PROSITE entry PS50118

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50118
Entry name [info]	HMG_BOX_2
Accession [info]	PS50118
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2003 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00305
Associated ProRule [info]	PRU00267

Name and characterization of the entry

Description [info]

HMG boxes A and B DNA-binding domains profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4607000; R2=0.0153885; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4076.7500000; R2=4.7500000; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=458; H_SCORE=6252; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=328; H_SCORE=5635; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-70; E1=-70; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P';  M= -5,-17,-29,-14, -6,-22,-20,-20, -8, -9,-18,-11,-14, 39,-11,-15, -6, -4,-12,-28,-21,-12;
/M: SY='K';  M=-10, -2,-31,  0, 12,-29,-20,-10,-29, 39,-29,-12, -2,  0,  9, 24, -8, -9,-22,-22,-13,  9;
/M: SY='R';  M=-14,-10,-28,-11, -1,-20,-20, -5,-22, 24,-18, -5, -3,-12,  6, 44, -9, -7,-15,-21,-11, -1;
/M: SY='P';  M= -2,-14,-33, -9, -1,-27,-15,-18,-19, -9,-27,-19,-13, 62, -8,-17, -2, -5,-24,-30,-27, -8;
/M: SY='M';  M= -5,-17,-24,-19,-10,-11,-21,-13,  0, -5,  1, 11,-15,  0, -6, -5,-10, -5, -2,-24,-10, -9;
/M: SY='N';  M= -1, 10,-16,  3, -4,-15, -2, -3,-18, -7,-25,-17, 21,-15, -3, -6, 20, 13,-16,-31,-10, -4;
/M: SY='A';  M= 30,-10,-14,-15, -9,-23,  5,-18,-16,-11,-17,-13, -8, -2, -8,-18,  9, -2, -8,-24,-22, -9;
/M: SY='F';  M=-19,-23,-25,-28,-21, 49,-29, -3, -2,-19,  3,  0,-19,-28,-22,-14,-18,-10, -6, 16, 45,-21;
/M: SY='F';  M=-12,-21,-22,-28,-18, 20,-26,-12, 12,-19, 12, 20,-16,-22,-13,-15,-16, -9,  5,-13,  6,-15;
/M: SY='I';  M= -8,-26,-20,-28,-21,  5,-29,-21, 18,-17, 18, 11,-23,-26,-18,-12,-18, -7, 18,-19, -2,-20;
/M: SY='W';  M=-19,-28,-31,-32,-24, 39,-26,-12, -7,-19, -3, -6,-24,-28,-21,-15,-24,-16,-13, 52, 37,-20;
/M: SY='S';  M=  2,-10,  0,-14,-10,-11,-15,-12,-12, -9,-11, -6, -6,-19, -7, -7,  7,  4, -5,-28,-10, -9;
/M: SY='Q';  M= -3,  0,-15, -3,  6,-26,-14, -4,-21,  8,-20, -9,  3,-14, 14,  8,  3, -3,-18,-27,-15,  9;
/M: SY='E';  M= -9, 10,-28, 16, 22,-25,-13,  2,-26,  2,-20,-15,  3, -9,  6, -1, -1, -8,-23,-24,-12, 13;
/M: SY='E';  M= -8, -4,-25, -4, 10,-14,-20,  3,-12,  0, -9, -3, -2,-15,  7, -1, -5, -7,-13,-23, -6,  8;
/M: SY='R';  M=-17,-10,-28,-11,  1,-14,-22,  2,-21, 16,-12, -5, -4,-19,  6, 41,-11,-10,-16,-20, -6,  0;
/M: SY='R';  M= -4, -3,-27, -2,  6,-25,-12,  2,-24,  8,-22,-12, -1, -1,  6, 11, -1, -7,-20,-26,-14,  4;
/M: SY='K';  M= -8,  3,-26,  2, 11,-26,-17, -5,-21, 19,-22,-10,  4,-12, 10, 12, -3, -5,-17,-25,-12, 10;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0;
/M: SY='I';  M= -8,-21,-22,-25,-17,  5,-27,-14, 16,-13, 12, 11,-18,-21,-14,-12,-17, -8, 11,-13,  8,-17; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='K';  M=  1, -9,-21,-12, -4,-14,-18,-10,-10,  9, -6,  0, -8,-15, -2,  4, -9, -7, -6,-20, -8, -3; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='E';  M=  1,  0,-23, -1,  6,-22,-11, -1,-18,  5,-15, -8,  0,-12,  6,  1, -1, -6,-15,-24,-11,  5; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E';  M= -9,  3,-28,  8, 22,-27,-17, -1,-22,  5,-18,-12, -2,  0, 14,  1, -3, -8,-22,-25,-14, 17; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='N';  M=-12, 10,-18,  2, -5, -8,-13, 14,-16, -8,-16,-10, 19,-20, -4, -5, -1, -4,-18,-24, -2, -5; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='P';  M= -6,-16,-34, -9,  1,-28,-18,-18,-19, -6,-27,-18,-15, 66, -8,-15, -5, -6,-25,-29,-26, -7; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='D';  M= -8, 13,-25, 16,  6,-27,  1, -4,-27, -1,-23,-17,  9,-10,  1, -6,  3, -5,-23,-30,-18,  3; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='M';  M= -4,-16,-21,-20,-14, -5,-21,-14,  8, -9, 10, 15,-16,-19,-10,-11,-13, -5,  6,-19, -4,-12; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='H';  M= -5,  3,-23,  1,  5,-23, -9, 13,-24,  4,-24,-12,  8,-12,  6,  4,  7,  0,-20,-30,-10,  4;
/M: SY='N';  M= -7, -1,-19,-11,-12,  0,-17, -9, -1,-11, -7, -4,  8,-20,-12, -8, -2, -1, -2,-25, -7,-12;
/M: SY='A';  M=  9, -6,-18,-10, -6,-19, -1,-13,-14, -4,-15, -7, -1,-12, -5, -7,  9,  5, -9,-26,-16, -6;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='E';  M= -4, 14,-25, 21, 28,-28,-14, -4,-24,  2,-19,-18,  4, -7,  8, -6,  2, -6,-20,-31,-18, 18; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-22,-32,-22,  6,-33,-25, 29,-25, 20, 14,-22,-23,-21,-23,-17, -6, 23,-21, -1,-23;
/M: SY='S';  M=  8, -5,-12, -8, -7,-18, -3,-14,-14, -8,-19,-11,  2,-13, -5,-10, 19, 11, -6,-32,-17, -6;
/I:         MD=-25;
/M: SY='K';  M= -8, -2,-26, -1,  5,-25,-15, -9,-24, 30,-24, -9, -1,-12,  8, 21, -5, -7,-16,-21,-11,  6; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='R';  M= -5, -9,-23,-12, -4,-15,-20,-10, -3,  4, -6,  2, -6,-14,  1,  5, -7, -6, -3,-20, -8, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='L';  M= -4,-24, -4,-27,-21,  0,-22,-21, 12,-24, 22, 10,-22,-25,-18,-20,-18, -8,  9,-20, -6,-20; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='G';  M=  7, -7,-22, -8,-11,-25, 42,-16,-30,-14,-25,-17,  0,-15,-13,-16,  7, -9,-21,-22,-24,-12; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='E';  M= -2,  2,-23,  4, 15,-23,-12, -5,-23,  8,-19,-13, -1,-11,  6,  3,  0, -6,-17,-25,-12, 10;
/M: SY='R';  M= -9, -7,-26, -8,  4,-19,-19, -6,-15, 12,-10,  0, -5,-15,  7, 20, -8, -7,-12,-22,-10,  4;
/M: SY='W';  M=-19,-38,-45,-39,-29, 10,-19,-28,-20,-20,-19,-19,-38,-30,-20,-20,-38,-28,-28,137, 29,-20;
/M: SY='K';  M=-10,  2,-27,  0,  6,-26,-15, -1,-26, 29,-26,-10,  7,-14, 10, 25, -4, -7,-20,-24,-11,  7;
/M: SY='N';  M= -2,  3,-21,  1,  4,-19, -9, -7,-16, -2,-12, -9,  5,-14,  0, -2,  2,  0,-15,-28,-14,  2;
/M: SY='L';  M= -9,-24,-18,-26,-14,  3,-27,-14, 15,-21, 32, 22,-24,-25,-12,-16,-23, -9,  7,-21, -2,-13;
/M: SY='S';  M=  0,  1,-19,  0,  3,-22, -9, -8,-20, -3,-23,-15,  4, -2,  1, -6, 16, 11,-14,-32,-17,  1;
/I:         MD=-22;
/M: SY='E';  M= -4,  8,-27, 13, 17,-28,-14, -6,-23,  3,-20,-16,  1,  6,  6, -4, -1, -7,-22,-28,-18, 11; D=-4;
/I:         MD=-22;
/M: SY='E';  M=  2,  4,-22,  4, 12,-25,-11, -6,-23, 11,-21,-13,  3, -9,  7,  3,  5, -1,-17,-26,-15,  9; D=-4;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-22;
/M: SY='E';  M= -9,  8,-28, 15, 31,-28,-19, -5,-22,  8,-18,-14, -1, -7, 11, -1, -3, -9,-19,-29,-16, 21;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30, -2,  8,-28,-20, -9,-29, 45,-28,-10,  0,-11, 10, 33,-10, -9,-19,-20,-10,  9;
/M: SY='R';  M= -2, -5,-25, -5,  3,-21,-13, -7,-16,  6,-14, -6, -4,-14,  6,  7, -3, -7,-13,-21,-11,  3;
/M: SY='P';  M= -9,-11,-31, -8,  3,-23,-21, -7,-18,  9,-20, -8,-11, 24, -1,  1,-10, -9,-18,-24,-13, -2;
/M: SY='Y';  M=-20,-26,-29,-29,-24, 42,-28,  0, -2,-18,  1, -2,-23,-30,-21,-15,-23,-13, -9, 38, 54,-23;
/M: SY='E';  M=-11, -7,-27, -7,  5, -8,-24, -6, -4, -3, -7, -4, -7,-15, -2, -6, -8, -8, -6,-20, -1,  0;
/M: SY='E';  M= -7,  9,-27, 13, 19,-28,-16,  1,-25, 11,-21,-14,  3, -9, 13,  5, -1, -8,-22,-27,-13, 15;
/M: SY='E';  M= -6, -5,-25, -4, 12,-18,-19, -7,-14,  9, -5,  1, -8,-13,  4,  4,-10, -9,-12,-24,-11,  8;
/M: SY='A';  M= 31,-11,-11,-19,-10,-12, -7,-15, -9,-10, -9, -8,-10,-14, -8,-16,  5, -1, -3,-17, -8, -9;
/M: SY='E';  M= -1,  0,-24,  0, 15,-25,-16, -6,-19, 11,-17, -9, -1,-11, 13,  5,  0, -6,-16,-25,-14, 14;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='R';  M= -5, -1,-26,  1, 13,-24,-15, -7,-24, 18,-19,-11, -1,-12,  7, 19, -3, -7,-17,-24,-14,  9; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D';  M=-10,  6,-25, 12,  8,-19,-19, -7,-13, -7,  0, -6, -4,-16,  1, -7,-10, -9,-13,-27,-11,  4;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-29, -6,  3,-22,-20, -5,-23, 27,-19, -7, -4,-15,  9, 28,-10,-10,-17,-15, -6,  5;
/M: SY='E';  M=  4, -6,-22, -7,  5,-20,-17, -9,-13,  5,-11, -6, -7,-13,  5,  1, -3, -4, -8,-23,-11,  5;
/M: SY='R';  M=-13, -3,-27, -2,  9,-23,-20, -4,-20, 16,-14, -6, -2,-15, 12, 25, -8, -9,-16,-23,-11,  9;
/M: SY='Y';  M=-19,-14,-29,-15,-14, 14,-26, 40, -9,-11, -5,  0,-11,-27, -4, -7,-16,-13,-16, 10, 55,-13;
/M: SY='E';  M=-11,  1,-27,  3, 18,-20,-20, -1,-16,  6, -9, -1, -2,-12, 10,  6, -8, -9,-17,-26,-11, 13;
/M: SY='R';  M= -5, -2,-24, -2,  5,-22,-16, -8,-20, 15,-17, -9, -1,-14,  4, 18, -3, -5,-13,-25,-13,  3;
/M: SY='E';  M= -5,  9,-25, 14, 27,-27,-16, -2,-23,  5,-18,-14,  3, -8, 10, -2, -1, -8,-21,-29,-16, 18;
/M: SY='M';  M=-12,-16,-24,-21,-15,  5,-24,  3,  7,-10,  7, 18,-13,-21, -8, -9,-16, -9,  1,-11, 15,-13;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='P';  M= -2, -5,-28, -2,  4,-27,-14,-12,-21,  7,-23,-13, -5, 17,  2,  0, -1, -5,-20,-27,-19,  1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D';  M= -3, 12,-24, 13,  9,-25, -6, -3,-24,  1,-20,-16,  9,-12,  2, -2,  3, -3,-20,-30,-17,  5;
/M: SY='Y';  M=-18,-20,-29,-22,-18, 24,-27,  6, -4,-11, -2, -2,-19,-28,-12,-11,-21,-12,-12, 33, 54,-17;
/M: SY='K';  M=-10, -3,-27, -5,  4,-19,-18, -8,-16, 16,-16, -6,  0,-14,  2, 16, -8, -8,-12,-22,-10,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	515 in 439 different sequences
Number of true positive hits	514 in 438 different sequences
Number of 'unknown' hits	1
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	27
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	95.01 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	6
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann, N_Hulo
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	HMG box
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	438 sequences ABF2_YEAST (Q02486), ADW2_ALLMI (P40634), ADW4_ALLMI (P40635), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	27 sequences MAEL1_DROAN (B3MB79), MAEL1_DROPE (B4GN46), MAEL1_DROPS (B5DR03), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences	1 sequence SPP41_YEAST (P38904)
PDB [Detailed view]	118 PDB 1AAB; 1CG7; 1CKT; 1GT0; 1HMA; 1HME; 1HMF; 1HRY; 1HRZ; 1HSM; 1HSN; 1I11; » more