, -4,-18, -6,-23,-16, 18,-15, -3, -3, 19, 12,-14,-32,-14, -4;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='H';  M=-20, -9,-30, -9, -9,  2,-24, 65,-17,-10,-11,  0, -3,-24,  1, -4,-14,-16,-21, -4, 46, -9;
/M: SY='F';  M=-18,-26,-22,-33,-24, 57,-29,-17, -2,-19,  9,  1,-19,-28,-30,-13,-20,-10, -2,  4, 25,-24;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='N';  M=  9, 12,-16,  2, -2,-21,  2, -5,-19, -5,-24,-17, 21,-14, -3, -8, 15,  5,-17,-32,-19, -3;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M=-17, -8,-12, -9,  0,-24,-21,  8,-28, 16,-20, -8, -1,-20, 14, 39, -8,-11,-22,-25, -9,  4;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='Y';  M=-19,-20,-12,-21,-21, 24,-30, 14, -4,-12, -2, -2,-20,-31,-12,-12,-19,-10,-10, 20, 67,-21;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='H';  M=  7, -4,-23, -7,  3,-23,-13, 18,-23,  6,-18, -8, -1,-13,  7,  7, -1, -9,-17,-24, -6,  3;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='A';  M= 24, -9,-10,-15,-11,-15, -8,-19, -6,-12,-11, -9, -6,-13,-11,-16, 16, 13,  5,-28,-17,-11;
/M: SY='L';  M= -8,-26,-19,-28,-18,  6,-26,-16, 17,-25, 38, 23,-25,-27,-15,-18,-22, -7,  9,-22, -2,-17;
/M: SY='R';  M=-14,-10,-28,-11, -1,-20,-18, -2,-28, 27,-19,-10, -1,-19,  8, 62, -8, -9,-18,-20,-11, -1;
/M: SY='N';  M= -9, 30,-20, 15,  0,-20, -5,  4,-19,  0,-26,-18, 44,-18, -1,  2, 10,  4,-24,-37,-18, -1;
/M: SY='V';  M= -2,-27,-16,-30,-27, -2,-30,-28, 32,-22, 10, 10,-24,-25,-25,-22, -9, -1, 39,-28, -8,-27;
/M: SY='P';  M= -6,-19,-38,-11, -1,-29,-19,-20,-19,-10,-29,-19,-19, 83,-10,-20, -9, -9,-28,-29,-29,-10;
/M: SY='V';  M=  0,-25,-14,-27,-25, -3,-27,-27, 26,-20,  6,  7,-22,-25,-24,-20, -4,  1, 37,-30,-10,-25;
/M: SY='G';  M=  8, -9,-24,-12,-17,-26, 48,-20,-32,-17,-24,-17, -2,-17,-17,-19,  4, -8,-22,-21,-26,-17;
/M: SY='G';  M=  8,-10,-25,-10,-14,-27, 43,-19,-31,-16,-27,-18, -2, -8,-15,-19,  6,-11,-23,-23,-27,-15;
/M: SY='G';  M=  4,-12,-26,-14,-16,-23, 32,-20,-21,-18,-21,-14, -4,-10,-16,-19,  3,-10,-16,-24,-24,-17;
/M: SY='C';  M= -3,-11, 23,-16,-14,-16,-13,-16,-23, -9,-19,-14, -7,-23,-12, -2,  3,  2,-11,-31,-15,-14;
/M: SY='R';  M=-14, -3,-28, -1,  2,-22,-17, -2,-30, 23,-20,-12,  2,-18,  7, 53, -7, -9,-20,-22,-12,  0;
/M: SY='K';  M= -9, -2,-28, -3,  5,-26,-18, -7,-28, 38,-26,-10,  2,-13,  8, 37, -8, -9,-19,-21,-11,  5;
/M: SY='N';  M= -4, 12,-19,  5,  0,-21, -7,  0,-21,  3,-27,-16, 23,-11,  1,  4, 14,  8,-19,-34,-16,  0;
/M: SY='K';  M= -7,  1,-25, -2,  1,-24,-16, -9,-20, 22,-24,-11,  5, -6,  1, 15, -3, -5,-14,-26,-14,  0;
/M: SY='R';  M= -8, -8,-26, -8, -3,-19,-13, -2,-20,  9,-15, -9, -2, -6,  0, 17, -5, -6,-17,-25,-12, -4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	43 in 43 different sequences
Number of true positive hits	43 in 43 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	Dof-type
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

43 sequences

CDF1_ARATH  (Q8W1E3), CDF2_ARATH  (Q93ZL5), CDF3_ARATH  (Q8LFV3),

CDF4_ARATH  (O22967), CDF5_ARATH  (Q9SEZ3), DOF11_ARATH (Q8L9V6), 
DOF12_ARATH (P68349), DOF13_ARATH (Q9LQX4), DOF14_ARATH (Q9FZA4), 
DOF15_ARATH (P68350), DOF16_ARATH (Q9SX97), DOF17_ARATH (O82155), 
DOF18_ARATH (Q84JQ8), DOF1_ORYSJ  (Q9SXG8), DOF21_ARATH (Q8LE43), 
DOF22_ARATH (Q9ZV33), DOF24_ARATH (O80928), DOF25_ARATH (Q9ZPY0), 
DOF2_ORYSJ  (B9F1L8), DOF31_ARATH (Q94AR6), DOF32_ARATH (Q9M1E6), 
DOF34_ARATH (Q39088), DOF35_ARATH (Q9SVC5), DOF36_ARATH (Q9M2U1), 
DOF37_ARATH (Q43385), DOF3_ORYSJ  (Q6K537), DOF41_ARATH (Q9M161), 
DOF42_ARATH (Q9SUB1), DOF43_ARATH (Q9SUB0), DOF44_ARATH (Q9SUA9), 
DOF45_ARATH (O49550), DOF46_ARATH (Q8LAP8), DOF47_ARATH (Q84K52), 
DOF4_ORYSJ  (Q6Z345), DOF51_ARATH (Q9LZ56), DOF53_ARATH (Q84TE9), 
DOF54_ARATH (Q8LDR0), DOF56_ARATH (Q9FM03), DOF57_ARATH (Q9LSL6), 
DOF58_ARATH (Q9FGD6), DOF5_ORYSJ  (Q5JLR7), MNB1A_MAIZE (P38564), 
PBF_MAIZE   (O24463)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment