PROSITE entry PS50114

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50114
Entry name [info]	GATA_ZN_FINGER_2
Accession [info]	PS50114
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00300
Associated ProRule [info]	PRU00094

Name and characterization of the entry

Description [info]

GATA-type zinc finger domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=54;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=49;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.6125000; R2=0.0131851; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4579.0708008; R2=3.0117648; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=599; H_SCORE=6383; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=447; H_SCORE=5925; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-10,-10,-19,-10, -4,-12,-19, -2,-19,  6,-17, -9, -5, -7, -2,  9, -3, -4,-14,-24, -7, -4;
/M: SY='R';  M= -9, -2,-15, -6, -5,-19,-11,  0,-23,  5,-20,-12,  4,-18, -1, 18,  3,  4,-15,-29,-12, -5;
/M: SY='E';  M=  6, -1,-24,  1, 18,-25,-10,-10,-20, -2,-17,-13, -6,  5,  4,-10,  1, -4,-17,-27,-20, 10;
/M: SY='G';  M=  2, -5,-28, -3,-13,-28, 45,-18,-33,-17,-25,-19,  0,-14,-16,-19,  1,-15,-25,-23,-26,-15;
/M: SY='R';  M=-12,-14,-24,-18, -9,-11,-24,-10, -4,  1,  2,  5, -9,-19,  1, 18,-10,  0, -4,-22, -6, -6;
/M: SY='E';  M= -7, -1,-15,  2, 22,-24,-18, -6,-21,  5,-18,-12, -2,-11, 10,  5,  4, -2,-16,-30,-17, 15;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T';  M=  4,-12,-12,-15,-12,-10,-17,-18,  0,-11, -9, -5, -9,-18, -9,-12, 11, 13, 12,-30,-12,-11;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M= -5, -6,-27, -9, -8,-19, 17,  5,-27,-10,-20,-10,  1,-18, -1, -7, -3,-12,-23,-20,-11, -5;
/M: SY='T';  M= 13, -6,-12,-13,-10,-14,-12,-20, -9, -7,-11, -9, -5,-12,-10,-11, 12, 24,  2,-27,-14,-10;
/M: SY='T';  M= -3, -6,-16,-13,-10, -9,-20,-12, -4,-10, -8, -3, -2,-14, -6, -8, 10, 25,  0,-28, -8, -9;
/M: SY='T';  M=  3,  3,-15, -4, -4,-17,-12, -4,-15, -4,-18,-11,  8,-12, -2, -6, 16, 21, -9,-31,-12, -4;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='P';  M= -5,-13,-30, -9, -2,-25,-18,-19,-18,-10,-26,-18,-12, 57, -9,-17,  2,  6,-21,-31,-25, -9;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-29,-19,  8,-30,-20, 18,-26, 46, 19,-29,-29,-19,-18,-29,-10,  9,-20,  0,-19;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='R';  M=-20, -9,-30, -9,  0,-20,-20,  5,-30, 28,-20, -9,  1,-20, 10, 66,-10,-11,-21,-21, -8,  0;
/M: SY='R';  M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 31,-21,-10,  0,-19, 10, 67,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='D';  M= -9, 35,-24, 38,  8,-31,  0, -1,-31, -3,-29,-24, 27,-14, -2, -9,  7, -5,-26,-37,-21,  3;
/M: SY='P';  M=  2,-11,-29, -8, -1,-27, 11,-16,-24,-10,-23,-16, -8, 20, -9,-15, -2,-11,-23,-25,-26, -7;
/M: SY='D';  M= -6, 14,-21, 16, 13,-24,-13, -1,-24, -1,-21,-16,  7, -9,  3, -6, 10, 10,-18,-33,-14,  8;
/M: SY='G';  M= -1, -6,-29, -8,-19,-29, 65,-18,-39,-19,-30,-20,  4,-20,-19,-19,  1,-19,-30,-21,-29,-19;
/M: SY='H';  M= -9, 12,-24, 12,  9,-24,-13, 29,-24, -4,-21,-12, 15,-14,  8, -3,  4, -5,-24,-33, -6,  7;
/M: SY='P';  M=-12,-17,-30,-15,-11, -3,-24, -6, -7,-11, -9, -6,-16, 20,-11,-15,-11, -2,-13,-10, 12,-14;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-19,-31,-24,  6,-31,-24, 27,-27, 35, 17,-29,-29,-23,-21,-23, -7, 23,-23, -3,-24;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='N';  M=-10, 38,-20, 19,  0,-20, -1, 10,-20,  1,-30,-20, 58,-20,  0,  2,  9,  0,-30,-39,-20,  0;
/M: SY='A';  M= 48,-10,-11,-20,-10,-20, -1,-19,-11, -9,-10,-10,-10,-10, -9,-17,  9,  0, -1,-20,-20,-10;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 12,-30,-20, 19,-30, 49, 19,-30,-30,-21,-20,-30,-10, 10,-19,  1,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-24,-22, 40,-30, 12,  0,-14,  2,  0,-20,-30,-16,-12,-20,-10, -8, 26, 70,-22;
/M: SY='H';  M=-15,-13,-25,-17,-11,  6,-24, 20, -3,-14,  2,  7, -7,-23, -2, -9,-14,-10, -9,-12, 18, -8;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 49,-30,-10,  0,-10, 10, 31,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-21,-27,-18,  2,-25, -5, 16,-21, 29, 28,-21,-24,-11,-16,-20, -9,  7,-22,  0,-15;
/M: SY='H';  M=-17, 12,-27,  6,  0,-20,-14, 61,-27, -2,-23, -7, 25,-20,  7,  6, -4,-13,-29,-32,  4,  0;
/M: SY='G';  M= -3, -4,-28, -5,-11,-28, 41, -7,-34, -9,-29,-17,  6,-18, -9,-10,  3,-14,-27,-24,-22,-10;
/M: SY='V';  M= -6,-16,-19,-19,-13,-10,-26, -6,  9,-11,  1,  8,-14,-20, -5,-11, -7,  0, 14,-26, -5,-10;
/M: SY='N';  M= -3,  8,-23,  1, -3,-19,-10,  9,-15, -6,-21,-11, 17,  0, -3, -8,  2, -2,-18,-33,-14, -5;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='P';  M= -9,-19,-38, -9,  0,-29,-19,-19,-20,-10,-30,-20,-18, 83, -9,-19, -7, -8,-29,-31,-29, -9;
/M: SY='L';  M= -4,-28,-19,-30,-21,  5,-29,-22, 21,-27, 36, 16,-26,-27,-20,-21,-22, -6, 16,-22, -3,-21;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='T';  M=  4, -9,-17,-14,-10,-13,-14,-18, -2,-10,-12, -6, -3,-13, -8,-12, 13, 14,  2,-29,-12,-10;
/I:         DM=-32;
/M: SY='M';  M=-10,-12,-22,-17, -9, -9,-20, -5,  1,  2,  8, 22,-10,-19,  2,  3,-16, -9, -3,-21, -5, -4; D=-6;
/M: SY='K';  M=-12, -8,-33, -5,  5,-28,-20,-12,-27, 26,-28,-13, -7, 23,  3, 19,-10,-10,-23,-23,-17,  2;
/M: SY='K';  M= -8, -3,-25, -5,  4,-23,-20,-10,-21, 25,-19, -7, -2,-12,  9, 17, -2,  3,-15,-23,-10,  6;
/M: SY='D';  M=-10, 17,-27, 25, 17,-31,-13, -4,-32, 14,-26,-20,  8,-10,  6, 11,  1, -6,-23,-31,-17, 11;
/I:         I=-10; MI=0; IM=0; DM=-25; MD=-25;
/M: SY='V';  M=  0,-19,-18,-22,-19, -8, -8,-20,  6,-20,  6,  4,-16,-22,-16,-18, -5, -2, 10,-25,-11,-18;
/M: SY='I';  M= -6,-18,-26,-22,-17, -8,-28,-22, 23,-21,  6,  7,-12,-14,-12,-20, -9, -5, 13,-25, -7,-18;
/M: SY='Q';  M=  4, -3,-23, -5,  5,-28,-14, -7,-17, 14,-20, -7, -1,-12, 18,  6,  2, -4,-14,-23,-13, 11;
/M: SY='T';  M=  5, -2,-16, -6, -2,-20,-12,-13,-19,  7,-21,-13,  2,-11, -1,  6, 15, 16, -9,-29,-14, -2;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	210 in 160 different sequences
Number of true positive hits	209 in 159 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	18
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.52 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	92.07 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	GATA-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	159 sequences AMS2_SCHPO (Q9URT4), AREA_ASPNG (O13412), AREA_ASPOR (O13415), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	18 sequences GAT19_ORYSI (B8AR30), GAT19_ORYSJ (Q0DNU1), GTAM_DICDI (Q54L83), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence IF2B_THEAC (Q9HKJ3)
PDB [Detailed view]	31 PDB 1GAT; 1GAU; 1GNF; 1Y0J; 2GAT; 2L6Y; 2L6Z; 2M9W; 2VUS; 2VUT; 2VUU; 3DFV; » more