PROSITE entry PS50181

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50181
Entry name [info]	FBOX
Accession [info]	PS50181
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50181
Associated ProRule [info]	PRU00080

Name and characterization of the entry

Description [info]

F-box domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=47;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=43;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.8338000; R2=0.0264944; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1530.4213867; R2=2.3578596; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=290; H_SCORE=2214; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=214; H_SCORE=2035; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-80; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P';  M= -3,-10,-20,-11, -6,-16,-13,-14,-10,-10,-15,-10, -6,  4, -9,-10,  1, -2, -9,-28,-16, -9;
/M: SY='F';  M=-13,-14,-17,-16,-13, 16,-24,-14, -4,-14,  2,  1,-12,-21,-17, -9,-12, -7, -1,-16,  2,-14;
/M: SY='N';  M= -7, -3,-23, -5, -3,-11,-12, -6,-13, -6,-14, -8,  2, -8, -4, -4,  1, -1,-13,-25, -9, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-22,-32,-23, 12,-30,-21, 20,-25, 28, 14,-25,-27,-21,-20,-23,-10, 13,-10,  4,-22;
/M: SY='T';  M= -4, -7,-20, -8, -5,-12,-12, -8, -8,-11, -1, -2, -5,-18, -6, -9,  0,  2, -6,-27, -9, -6;
/M: SY='N';  M= -6,  7,-21,  5,  4,-22,-11, -3,-19,  4,-19,-11,  9,-15,  6,  3,  3, -2,-17,-29,-14,  4;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-19,-31,-22, 10,-30,-20, 21,-27, 41, 21,-29,-29,-20,-20,-26, -9, 15,-20,  0,-21;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-39,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-19, 88,-10,-20, -9, -9,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='D';  M= -8,  3,-24,  4,  2,-14,-16, -4,-14, -7,-14,-11,  2, -7, -2, -9,  2,  0,-14,-26, -7, -1;
/M: SY='E';  M=-10,  2,-27,  7, 22,-23,-19, -1,-21,  8,-14,-11, -2, -9,  6,  4, -5, -7,-18,-28,-13, 14;
/M: SY='I';  M=  2,-24,-17,-27,-21, -4,-26,-24, 20,-22, 14,  9,-21,-19,-19,-22,-12, -5, 20,-25, -8,-22;
/M: SY='L';  M= -8,-24,-22,-26,-17,  4,-26,-14, 11,-22, 23, 12,-21,-25,-13,-15,-19, -7,  4,-12,  2,-15;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-20, -7,  0,-11,-20, -4,-14,  1, -9, -5, -4,-18,  1,  6, -7, -7,-13,-21, -4,  0;
/M: SY='K';  M=-12, -1,-22, -1,  5,-23,-19,  1,-21, 13,-19, -9,  1, -9,  7, 10, -7,-10,-19,-25, -9,  4;
/M: SY='I';  M= -6,-27,-22,-33,-27,  1,-33,-28, 35,-25, 16, 14,-21,-22,-21,-24,-14, -3, 29,-23, -3,-27;
/M: SY='L';  M=-11,-28,-19,-32,-23, 27,-29,-20, 14,-27, 29, 13,-24,-28,-25,-20,-22, -7, 10,-12,  8,-23;
/M: SY='Q';  M= -5,  2,-20,  2,  5,-20,-13, -6,-20,  5,-19,-12,  3,-14,  6,  3,  4, -2,-17,-24,-10,  5;
/M: SY='Y';  M=-15, -8,-23,-13, -9,  1,-20, 13,-12, -4,-10, -3, -2,-22, -3,  0,-10, -8,-15, -7, 16, -8;
/M: SY='L';  M= -7,-27,-11,-30,-22,  7,-28,-19, 17,-26, 33, 18,-27,-28,-20,-20,-23, -9, 13,-21, -1,-21;
/M: SY='D';  M= -9, 16,-24, 22,  6,-28,-11, -8,-26, -1,-27,-21,  9,  7, -2, -8,  6,  1,-22,-35,-20,  1;
/M: SY='P';  M= -2,-16,-21,-17,-10,-10,-21,-15, -3,-12, -7, -3,-14,  8, -8,-15, -4, -1, -5,-22, -8,-11;
/M:         M= -9, -4,-23, -5, -1,-16,-18, -8,-12,  0,-14, -6, -3, -5, -1, -4, -5, -4,-12,-22, -9, -2;
/M: SY='D';  M= -8, 23,-24, 31, 18,-30,-11,  0,-28,  0,-24,-20, 12,-10,  7, -6,  7, -2,-23,-34,-16, 12;
/M: SY='L';  M=-11,-24,-20,-27,-19,  5,-30,-19, 16,-21, 28, 13,-22,-26,-16,-14,-22, -7,  9,-20,  0,-19;
/M: SY='F';  M=-10,-22,-10,-27,-21, 15,-26,-15,  4,-20, 11,  4,-17,-25,-20,-14,-17, -8,  2,-15,  5,-20;
/I:         I=-8; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='R';  M= -5,  2,-22, -1,  3,-19,-13, -5,-18,  7,-20,-11,  8,-15,  2, 10,  5,  2,-13,-28,-13,  2;
/M: SY='L';  M= -3,-25, -8,-30,-21,  6,-27,-21, 14,-25, 22, 10,-22,-26,-20,-21,-17, -6, 10,-21, -2,-21;
/M: SY='S';  M=  2, -6,-11, -7,  2,-19,-12,-10,-18, -2,-17,-11, -2,-13,  0,  2, 10,  4,-10,-30,-16,  0;
/M: SY='L';  M= -9,-11,-22,-12, -3, -8,-20, -9, -9, -3,  2,  0,-10,-19,  2,  2,-11, -8,-10,-19, -3, -1;
/M: SY='V';  M=  0,-23,  1,-26,-24, -4,-26,-26, 14,-20,  4,  3,-21,-24,-24,-20, -7,  2, 26,-29,-11,-25;
/M: SY='C';  M= -1, -4, 26,-10,-12,-15,-13,-13,-21,-16,-23,-17,  4,-18,-12,-16, 12,  3,-12,-39,-20,-12;
/M: SY='R';  M= -9, -6,-25, -7,  1,-21,-18, -2,-20, 16,-17, -6, -3,-11,  6, 18, -4, -2,-15,-24, -9,  2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='R';  M=-10, -2,-25, -4,  6,-21,-17, -1,-21, 17,-16, -7,  2,-14,  9, 23, -5, -6,-17,-23,-10,  6;D=-4;
/I:         MD=-15;
/M: SY='W';  M=-10,-23,-22,-27,-20, 15,-22,-18, -1,-18,  4,  0,-20,-22,-18,-13,-17, -7, -4, 19,  9,-18; D=-4;
/I:         MD=-15;
/M: SY='R';  M= -8,  0,-21, -4, -1,-13,-15,  2,-17, 10,-17, -9,  6,-16,  2, 12, -3, -4,-16,-18,  1, -1; D=-4;
/I:         I=-8; MI=-8; IM=-8; DM=-15;
/M: SY='N';  M= -4,  2,-18,  0,  0,-21,-10, -8,-17, -2,-16, -9,  3,-14,  1, -1,  3,  1,-13,-28,-14,  0;
/M: SY='I';  M= -4,-26,-20,-30,-23,  3,-28,-22, 23,-24, 23, 12,-23,-25,-19,-21,-17, -5, 19,-20,  0,-22;
/M: SY='I';  M= -2,-22,-19,-27,-20, -3,-26,-20, 18,-19,  9,  8,-18,-20,-17,-16,-12, -6, 17,-23, -6,-20;
/M: SY='D';  M= -9,  6,-25,  7,  7,-18,-16, -2,-19,  5,-17,-10,  5,-10,  1,  2, -1, -4,-17,-27,-10,  3;
/I:         MD=-17;
/M: SY='D';  M= -6,  9,-19, 11,  5,-21,-10, -2,-22,  3,-20,-13,  7,-10,  2,  2,  5,  0,-17,-26,-11,  3; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='D';  M= -8, 11,-20, 13,  2,-18, -7, -1,-20, -4,-17,-14,  8,-13, -4, -7,  1, -3,-16,-27,-11, -1; D=-3;
/I:         DM=-17;
/M: SY='E';  M= -6, -4,-23, -4,  3,-15,-17, -5,-13, -2, -9, -6, -2,-12,  1,  0, -2, -3,-12,-25, -9,  1;
/M: SY='L';  M= -7,-12,-18,-16,-14,  1,-22, -8,  0,-11,  3,  2, -9,-22,-13,-10, -8, -2,  2,-21,  0,-14;
/M: SY='W';  M=-15,-28,-32,-32,-26, 27,-22,-16, -3,-20, -2, -4,-24,-28,-23,-18,-24,-16, -9, 49, 29,-22;
/M: SY='R';  M= -8, -5,-25, -5,  1,-20,-21, -6,-12,  9,-12, -5, -4,-15,  5, 10, -5, -5, -9,-24, -9,  2;
/M: SY='R';  M=-10,  0,-24,  0,  2,-20,-15, -4,-19,  8,-19,-10,  2,-10,  2,  9, -2, -3,-15,-26,-10,  0;
/M: SY='L';  M= -7,-16,-21,-20,-14, -1,-24,-10,  7,-14, 12, 10,-14,-22,-11, -8,-14, -6,  5,-21, -1,-14;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	655 in 655 different sequences
Number of true positive hits	654 in 654 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	466
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.85 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	58.39 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	F-box
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	654 sequences AARA_DICDI (Q54I71), ADLO2_ARATH (Q9M224), ADO1_ARATH (Q94BT6), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	466 sequences ADLO1_ARATH (O22161), ADO1_ORYSJ (Q5Z8K3), ADO2_ARATH (Q8W420), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence FLIG_AQUAE (O66891)
PDB [Detailed view]	75 PDB 1FQV; 1FS1; 1FS2; 1LDK; 1NEX; 1P22; 2ASS; 2AST; 2E31; 2E32; 2OVP; 2OVQ; » more