PROSITE entry PS50294

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50294
Entry name [info]	WD_REPEATS_REGION
Accession [info]	PS50294
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 01-DEC-2001 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00574
Associated ProRule [info]	PRU00221

Name and characterization of the entry

Description [info]

Trp-Asp (WD) repeats circular profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; TOPOLOGY=CIRCULAR; LENGTH=42;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=38;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.6920; R2=0.02636350; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=221; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=145; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-10;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; E1=0; IM=-10; MI=-10; I=-8;
/M: SY='L';  M= -9,-18,-20,-21,-14,  6,-23,-12,  4,-18, 10,  4,-15,-20,-14,-14,-14, -6,  1,-16,  3,-15;
/M:         M= -5, -2,-21, -2,  0,-17,-13, -6,-16, -1,-15, -9,  0,-11,  0, -1,  0, -1,-13,-25,-10, -1;
/M: SY='G';  M=  2, -5,-22, -6, -7,-22, 18,-12,-24,-10,-20,-13, -1,-14, -9,-12,  2, -7,-17,-24,-19, -9;
/M: SY='H';  M=-14,  0,-27,  0,  0,-19,-16, 57,-25, -7,-19, -5,  6,-15,  5, -2, -6,-13,-24,-27,  8, -1;
/M: SY='S';  M= -4,  1,-21,  0,  3,-20,-11, -8,-18,  0,-17,-11,  2, -9,  1, -1,  4,  3,-14,-28,-13,  1;
/M: SY='B';  M= -2,  4,-21,  4,  1,-22, -1, -6,-22, -3,-20,-13,  4,-13, -1, -6,  3, -4,-17,-27,-15, -1;
/M:         M= -2, -7,-23, -7, -3,-16, -9,-11,-16, -6,-17,-12, -5, -5, -5, -7, -1, -3,-14,-17,-11, -5;
/M: SY='V';  M= -3,-26,-12,-30,-26, -1,-29,-26, 25,-21, 11,  9,-23,-25,-23,-21,-12, -3, 30,-26, -7,-26;
/M: SY='T';  M= -7, -5,-17,-10, -9, -7,-16, -8,-11, -7,-10, -7,  0,-19, -7, -4, -1,  4, -9,-16, -4, -8;
/M: SY='S';  M=  2, -2,  0, -4, -6,-19, -7,-12,-20,-10,-19,-14, -1,-17, -7,-11,  8,  2,-11,-31,-17, -7;
/M: SY='V';  M= -3,-25,-10,-29,-23,  2,-27,-23, 18,-23, 17, 11,-23,-26,-21,-20,-14, -5, 20,-24, -6,-23;
/M: SY='A';  M=  5, -1,-15, -3, -2,-20,-11,-10,-17, -2,-16,-11, -2,-14, -2, -4,  4, -1,-10,-25,-14, -2;
/M: SY='F';  M=-12,-26,-24,-31,-24, 25,-24,-19,  0,-22,  1, -2,-22,-25,-23,-18,-19,-11, -3, 25, 16,-22;
/M: SY='S';  M= -2,  3,-16,  1, -3,-17, -9,  3,-17, -8,-18,-12,  8,-15, -3, -8,  9,  2,-14,-31,-11, -3;
/M: SY='P';  M= -6, -6,-28, -3,  1,-23,-12, -8,-20, -4,-22,-15, -5, 24, -3, -8, -2, -6,-21,-27,-18, -3;
/M: SY='D';  M= -8, 14,-22, 16,  4,-21,-10, -2,-22, -3,-20,-16, 10,-12, -2, -6,  3, -1,-18,-30,-13,  1;
/I:         I=-12; MI=-15; MD=-25; IM=-15; DM=-25;
/M: SY='G';  M= -2, -1,-19, -1, -3,-19, 13, -8,-20, -7,-18,-12,  2, -8, -5, -8,  2, -6,-16,-21,-15, -4; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='N';  M= -6,  1,-20, -1,  0,-17, -9, -4,-17,  0,-16,-10,  4, -8,  1,  1,  1, -2,-15,-22,-10,  0; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='Y';  M= -9,-15,-21,-18,-13,  1,-23, -7,  0,-10,  3,  2,-12,-22, -9, -6,-12, -5, -1,-11,  6,-12; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-18,-31,-23, 13,-29,-21, 19,-25, 23, 13,-23,-26,-22,-20,-19, -7, 15,-16,  2,-23;
/M: SY='V';  M=  8,-21,-13,-27,-21,  0,-19,-21, 10,-20,  8,  4,-19,-22,-19,-20, -8, -3, 14,-19, -6,-20;
/M: SY='T';  M=  8, -6, -8,-10, -9,-13, -9,-15,-11,-12,-15,-11, -1,-13, -9,-13, 20, 21, -1,-32,-15, -9;
/M: SY='G';  M= 10,-10, -9,-14,-16,-21, 22,-20,-22,-16,-19,-14, -5,-18,-16,-18,  6, -5,-11,-26,-23,-16;
/M: SY='S';  M=  5, -3,-13, -5, -8,-19, 11,-12,-23,-13,-23,-16,  2,-15, -8,-14, 16,  3,-14,-29,-17, -8;
/M:         M= -4, -2,-21, -2, -1,-16,-10, -7,-17, -4,-14, -9, -2,-14, -3, -4, -1, -4,-14,-18, -8, -2;
/M: SY='D';  M=-16, 39,-28, 52, 16,-35, -8,  0,-35,  0,-28,-26, 19,-11,  1, -8,  2, -7,-27,-37,-19,  9;
/M: SY='G';  M= -5, -1,-22, -4, -6,-22, 11, -5,-27, -1,-23,-13,  6,-16, -4,  1,  1, -8,-22,-24,-16, -6;
/M: SY='T';  M= -3, -2,-17, -6, -4,-14,-16, -8,-11, -4,-12, -7,  0,-15, -2, -4,  6, 11, -7,-27, -9, -3;
/M: SY='I';  M= -2,-27,-14,-32,-25,  0,-30,-26, 27,-24, 17, 12,-23,-24,-22,-23,-15, -5, 26,-23, -6,-25;
/M: SY='R';  M=-10, -7,-23,-10, -3,-15,-19, -5,-16, 13,-14, -5, -3,-17,  2, 18, -7, -6,-12,-20, -5, -2;
/M: SY='I';  M= -7,-27,-18,-31,-24,  6,-30,-22, 23,-24, 19, 13,-23,-26,-21,-20,-17, -6, 22,-20, -1,-24;
/M: SY='W';  M=-19,-35,-42,-36,-28, 17,-22,-21,-13,-20,-12,-14,-34,-29,-20,-18,-33,-24,-22,109, 32,-21;
/M: SY='D';  M=-11, 26,-24, 32, 12,-29, -9, -1,-29,  2,-26,-21, 16,-11,  3, -3,  4, -4,-24,-34,-17,  7;
/M: SY='L';  M= -5,-20,-19,-24,-18,  0,-23,-18,  9,-18, 10,  6,-18,-18,-16,-16,-12, -3,  8,-17, -3,-17;
/M: SY='R';  M= -6,  1,-23,  1,  4,-20,-13, -5,-19,  3,-17,-11,  2, -9,  3,  5,  1, -2,-15,-26,-13,  2;
/M: SY='S';  M= -3,  3,-19,  0,  0,-18,-10, -8,-18, -2,-18,-12,  5,-11, -1, -3,  8,  8,-13,-28,-13, -1;
/M: SY='G';  M= -4, -4,-23, -5, -5,-19,  4,-10,-20, -7,-17,-10, -1,-11, -6, -7, -1, -7,-17,-23,-15, -6;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-22,  0,  6,-21,-13, -6,-19,  4,-18,-11,  1,-10,  4,  3,  1, -2,-16,-25,-12,  4;
/M:         M= -6, -9,-10,-11, -5,-14,-18,-11,-11, -7, -9, -6, -8,-11, -6, -6, -6, -4, -9,-25,-11, -6;
/M: SY='V';  M= -5,-13,-20,-15, -9, -9,-21,-15,  2,-11,  1,  1,-11,-14, -9,-10, -7, -2,  3,-24, -9,-10;
/M:         M= -6, -8,-21, -9, -5,-13,-15, -3,-12, -3,-10, -4, -5,-15, -2, -1, -5, -5,-10,-20, -5, -4;
/M: SY='T';  M= -4, -6,-18, -8, -4,-13,-17,-11, -9, -5,-10, -6, -4,-13, -4, -5,  2,  5, -4,-26,-10, -5;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	2'656 in 2'177 different sequences
Number of true positive hits	2'655 in 2'176 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	448
Number of 'partial' sequences	1

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.96 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	85.56 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	8
Matrix type [info]	repeat_region
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	2176 sequences A16L1_CAEEL (Q19124), A16L1_HUMAN (Q676U5), A16L1_MOUSE (Q8C0J2), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	448 sequences 2AB1_CAEEL (G5EDR3), 2ABA_ARATH (Q38821), 2ABA_CANTR (P53031), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	1 sequence NBEA_CHICK (Q9DDD5)
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence APC4_DICDI (Q54NI1)
PDB [Detailed view]	2562 PDB 1A0R; 1B9X; 1B9Y; 1ERJ; 1GG2; 1GOT; 1GP2; 1GXR; 1K8K; 1NEX; 1NR0; 1OMW; » more