PROSITE entry PS50217

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50217
Entry name [info]	BZIP
Accession [info]	PS50217
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-FEB-2003 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00036
Associated ProRule [info]	PRU00978

Name and characterization of the entry

Description [info]

Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=64;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=57;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8190863; R2=0.0114923; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2335.8620605; R2=5.9655170; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=582; H_SCORE=5808; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=408; H_SCORE=4770; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D';  M= -9, 12,-24, 18, 13,-24,-14, -6,-21, -1,-16,-15,  3,-11,  2, -3,  1, -4,-17,-31,-15,  7;
/M: SY='E';  M= -7, -2,-26,  2, 12,-19,-18, -9,-11, -5, -7, -8, -7, -6,  1, -9, -6, -7,-12,-25,-13,  6;
/M: SY='K';  M= -8, -2,-28, -1, 10,-26,-19, -5,-26, 29,-24,-10, -1, -9,  9, 25, -5, -7,-18,-23,-12,  8;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-28, -7, -1,-12,-21, -1,-18, 14,-13, -6, -5,-18,  5, 24, -9, -7,-14,-13,  7, -1;
/M: SY='R';  M= -7, -8,-27, -8,  5,-18,-20, -8,-13,  5,-11, -6, -7,-16,  6, 10, -7, -8,-11,-13, -8,  4;
/M: SY='R';  M=-13, -3,-28, -3,  6,-22,-20, -3,-22, 21,-18, -8,  0,-15,  8, 33, -7, -8,-16,-23,-11,  5;
/M: SY='R';  M=-17,-10,-29,-10,  0,-17,-21, -4,-26, 28,-18, -8, -2,-18,  6, 53,-11,-10,-17,-19, -8,  0;
/M: SY='R';  M=-13,-11,-26,-13, -4,-16,-22, -7,-15, 18, -8,  1, -7,-18,  3, 31,-11, -6,-10,-21, -8, -2;
/M: SY='E';  M= -3, -9,-25, -8,  8,-17,-17, -9, -9, -2, -3, -2, -9,-14,  5, -2, -7, -8,-10,-21,-11,  6;
/M: SY='R';  M= -8, -5,-26, -5,  4,-25,-14, -5,-26, 25,-24,-11,  1,-14, 11, 33,  0, -5,-18,-23,-12,  6;
/M: SY='N';  M=-10, 38,-20, 19,  0,-21,  1,  9,-20,  0,-30,-20, 58,-20,  1,  0, 10, -1,-30,-39,-20,  0;
/M: SY='R';  M=-15,  2,-24, -3,  0,-21,-16,  1,-27, 23,-23,-12, 12,-18,  6, 43, -5, -5,-21,-25,-12,  0;
/M: SY='E';  M= -2, -8,-24, -7,  7,-17,-18,-13, -3, -8, -3, -2, -9,-12, -1,-11, -6, -7, -3,-26,-13,  2;
/M: SY='A';  M= 35, -8,-12,-15, -8,-17, -2,-15,-12,-10,-15,-12, -6, -9, -7,-17, 16,  4, -4,-22,-15, -8;
/M: SY='A';  M= 39,-10,-11,-18, -9,-19, -4,-18, -8, -9,-11, -9, -9,-12, -7,-16, 10,  1,  2,-22,-19, -8;
/M: SY='R';  M= -4, -7,-22, -9,  1,-24,-15, -4,-22, 14,-19, -8, -2,-15, 13, 25, -1, -4,-16,-23,-12,  5;
/M: SY='R';  M= -8, -3,-27, -4,  6,-24,-17, -5,-26, 26,-22,-11,  2,-14,  9, 36, -4, -6,-19,-22,-12,  6;
/M: SY='C';  M=  0,-10, 23,-14,-13, -8,-11,-15,-20,-17,-21,-16, -4,-22,-14,-15, 14,  5,-10,-32,-12,-13;
/M: SY='R';  M=-19,-10,-30,-10,  0,-20,-20, -1,-29, 30,-20,-10,  0,-19, 10, 66,-10,-10,-19,-20,-10,  0;
/M: SY='E';  M= -9,  2,-26,  3, 10,-21,-19, -5,-15,  6,-11, -6, -1,-14,  9,  4, -6, -8,-15,-24,-10,  9;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-28, -6,  3,-24,-18, -5,-29, 34,-23,-10,  0,-15,  9, 47, -8, -9,-19,-20,-11,  3;
/M: SY='K';  M= -8, -4,-28, -5,  5,-26,-19, -7,-26, 37,-24, -7, -1,-13, 10, 34, -8, -9,-18,-20,-10,  7;
/M: SY='K';  M= -9, -6,-26, -6,  6,-23,-21, -7,-19, 22,-15, -5, -5,-14, 12, 21, -8, -6,-14,-21,-10,  8;
/M: SY='E';  M=  3, -1,-22,  1, 14,-25,-15, -4,-17,  1,-12, -8, -4,-11, 11, -2, -2, -7,-15,-25,-14, 12;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-27, -7,  3,-13,-21,  5,-19, 11,-15, -7, -4,-17,  6, 14,-10,-10,-18, -8,  7,  3;
/M: SY='M';  M= -6,-10,-17,-13, -5,-11,-23,-13,  2, -9,  1,  3, -9,-18, -5,-10, -7, -3,  1,-25, -9, -6;
/M: SY='E';  M= -9,  5,-26,  8, 13,-23,-18, -3,-19,  6,-14, -9,  1,-13, 11,  3, -3, -7,-17,-27,-12, 12;
/M: SY='E';  M= -6,  5,-21,  8, 23,-25,-13, -2,-24,  4,-20,-14,  1,-10, 11, -1,  0, -6,-22,-27,-15, 17;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-20,-26,-19,  4,-27,-18, 17,-24, 34, 16,-20,-26,-17,-17,-21, -6,  9,-22, -3,-18;
/M: SY='E';  M= -4,  3,-26,  6, 32,-28,-18,  1,-22,  6,-17,-10, -2, -6, 20,  0,  1, -6,-22,-27,-15, 26;
/M: SY='Q';  M= -4,  2,-23,  1,  6,-24,-11, -4,-20,  5,-18,-10,  3,-13,  7,  7,  1, -3,-16,-26,-14,  5;
/M: SY='K';  M=-11,  0,-27,  3, 18,-27,-19, -4,-27, 24,-22,-12,  0,-11, 15, 24, -4, -7,-21,-24,-13, 15;
/M: SY='V';  M=  3,-22, -9,-25,-21, -3,-24,-23, 13,-15,  6,  4,-20,-24,-20,-15, -8, -1, 23,-26,-10,-21;
/M: SY='E';  M=  0,  3,-23,  3, 13,-23,-15, -3,-17,  3,-13, -9,  1,-12,  9, -1,  0, -5,-16,-26,-14, 11;
/M: SY='E';  M= -5, -2,-23, -1, 10,-17,-18, -4,-15,  1,-11, -8, -4,-14,  7, -1, -3, -5,-13,-24, -9,  8;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-20,-29,-19,  9,-29,-18, 18,-27, 42, 18,-28,-28,-19,-19,-26, -9, 10,-18,  2,-19;
/M: SY='E';  M= -3, -2,-22, -2, 15,-21,-17, -8,-16,  3,-13, -9, -3,-11,  7, -1,  2,  1,-13,-27,-14, 11;
/M: SY='E';  M=  1,  2,-21,  2, 10,-24,-11, -6,-21,  6,-20,-13,  2,-11,  6,  3,  4, -2,-16,-26,-15,  8;
/M: SY='E';  M= -9,  6,-28, 11, 35,-28,-19, -2,-24, 10,-17,-13,  0, -6, 19,  5, -2, -8,-24,-27,-16, 27;
/M: SY='N';  M= -9, 24,-21, 10, -1,-19, -6,  3,-17,  3,-24,-15, 37,-19, -1,  2,  4, -2,-21,-34,-16, -1;
/M: SY='E';  M=  1,  4,-22,  4, 12,-24,-12, -6,-20,  2,-18,-12,  2,-10,  6, -2,  6,  1,-15,-28,-15,  9;
/M: SY='Q';  M= -2, -3,-22, -4,  4,-23,-15, -4,-18,  6,-17, -8, -1,-13,  8,  8,  2, -1,-14,-26,-12,  5;
/M: SY='L';  M=-10,-27,-20,-28,-20,  8,-29,-18, 19,-28, 44, 20,-27,-29,-19,-19,-27, -8, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='R';  M= -9, -7,-26, -7,  4,-18,-20, -5,-16, 12,-10, -4, -4,-16,  7, 17, -7, -7,-13,-22, -9,  4;
/M: SY='K';  M=  0,  0,-21, -2,  5,-23,-13, -8,-19,  8,-18,-10,  1,-12,  7,  6,  3,  1,-14,-26,-14,  6;
/M: SY='E';  M=-10,  3,-28,  7, 31,-27,-18, -1,-25, 13,-19,-12,  0, -8, 18, 12, -2, -7,-23,-26,-15, 24;
/M: SY='I';  M= -4,-20,-20,-25,-20, -3,-27,-21, 20,-18, 14,  9,-15,-24,-17,-16,-13, -5, 19,-25, -7,-20;
/M: SY='E';  M=  1,  6,-22,  8, 13,-25, -8, -6,-23,  1,-19,-15,  3,-11,  4, -3,  5, -2,-18,-29,-17,  8;
/M: SY='Q';  M= -5, -1,-23, -1,  7,-19,-17, -3,-16,  1,-12, -7, -2,-14,  8,  4, -1, -4,-14,-24,-10,  6;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-20,-29,-20,  8,-29,-19, 19,-27, 40, 18,-27,-28,-18,-19,-25, -8, 11,-19,  1,-19;
/I:         I=-9; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='R';  M= -6,  0,-23, -2,  8,-21,-17, -6,-19, 12,-16, -9,  1,-13,  8, 15,  1,  2,-15,-25,-12,  7; D=-6;
/I:         DM=-29;
/M: SY='R';  M=-10,  1,-22,  1, 10,-25,-17, -4,-24, 17,-20,-10,  2,-14, 12, 20, -3, -6,-19,-25,-13, 10;
/M: SY='E';  M= -7,  7,-27, 12, 36,-28,-17,  0,-25,  8,-18,-15,  1, -6, 17,  2,  1, -6,-24,-28,-16, 26;
/M: SY='L';  M= -8,-16,-14,-20,-17, -1,-24,-14,  7,-15, 10,  4,-11,-25,-15,-11,-13, -5,  6,-22, -2,-17;
/M: SY='E';  M= -1,  4,-23,  5, 10,-22,-12, -6,-19,  2,-16,-12,  3,-12,  3, -1,  1, -3,-15,-27,-14,  6;
/M: SY='Q';  M= -4, -2,-22, -3,  3,-18,-14, -1,-18,  2,-16, -9, -1,-15,  5,  2,  0, -2,-15,-19, -6,  3;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-18,-28,-21, 11,-28,-15, 14,-23, 29, 16,-24,-27,-18,-17,-22, -6,  9,-15,  5,-20;
/M: SY='K';  M=-10, -3,-26, -4,  7,-22,-20, -8,-21, 23,-18, -8, -1,-13,  6, 23, -5, -3,-14,-23,-11,  5;
/M: SY='S';  M=  0, -1,-21, -3,  1,-18, -7, -6,-17, -2,-17,-10,  3,-15,  3, -3,  5, -1,-13,-25,-12,  2;
/M: SY='E';  M= -7, -9,-24, -9,  5,-12,-23,-11, -4, -2,  1,  1,-10,-16,  2, -4,-10, -6, -6,-22, -8,  3;
/M: SY='L';  M=-10,-13,-17,-19,-17,  6,-23,-13,  9,-19, 15,  6, -7,-26,-16,-15,-14, -6,  4,-22,  0,-17;
/M: SY='R';  M= -2, -4,-21, -7,  0,-14,-16, -6,-12,  1,-10, -4, -1,-15,  0,  5,  0,  1, -9,-26,-10, -1;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-21, -1,  7,-22,-15, -7,-16,  3,-15, -8, -2,-10,  5, -1,  1, -3,-12,-27,-14,  6;
/M: SY='L';  M=-12,-18,-23,-20,-14,  0,-26, 12,  2,-15, 14, 10,-14,-24, -9, -8,-17, -9, -1,-19,  9,-13;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	441 in 439 different sequences
Number of true positive hits	441 in 439 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	45
Number of 'partial' sequences	1

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	90.74 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Bacteriophages, Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	K_Hofmann, N_Hulo
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	439 sequences ABI5_ARATH (Q9SJN0), ABI5_ORYSJ (Q8RZ35), ACA1_YEAST (P39970), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	45 sequences ACTC_BPMU (P06022), ARR1_YEAST (Q06596), ATF7_CAEEL (Q86MD3), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	1 sequence BZIP_PSEMZ (P85926)
PDB [Detailed view]	68 PDB 1A02; 1CI6; 1DGC; 1DH3; 1FOS; 1GD2; 1GTW; 1GU4; 1GU5; 1H88; 1H89; 1H8A; » more