PROSITE entry PS50297

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50297
Entry name [info]	ANK_REP_REGION
Accession [info]	PS50297
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 01-DEC-2001 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50088
Associated ProRule [info]	PRU00023

Name and characterization of the entry

Description [info]

Ankyrin repeat region circular profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=33; TOPOLOGY=CIRCULAR;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=30;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4505; R2=0.02653138; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=266; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=191; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-10;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; E1=0; MI=-8; IM=-10; I=-10;
/M: SY='B';  M=-10,  9,-23,  9,  5,-18,-12,  2,-20, -1,-17,-12,  9,-15,  2, -2, -1, -4,-19,-26, -8,  2;
/M: SY='G';  M= -3, -4,-28, -4,-11,-26, 40,-13,-33,-11,-25,-17,  2,-18,-12,-12, -1,-15,-26,-22,-23,-11;
/M: SY='R';  M= -9, -3,-22, -5, -2,-11,-16, -3,-15, -1,-12, -7,  0,-18, -1,  3, -6, -7,-14,-16, -4, -2;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-13, -7, -8,-11,-16,-14,-11, -9,-13,-11,  3,-11, -8, -9, 17, 32, -4,-30,-10, -8;
/M: SY='P';  M=  8,-17,-23,-16, -7,-21,-15,-20,-11,-12,-16,-12,-16, 35,-11,-19, -4, -5,-13,-27,-22,-12;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-20,-31,-22, 11,-30,-21, 21,-28, 41, 19,-28,-28,-20,-20,-26, -9, 13,-19,  1,-21;
/M: SY='H';  M=-15, -5,-25, -6, -5,-12,-20, 55,-17,-11,-11,  3,  1,-20,  3, -5,-10,-14,-18,-24, 13, -4;
/M: SY='L';  M= -8,-19,-20,-21,-14,  1,-25,-12,  5,-15,  9,  5,-18,-23,-12,-13,-15, -7,  3, -8,  5,-14;
/M: SY='A';  M= 39,-11, -7,-20,-12,-16, -4,-19, -9,-12, -9, -9,-10,-13,-11,-19,  8,  0,  0,-20,-16,-12;
/M: SY='A';  M= 16,-17,  1,-24,-18,-11,-17,-22,  3,-17, -2, -1,-15,-20,-16,-20,  0,  0, 11,-27,-14,-18;
/M: SY='R';  M= -5, -8,-20,-10, -2,-14,-16, -6,-12,  1,-10, -3, -5,-17,  1,  3, -4, -5,-10,-20, -7, -2;
/M: SY='N';  M= -5, -2,-20, -6, -2,-13,-12,  0,-15, -1,-14, -7,  3,-17, -1,  0, -1, -3,-14,-21, -4, -2;
/M: SY='G';  M= -3,  1,-25, -1, -8,-26, 29,-10,-31, -8,-26,-17,  8,-17, -8, -8,  1,-12,-25,-24,-22, -8;
/M: SY='H';  M=-12, 10,-23,  9,  3,-19,-14, 18,-22,  0,-19,-11, 13,-17,  5,  1, -1, -7,-22,-27, -3,  2;
/M: SY='L';  M= -6,-13,-21,-14, -8, -6,-22,-12,  0,-11,  1,  0,-12,-13, -9,-10, -8, -3,  1,-22, -5,-10;
/M: SY='E';  M= -7,  9,-25, 13, 16,-25,-12, -3,-23,  3,-20,-15,  5, -6,  5, -2,  1, -5,-21,-29,-16, 10;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='V';  M= -4,-22, -9,-28,-22, -1,-27,-20, 16,-20, 11, 11,-19,-23,-18,-19,-12, -3, 17,-24, -6,-21;
/M: SY='V';  M=  3,-24,-11,-28,-23, -1,-24,-24, 17,-20, 12,  8,-22,-24,-21,-20,-10, -2, 23,-24, -7,-22;
/M: SY='K';  M= -9,  1,-25,  2, 11,-24,-17, -2,-22, 15,-19,-10,  2,-13, 10, 14, -4, -7,-18,-25,-11,  9;
/M: SY='L';  M= -7,-18,-20,-21,-13,  4,-24,-12,  4,-14, 10,  5,-16,-22,-12,-11,-13, -5,  2,-13,  5,-13;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-19,-31,-21, 12,-30,-20, 20,-28, 42, 19,-28,-29,-20,-20,-27,-10, 11,-18,  1,-21;
/M: SY='L';  M= -8,-26,-18,-29,-21,  3,-30,-20, 22,-24, 28, 15,-24,-26,-18,-19,-21, -8, 15,-21, -2,-21;
/M: SY='E';  M= -5,  7,-24,  8, 14,-25,-11, -2,-23,  6,-20,-13,  5,-11,  9,  4,  3, -4,-20,-27,-14, 11;
/M: SY='H';  M= -3, -3,-20, -8, -4,-12,-14,  4,-15,  1,-13, -7,  2,-18, -1,  3, -3, -6,-14,-21, -3, -3;
/M: SY='G';  M= -2, -3,-27, -4,-13,-27, 44,-14,-34,-13,-27,-18,  4,-18,-13,-13,  1,-14,-26,-23,-24,-13;
/M: SY='A';  M= 26,-11,-11,-18,-11,-16, -5,-18, -7,-12, -9, -8,-10,-11,-12,-18,  5, -1,  1,-23,-16,-12;
/M: SY='D';  M=-11, 26,-24, 30, 10,-28, -8, -1,-27,  0,-26,-21, 20,-11,  1, -4,  5, -4,-24,-35,-17,  5;
/M: SY='I';  M= -4,-24,-21,-26,-19, -4,-27,-23, 16,-18,  8,  6,-21, -8,-18,-18,-13, -4, 15,-23, -8,-20;
/M: SY='N';  M= -9, 22,-21, 17,  4,-20, -8,  2,-21, -2,-22,-16, 26,-15, -1, -4,  5, -1,-22,-33,-15,  1;
/M: SY='A';  M=  4,-12,-17,-16,-10,-10,-18,-14,  1,-11, -1,  0,-11,-17, -8,-12, -4, -2,  3,-23, -8,-10;
/M: SY='R';  M= -6, -9,-20,-10, -3,-16,-18,-10,-11,  3,-11, -5, -7,-13,  0,  6, -5, -4, -7,-23,-10, -3;
/M: SY='D';  M=-10, 27,-22, 30,  7,-27, -6, -1,-28, -2,-25,-21, 20,-12, -2, -7,  6,  0,-23,-35,-17,  3;
/M: SY='N';  M= -6,  3,-22,  2,  2,-19,-12, -3,-18,  3,-18,-11,  5,-13,  0,  2,  0, -4,-15,-26,-10,  0;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	1'308 in 1'245 different sequences
Number of true positive hits	1'297 in 1'234 different sequences
Number of 'unknown' hits	1
Number of false positive hits	10 in 10 different sequences
Number of false negative sequences	101
Number of 'partial' sequences	3

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.23 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	92.78 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	4
Matrix type [info]	repeat_region
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	1234 sequences 36010_ASFK5 (P0C9P4), 36010_ASFM2 (Q65122), 36010_ASFP4 (P0C9P5), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	101 sequences 36012_ASFK5 (P0C9Q0), 36012_ASFM2 (Q65125), 36012_ASFP4 (P0C9Q1), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	3 sequences LATA_LATMA (P0DJE4), LITD_LATHA (P0DJE6), LITD_LATHE (P0DJE7)
UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences	1 sequence RMT2_SCHPO (Q10170)
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	10 sequences HVT1_ARATH (F4INY4), MURA2_STRA1 (Q3K1J2), MURA2_STRA3 (Q8E5U6), » more
PDB [Detailed view]	567 PDB 1A5E; 1AP7; 1AWC; 1BD8; 1BI7; 1BI8; 1BLX; 1BU9; 1D9S; 1DC2; 1DCQ; 1G3N; » more