PROSITE entry PS50172

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50172
Entry name [info]	BRCT
Accession [info]	PS50172
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 08-NOV-2023 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50172
Associated ProRule [info]	PRU00033

Name and characterization of the entry

Description [info]

BRCT domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=92;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=87;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0987999; R2=0.0278200; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3158.5390625; R2=3.6469345; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=245; H_SCORE=4052; N_SCORE=7.9; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=195; H_SCORE=3870; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-6; I=-20; B1=-50; E1=-50; MM=1; DI=-50; ID=-50; MI=-50; MD=-50; IM=-50; DM=-50; M0=-5; I0=-5;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-50; BD=-50;
/M:         M= -5, -5,-24, -6,  0,-17, -9, -5,-16, -3,-16,-10, -1, -5,  0, -1, -1, -6,-14,-26,-14, -1;
/M:         M= -4, -9,-24, -9, -3,-16,-15, -8, -7, -5, -9, -4, -7, -9, -3, -5, -2, -5, -7,-24, -8, -4;
/M: SY='E';  M= -4, -4,-19, -3,  2,-17,-11,-10,-14, -5,-14, -8, -3, -7, -3, -7,  2, -2,-11,-28,-14, -1;
/M: SY='K';  M= -8,  3,-25,  1,  0,-22,-10, -7,-18,  6,-20,-10,  6, -7, -1,  2,  0, -3,-15,-29,-15, -1;
/M: SY='I';  M= -8,-22,-20,-23,-17, -5,-25,-21,  9,-18,  7,  5,-20, -2,-17,-19,-16, -8,  4,-23, -8,-19;
/M: SY='F';  M=-15,-29,-19,-36,-26, 49,-29,-19,  9,-28, 23, 11,-23,-29,-30,-19,-22, -9,  6, -3, 17,-25;
/M: SY='Q';  M= -3,  1,-22,  0, 10,-23,-14, -6,-21, 10,-20,-12,  3,-11, 11,  7,  7,  4,-17,-27,-13, 10;
/M: SY='G';  M= -6, 10,-26,  9, -6,-25, 30, -9,-33,-10,-28,-20, 16,-18,-10,-11,  3,-10,-27,-28,-23, -8;
/M: SY='L';  M=-10,-22, -7,-25,-18,  2,-28,-13,  6,-15, 13,  8,-20,-26,-15,-12,-18, -8,  6,-19,  3,-17;
/M: SY='T';  M= -4, -8,-18,-11, -4,-11,-22,-13, -4, -4, -8, -4, -7,-15, -6, -6,  2, 11,  3,-26, -8, -5;
/I:         MD=-15;
/M: SY='F';  M= -8,-23,-18,-29,-23, 22,-27,-20, 17,-22, 13,  8,-18,-25,-23,-18,-15, -6, 17,-13,  5,-23; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='Y';  M=-10,-21, -4,-24,-21, 19,-26, -8,  2,-18,  3,  0,-18,-27,-20,-15,-13, -5,  4, -6, 20,-21; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='L';  M= -8,-26,-11,-29,-23, 10,-28,-22, 19,-24, 22, 10,-23,-23,-22,-20,-18, -6, 17,-19, -1,-23; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='T';  M= -4, -4,-15, -9,-10, -8,-15, -7, -6,-10, -5, -2, -2,-12, -8, -9,  1,  9, -4,-23, -4,-10; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-24, -4, -4,-23, 21, -7,-26, -8,-23,-15,  1, -5, -6, -8,  4, -8,-22,-22,-18, -6; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M:         M= -8, -7,-21, -7, -5, -1,-15, -9, -8, -5, -6, -6, -6,-12, -8, -4, -5, -4, -7,-15,  0, -7; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='L';  M= -5, -7,-16,-10, -7, -1,-15, -9, -2, -3,  1,  0, -5,-15, -7, -2, -7, -2, -2,-14, -2, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-20; IM=0; DM=-20;
/M: SY='S';  M= -2, -1,-17, -1,  2,-15, -7, -8,-13, -3,-15,-10,  1,  1,  0, -5,  5,  4,-11,-21,-12,  0; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='D';  M= -6,  4,-22,  5,  5,-23, -4, -4,-20,  0,-19,-11,  5, -6,  5, -2,  4, -2,-18,-27,-15,  5; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='T';  M= -7, -5,-18, -8, -2,-14,-18,-11, -7, -6, -9, -3, -3, -1, -4, -7, -2,  1, -9,-26,-12, -4; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='E';  M= -9,  5,-26,  7, 15,-22,-13, -3,-23,  3,-20,-15,  4,  2,  7,  2,  0, -5,-23,-27,-15, 10; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='R';  M=-11, -9,-26,-10, -5,-12,-21, -8,-13, 11,-10, -4, -6,-16, -2, 21, -9, -6, -8,-20, -5, -6;
/M: SY='E';  M= -5,  2,-24,  4,  6,-18,-15, -5,-17, -4,-14,-10, -1, -4, -1, -6,  1, -3,-14,-28,-13,  1;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-26,  0, 11,-15,-20, -5,-14,  0,-11, -8, -5,-11,  5, -1, -5, -7,-13,-21, -6,  7;
/M: SY='L';  M= -3,-24,-21,-28,-20,  0,-25,-20, 18,-20, 22, 15,-22,-24,-17,-18,-18, -7, 14,-18, -3,-19;
/M: SY='E';  M= -5, -3,-24, -2,  9,-18,-15, -5,-16,  5,-14, -7, -3,-13,  4,  3, -1, -5,-12,-24,-10,  6;
/M: SY='K';  M= -4,  4,-24,  4,  8,-22,-14, -7,-22, 10,-20,-12,  4,-12,  4,  9,  1, -3,-17,-24,-13,  6;
/M: SY='L';  M= -6,-20,-17,-24,-14,  1,-25,-14,  5,-12, 12, 10,-17,-22,-10,-10,-15, -7,  2,-15,  1,-13;
/M: SY='I';  M=  3,-25,-18,-30,-22,  0,-27,-24, 22,-22, 19, 11,-22,-23,-19,-21,-14, -4, 21,-22, -6,-22;
/M: SY='R';  M= -8, -8,-20, -8,  5,-18,-21, -5,-13,  5,-11, -5, -6,-16,  3,  9, -4, -4, -7,-26,-10,  2;
/M: SY='N';  M= -3, -2,-19, -6,  0,-15,-15, -4,-13,  0, -9, -6,  1,-16,  0,  0, -2, -3,-12,-25, -9,  0;
/M: SY='Y';  M=-11,-11,-12,-16,-14,  3,-18,  1, -8,-14,  1,  0, -6,-24,-12,-10,-12, -9, -9,-19,  4,-13;
/M: SY='G';  M=  1, -8,-29, -9,-18,-29, 59,-16,-37,-18,-28,-18,  1,-19,-17,-17,  0,-18,-28,-21,-27,-18;
/M: SY='G';  M= 11,-10,-24,-14,-17,-20, 41,-19,-27,-18,-21,-15, -3,-18,-18,-20,  2,-13,-19,-19,-23,-17;
/M: SY='K';  M= -5, -5,-23, -6,  2,-18,-19,-10,-15, 12,-16, -8, -3,-13,  2, 11,  0,  3, -9,-23, -8,  1;
/M: SY='V';  M= -8,-23,-16,-26,-23,  9,-28,-18, 16,-21, 11,  8,-21,-24,-21,-19,-13, -3, 18,-17,  6,-23;
/M: SY='T';  M=  0,-10,-15,-13, -6,-11,-18,-12, -4,-11, -2, -3, -8,-17, -9, -8,  1,  7,  2,-28,-11, -8;
/M: SY='N';  M= -8,  2,-24,  2,  2,-23,-10, -8,-20,  1,-22,-14,  4, -1,  0, -5,  1, -2,-18,-26,-15,  0;
/I:         MD=-20;
/M: SY='D';  M= -7,  5,-19,  8,  8,-15,-13, -5,-17, -3,-15,-13,  2,-13,  1, -5,  3, -2,-14,-25, -7,  4; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='L';  M= -7,-17,-17,-18,-15,  2,-20,-11,  7,-16, 11,  5,-15,-19,-15,-14,-14, -7,  6,-14,  0,-15; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; IM=0; DM=-20;
/M: SY='S';  M=  5, -4,-17, -6, -5,-16, -9, -9,-13, -7,-15, -9, -1,-10, -4, -8, 12, 11, -7,-28,-11, -5;
/M: SY='K';  M= -5,  1,-25,  2,  5,-23, -9, -8,-22,  7,-21,-13,  2, -9,  1,  5,  1, -3,-18,-23,-13,  3;
/M: SY='K';  M= -9,  2,-25,  3,  4,-19,-14, -6,-19,  7,-16,-11,  2,-12,  0,  5, -2, -4,-15,-26,-11,  1;
/M: SY='T';  M=  4, -7, -8,-14,-13,-11,-16,-13, -5,-11, -9, -5, -5,-18,-10,-13,  4, 11,  3,-27,-10,-12;
/M: SY='T';  M= -5,  5,-15,  1, -5,-14,-16,-11,-13, -7,-15,-12,  6,-13, -6, -8, 10, 17, -8,-29,-10, -6;
/M: SY='H';  M=-14,-16,-19,-18,-15,  2,-26, 30, -4,-17,  2,  4,-11,-26,-10,-10,-15,-12, -4,-18, 17,-15;
/M: SY='V';  M= -7,-28,-13,-31,-25,  6,-31,-23, 23,-24, 22, 13,-25,-28,-23,-19,-18, -6, 24,-23, -3,-25;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-21,-35,-29,  6,-35,-28, 36,-25, 16, 14,-24,-25,-25,-24,-16, -6, 34,-21,  0,-29;
/M: SY='A';  M= 14,-14, -9,-20,-16,-11,-14,-20,  2,-15, -5, -2,-11,-15,-14,-18,  4,  6,  9,-26,-13,-16;
/I:         MD=-20;
/M: SY='N';  M= -3,  2,-14,  1, -1,-24,  3,-10,-25, -4,-23,-16,  4, -7, -3, -9,  4, -1,-20,-28,-18, -2; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='E';  M= -8,  5,-17,  5,  9,-18,-14, -2,-20, -1,-19,-14,  6, -3,  3, -1,  3, -1,-20,-26,-10,  5; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='N';  M= -5,  7,-20,  4,  2,-16,-11, -4,-12, -4,-14,-10,  8, -9, -1, -7,  2,  0,-13,-25,-11,  0; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='S';  M=  3,  1,-13, -1,  1,-16,-10, -4,-15, -6,-15,-10,  0, -5, -1,-10,  4,  0,-12,-20,-11,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-20; IM=0; DM=-20;
/M:         M=  0, -6,-21, -7, -3,-15, -3,-13,-15, -4,-13,-10, -5, -9, -6, -7, -1, -3,-10,-16,-13, -5; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='R';  M= -9,  2,-26,  3,  9,-24,-16, -3,-25, 13,-23,-14,  3, -4,  6, 16,  2, -1,-20,-27,-13,  6;
/M: SY='K';  M= -6, -6,-19, -7,  0,-19,-21,-10,-12,  9,-15, -5, -5,-13,  0,  5, -1,  2, -4,-27,-11, -1;
/M: SY='L';  M= -9,-16,-20,-19,-14,  6,-23,-12,  3,-15, 10,  5,-13,-22,-14,-12,-14, -7, -1,-13,  5,-15;
/M: SY='K';  M= -4,  6,-26,  8, 13,-28,-13, -7,-27, 17,-25,-16,  5, -2,  5,  8,  0, -5,-21,-27,-17,  8;
/M: SY='Y';  M= -9,-14,-19,-17,-10,  3,-22,-13, -6, -4, -6, -4,-12,-21,-12, -6,-12, -8, -4, -6,  6,-11;
/M: SY='A';  M=  9,-17,-15,-21,-13,  0,-17,-18,  1,-16,  6,  2,-15,-17,-14,-17, -6, -4,  2,-20, -7,-13;
/M: SY='E';  M= -6, -6,-20, -5,  6,-20,-19, -5,-14,  1, -9, -6, -6,-10,  5,  0, -5, -7,-13,-25,-11,  5;
/M: SY='E';  M=  0, -2,-19, -2,  6,-21,-11, -9,-19,  4,-17,-10, -2,-13,  3,  3,  3, -1,-13,-26,-15,  4;
/M: SY='L';  M= -9,-17,-25,-21,-16, -3,-26,-15, 10,-17, 11,  6,-13,-21,-11,-14,-16, -8,  3,-12, -1,-14;
/M: SY='G';  M=  1, -3,-25, -4, -2,-25,  5,-12,-24,  4,-21,-13,  0,-10, -3,  2,  0, -7,-17,-24,-18, -3;
/I:         MD=-20;
/M:         M= -5, -8,-17, -9, -6, -6,-12, -4, -6, -8, -3, -3, -6, -8, -5, -6, -3,  0, -5,-15, -3, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-20; IM=0; DM=-20;
/M: SY='N';  M= -2,  4,-11,  1,  0,-13, -1, -4,-11,  0,-13, -8,  8, -9,  0, -1,  3, -1,-10,-17,-10,  0; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='I';  M= -6,-21,-22,-25,-19,  4,-24,-20, 16,-17,  8,  6,-17,-15,-16,-17,-14, -7, 10, -8,  2,-19; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='P';  M=-11, -6,-26, -3,  1,-18,-16, -5,-20,  3,-19,-12, -6, 15, -3,  1, -8, -9,-20,-17,-12, -3; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='I';  M= -6,-23,-16,-28,-23,  5,-29,-24, 22,-22, 13,  9,-19,-23,-21,-20,-11,  2, 22,-21, -2,-23; D=-4;
/I:         DM=-20;
/M: SY='V';  M= -4,-26,-16,-27,-23,  0,-30,-24, 25,-21, 17, 14,-26,-27,-21,-19,-14, -3, 32,-26, -7,-23;
/M: SY='N';  M= -6,  5,-19,  5,  1,-21,-12,  6,-23,  3,-23,-13,  8,-12,  2,  3,  8,  4,-17,-30, -9,  0;
/M: SY='P';  M= -9,-10,-31, -6,  6,-20,-21, -5,-14, -3,-16, -9,-12, 17,  0, -8, -9,-10,-17,-17, -9,  1;
/M: SY='E';  M= -7, 10,-25, 16, 20,-22,-15, -6,-22,  0,-18,-15,  3,-10,  5, -4,  2, -4,-19,-27,-15, 12;
/M: SY='W';  M=-18,-34,-44,-35,-25, 15,-16,-25,-18,-19,-16,-17,-33,-28,-20,-19,-33,-25,-26,112, 26,-19;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-20,-34,-26, 11,-33,-25, 29,-27, 28, 16,-26,-27,-24,-23,-21, -8, 24,-20,  0,-26;
/M: SY='Y';  M=-11,-15,-25,-17,-11,  1,-24, -9, -1,-12,  4,  0,-13,-21,-10,-10,-13, -4, -4, -2,  7,-11;
/M: SY='D';  M= -4, 12,-25, 16, 16,-29,-12, -1,-26,  5,-22,-16,  6,-10, 11,  4,  3, -5,-21,-29,-16, 13;
/M: SY='C';  M= -2,-13, 49,-19,-18,-17,-18,-22,-19,-22,-15,-14,-10,-27,-17,-21,  5,  2, -7,-41,-22,-17;
/M: SY='I';  M=-10,-26,-18,-31,-23,  4,-32,-20, 25,-24, 19, 14,-20,-25,-19,-21,-20, -9, 16,-17,  1,-23;
/M: SY='Q';  M= -6, -3,-26, -3,  6,-20,-15, -1,-15,  5,-13, -5, -2,-15,  7,  3, -5, -8,-14,-22, -7,  5;
/M: SY='R';  M= -1, -2,-22, -6,  3,-14,-15, -5,-15,  5,-14, -6,  0,-14,  1,  6,  0, -2,-12,-22, -7,  1;
/M: SY='R';  M= -9, -1,-25, -3, -2,-23,  5, -3,-27,  6,-23,-13,  5,-18,  3,  8, -5,-12,-24,-18,-12,  0;
/M: SY='R';  M= -8, -2,-15, -2,  9,-23,-17, -7,-26, 14,-22,-13,  0,-14,  8, 19,  1, -3,-18,-26,-14,  7;
/M: SY='L';  M= -8,-21,-14,-24,-16, -3,-24,-19,  3,-14,  8,  4,-18,-13,-14,-10,-14, -7,  1,-22, -7,-16;
/M: SY='L';  M= -5,-21,-20,-22,-16, -4,-24,-19, 12,-16, 15,  8,-20,-24,-11,-13,-15, -7, 12,-22, -6,-14;
/M: SY='P';  M= -8,  6,-29,  9,  5,-23, -6, -9,-21, -7,-22,-17,  4, 11, -5,-12, -3, -9,-22,-30,-20, -1;
/M: SY='E';  M=-11,-12,-27,-12,  1, -6,-24, -1, -4,-11, -3, -1,-11, -8, -5,-12,-11, -8, -7,-14,  0, -3;
/M: SY='E';  M=-11, 11,-23, 16, 17,-28,-17,  4,-27,  7,-20,-14,  5,-11, 11,  6, -2, -6,-23,-29,-13, 13;
/M: SY='D';  M=-11,  7,-28, 10,  4,-21,-11, -6,-21, -2,-19,-13,  5,  2,  0, -3, -3, -6,-21,-27,-14,  1;
/M: SY='Y';  M=-17,-19,-26,-22,-19, 26,-28,  6, -1,-11,  0,  0,-14,-26,-14, -7,-16, -9, -5,  7, 41,-19;
/M: SY='L';  M= -4,-17,-22,-18, -9, -2,-20, -7, -2,-15,  9,  3,-16,-12, -8,-12,-12, -5, -5,-17,  0,-10;
/M: SY='L';  M= -9,-18,-18,-19,-17,  0,-24,-14,  9,-18, 10,  7,-18,-22,-16,-16,-13, -7, 10,-21,  0,-17;
/I:         E1=0; IE=-50; DE=-50;

» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH

PS52032

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	1'141 in 1'020 different sequences
Number of true positive hits	1'140 in 1'019 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	49
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.91 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	95.88 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	7
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	P_Bucher
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	BRCT
Version [info]	7

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	1019 sequences BARD1_ARATH (F4I443), BARD1_CAEEL (Q21209), BARD1_HUMAN (Q99728), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	49 sequences DBF4A_CRIGR (Q99MU0), DBF4A_HUMAN (Q9UBU7), DBF4A_MOUSE (Q9QZ41), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence VSP1_BOTAN (P0DJG3)
PDB [Detailed view]	234 PDB 1CDZ; 1DGS; 1GZH; 1IMO; 1IN1; 1JNX; 1KZY; 1L0B; 1L7B; 1N5O; 1OQA; 1T15; » more