PROSITE entry PS50102

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50102
Entry name [info]	RRM
Accession [info]	PS50102
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00030
Associated ProRule [info]	PRU00176

Name and characterization of the entry

Description [info]

Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=78;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=10; N2=68;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.6045000; R2=0.0170554; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3607.1994629; R2=3.1557178; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=463; H_SCORE=5068; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=346; H_SCORE=4699; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M= -7, -4,-17, -8, -5,-14,-13, -5,-18,  2,-16,-10,  1,-15, -3,  7, -1,  0,-14,-22, -7, -5;
/M: SY='T';  M= -5, -3,-16, -8, -6,-15,-17,-12,-12,  3,-15, -8,  2,-15, -4,  5,  4, 10, -6,-27,-11, -6;
/M: SY='I';  M= -6,-29,-18,-32,-25,  4,-32,-25, 29,-26, 27, 16,-26,-27,-22,-22,-20, -7, 26,-23, -3,-25;
/M: SY='F';  M=-17,-24,-24,-29,-23, 38,-28, -3,  1,-19,  5,  2,-18,-28,-22,-13,-18,-10, -2,  8, 34,-22;
/M: SY='V';  M= -4,-29,-14,-32,-28,  2,-32,-28, 31,-24, 16, 13,-26,-27,-25,-23,-15, -4, 36,-26, -6,-28;
/M: SY='G';  M= -2, -5,-25, -6, -8,-24, 22,-12,-28, -3,-24,-14,  2,-16, -7, -2,  3, -7,-21,-23,-18, -8;
/M: SY='N';  M= -7, 19,-24, 10, -4,-24, 17,  0,-26, -4,-28,-18, 31,-19, -4, -4,  5, -7,-28,-31,-20, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-20,-32,-22, 10,-31,-21, 23,-28, 37, 19,-27,-28,-21,-21,-25, -9, 15,-19,  1,-22;
/M: SY='P';  M= -5, -1,-27,  3,  1,-24,-11,-10,-21, -7,-25,-18,  0, 27, -5,-12,  3, -2,-21,-31,-21, -4;
/I:         MD=-17;
/M:         M=-10, -9,-27, -8, -3, -6,-18, -6,-15, -5,-14,-10, -8, -1, -5, -6, -7, -5,-16, -7,  0, -5; D=-3;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='D';  M= -7, 11,-24, 13,  8,-24, -7, -4,-25,  1,-22,-16,  8, -9,  2, -2,  4, -2,-20,-29,-15,  4; D=-3;
/I:         DM=-17;
/M: SY='V';  M=  0,-17,-10,-22,-17, -4,-23,-18,  7,-16,  3,  3,-15,-21,-15,-16, -4,  6, 12,-22, -5,-17;
/I:         DM=-17;
/M: SY='T';  M= -3,  6,-16,  3, -2,-17,-13,-11,-16, -5,-17,-13,  6,-12, -4, -5, 13, 19,-10,-31,-13, -4;
/M: SY='E';  M= -9,  6,-27, 11, 21,-25,-17, -4,-23,  5,-19,-15,  1, -6,  8, -1, -3, -7,-21,-22,-14, 14;
/M: SY='E';  M= -7, 11,-26, 16, 21,-27,-14, -2,-25,  6,-22,-15,  5, -9, 11,  1,  2, -5,-22,-28,-14, 16;
/M: SY='E';  M= -7, 10,-24, 15, 16,-25,-13, -3,-22,  1,-17,-13,  3,-11,  6, -4,  0, -5,-19,-29,-14, 11;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-20,-31,-23,  9,-31,-22, 24,-28, 37, 18,-27,-28,-21,-21,-25, -9, 17,-20,  1,-23;
/M: SY='R';  M=-10, -8,-25, -9,  2,-13,-20, -3,-16,  9,-12, -6, -6,-17,  2, 15, -8, -7,-13,-16, -2,  1;
/M: SY='E';  M= -6, 10,-25, 13, 16,-26,-12, -2,-24,  6,-21,-15,  6,-10,  8,  2,  1, -4,-21,-29,-15, 11;
/M: SY='L';  M= -7,-20,-21,-24,-16,  8,-25, -9,  8,-18, 12,  8,-17,-23,-15,-15,-14, -6,  5,-13,  7,-16;
/M: SY='F';  M=-16,-29,-17,-37,-28, 60,-29,-20,  3,-28, 13,  3,-21,-29,-34,-19,-20, -9,  3,  3, 22,-27;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-12; IM=0;
/M: SY='S';  M=  1,  0,-17, -1,  6,-21, -3, -7,-21,  0,-20,-13,  3,-11,  2, -3,  8,  0,-16,-27,-15,  3; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='K';  M= -5, -2,-26, -1,  7,-24,-14, -5,-20,  9,-20,-10, -1,  0,  8,  5, -2, -5,-18,-24,-13,  7; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='F';  M=-12,-20,-17,-25,-20, 28,-23, -4, -3,-17,  1, -1,-16,-25,-19,-14,-15, -9, -4,  3, 28,-20; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='G';  M=  0, -8,-28, -8,-15,-28, 53,-18,-35,-17,-27,-18,  0,-16,-16,-17,  0,-17,-27,-22,-27,-16;
/I:         DM=-15;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-26,  3,  8,-24,-12, -7,-21,  5,-21,-13,  2,  1,  3,  0,  0, -3,-19,-27,-16,  5;
/M: SY='V';  M= -4,-28,-18,-32,-27,  1,-31,-27, 30,-24, 14, 11,-23,-22,-23,-23,-14, -5, 31,-24, -5,-27;
/M:         M= -4, -7,-20, -9, -1,-14,-19,-12, -5, -3, -5, -3, -6,-15, -3, -3, -3,  0, -2,-26,-11, -3;
/M: SY='D';  M= -7,  7,-23,  8,  7,-20,-11, -4,-22,  2,-21,-15,  7,-12,  2,  3,  5, -2,-18,-27,-12,  4;
/M: SY='V';  M=  2,-22, -4,-27,-23, -4,-26,-24, 16,-21,  7,  5,-20,-24,-20,-21, -9, -3, 21,-26, -9,-23;
/M: SY='R';  M=-11, -2,-25, -2,  2,-17,-18, -5,-17, 10,-15, -8, -1,-15,  2, 13, -6, -6,-13,-21, -8,  0;
/M: SY='I';  M= -6,-26,-20,-31,-24,  4,-29,-21, 24,-22, 18, 16,-23,-23,-19,-19,-17, -6, 22,-20, -2,-23;
/I:         MD=-15;
/M: SY='I';  M= -6,-17,-17,-20,-15, -3,-21,-14,  7,-12,  3,  7,-14,-10,-12,-11,-11, -6,  5,-20, -5,-15; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='R';  M= -9, -8,-19, -9, -4, -9,-17, -5,-11,  4, -9, -4, -5,-11, -2, 10, -6, -2, -8,-17, -3, -5; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='D';  M=-11, 23,-23, 30, 11,-25, -8, -1,-25,  1,-22,-18, 14, -7,  1, -4,  1, -5,-21,-28,-14,  6; D=-2;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='E';  M= -4,  0,-17,  0,  3,-13,-10, -5,-11,  1,-11, -7,  1, -8,  1,  0,  0, -2, -9,-19, -9,  2; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='T';  M= -2,  4,-14,  2,  0,-14, -9, -6,-14, -3,-13,-10,  4, -6, -1, -4,  8, 11,-10,-22,-10, -1; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='G';  M= -4, -1,-22, -1, -5,-20, 20, -7,-24, -3,-19,-12,  4,-12, -5, -4, -1,-10,-19,-19,-16, -6; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='R';  M= -7, -3,-21, -4,  2,-17,-13, -2,-17, 12,-15, -6,  0, -9,  5, 13, -4, -5,-13,-19, -8,  2; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='S';  M= -2, -4,-16, -6, -3,-14, -8, -5,-16, -4,-17,-10,  1, -3, -3, -4,  8,  2,-13,-27,-12, -4; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='R';  M=-11, -4,-24, -5,  1,-22,-17, -6,-23, 22,-20, -9, -1,-12,  5, 26, -6, -5,-16,-23,-11,  1; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='G';  M= -2, -6,-26, -7,-15,-26, 44,-15,-33,-13,-27,-17,  3,-17,-14,-13,  0,-15,-26,-22,-24,-15; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='F';  M=-13,-18,-16,-23,-16, 27,-25, -9, -3,-16, -1, -2,-13,-24,-17,-13,-11, -6, -4, -3, 20,-16;
/I:         DM=-15;
/M: SY='A';  M= 23,-12, -9,-18,-16,-21, 19,-21,-18,-16,-16,-12, -8,-17,-16,-21,  4, -7, -7,-23,-23,-16;
/M: SY='F';  M=-17,-27,-21,-34,-26, 56,-29,-14,  3,-25, 10,  2,-20,-28,-30,-17,-18, -8,  1,  6, 29,-26;
/M: SY='V';  M= -2,-29,-14,-32,-29,  1,-32,-29, 32,-23, 14, 13,-27,-27,-26,-22,-13, -3, 40,-26, -7,-29;
/M: SY='E';  M= -7,  4,-20,  4, 15,-22,-17, -4,-20,  2,-17,-13,  2,-11,  7,  0,  4,  4,-16,-29,-13, 10;
/M: SY='F';  M=-18,-27,-21,-35,-26, 58,-29,-11,  3,-24, 11,  7,-21,-29,-29,-17,-20,-10,  0,  8, 33,-26;
/M: SY='E';  M= -3,  4,-22,  6, 11,-22,-12, -6,-20,  2,-18,-13,  2, -9,  2, -3,  4, -1,-15,-28,-13,  6;
/M: SY='B';  M= -6, 15,-19, 15,  6,-23,-10, -3,-23, -1,-23,-17, 14,-12,  1, -3, 11,  8,-18,-34,-15,  3;
/M: SY='E';  M= -7, -6,-26, -4,  7,-19,-19, -5,-14,  0,-14, -9, -6,  1,  1, -2, -4, -6,-13,-25,-11,  2;
/M: SY='E';  M= -4,  8,-25, 12, 20,-26,-13, -4,-23,  4,-19,-15,  2, -8,  8,  0,  3, -4,-20,-29,-16, 14;
/M: SY='D';  M= -1, 12,-21, 17, 11,-26, -7, -5,-24, -4,-21,-17,  5, -9,  2, -9,  7, -2,-18,-32,-17,  6;
/M: SY='A';  M= 28,-14, -7,-21,-14,-13, -9,-19, -3,-13, -4, -3,-13,-16,-12,-18,  3, -1,  6,-23,-15,-13;
/M: SY='E';  M= -6,  4,-23,  5, 11,-23,-17, -6,-17,  4,-15,-10,  1,-11,  7,  0,  0, -2,-15,-27,-13,  9;
/M: SY='K';  M= -2,  0,-23, -2,  3,-21,-15, -6,-18, 11,-17, -8,  1,-14,  4,  9, -2, -4,-14,-24,-11,  3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='A';  M= 32,-14, -6,-23,-15,-12, -8,-21, -4,-14, -5, -6,-13,-15,-14,-20,  3, -2,  5,-20,-15,-15; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='I';  M= -7,-24,-18,-28,-20,  1,-29,-19, 19,-18, 18, 15,-21,-23,-14,-15,-18, -7, 15,-20, -2,-18; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E';  M= -4,  5,-22,  5, 13,-22,-14, -4,-19,  8,-17,-10,  3,-10,  9,  4,  1, -3,-16,-24,-12, 11; D=-2;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='E';  M=  1, -1,-18, -3,  2,-16, -8, -4,-14, -1,-13, -8,  0,-12,  0, -4,  1, -3,-11,-21,-10,  1; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='L';  M= -8,-22,-18,-26,-18,  7,-25,-14, 12,-19, 24, 18,-21,-24,-14,-15,-19, -7,  7,-17,  2,-16; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='N';  M=-11, 24,-23, 20,  6,-25, -9, 11,-25,  2,-26,-17, 27,-14,  5,  0,  5, -2,-25,-34,-13,  5; D=-2;
/M: SY='G';  M= -3,  0,-26, -2, -8,-25, 32,-10,-31, -9,-27,-17,  8,-16, -9, -9,  2,-11,-26,-24,-21, -9; D=-2;
/M: SY='R';  M= -7, -7,-22, -9, -2,-10,-18, -4,-12,  2,-11, -4, -4,-15,  0,  3, -3,  0, -9,-20, -3, -2; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E';  M= -9, -4,-25, -3,  6,-15,-19, -7,-15,  3,-12, -7, -5, -8,  1,  1, -6, -5,-13,-19, -7,  3; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='I';  M=-10,-27,-20,-32,-24, 16,-30,-21, 21,-25, 21, 13,-23,-24,-22,-20,-20, -7, 15,-12,  6,-24; D=-2;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='N';  M= -7,  5,-22,  5,  2,-19, -3, -3,-22, -1,-18,-11,  6,-13,  0, -2, -1, -8,-19,-25,-12,  0; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='G';  M= -4,  3,-24,  2, -7,-26, 29,-10,-32,-10,-26,-18,  8,-15, -9,-11,  3,-10,-25,-26,-22, -8; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='R';  M=-12, -4,-23, -5,  2,-22,-17,  1,-25, 20,-21, -9,  2,-16,  9, 31, -5, -8,-19,-23, -9,  3; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='K';  M= -6, -5,-25, -5,  1,-19,-18, -8,-15,  3,-16, -9, -4,  1,  1,  2, -3, -1,-13,-25,-11, -1;
/M: SY='I';  M= -7,-28,-18,-32,-25,  3,-31,-24, 28,-25, 26, 18,-25,-25,-20,-21,-20, -8, 22,-21, -3,-24;
/M: SY='R';  M=-10, -5,-24, -6,  1,-15,-19, -4,-17, 12,-15, -7, -2,-16,  3, 16, -5, -4,-12,-21, -5,  1;
/M: SY='V';  M= -2,-27,-12,-30,-26,  0,-29,-26, 25,-22, 13, 11,-25,-26,-24,-21,-13, -3, 31,-25, -7,-26;
/M: SY='E';  M= -6,  7,-23,  8, 10,-22, -9, -4,-23,  5,-21,-13,  7,-11,  5,  2,  3, -3,-20,-28,-14,  7;
/M: SY='Y';  M=-12,-18,-27,-19,-11,  6,-24, -8, -6, -7, -3, -2,-15,-14,-10, -5,-15,-10, -8,  2, 11,-11;
/M: SY='A';  M= 18, -7,-13,-11, -7,-17, -3,-14,-15, -8,-15,-11, -5,-11, -7,-13,  9,  1, -7,-23,-15, -7;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-25,  0,  5,-22,-16, -6,-20, 10,-18,-10,  1,-10,  6, 10, -2, -3,-16,-26,-12,  4;
/M: SY='E';  M= -5, -2,-25, -2,  3,-22,-10, -8,-20,  1,-21,-13,  0,  3,  0, -1,  2, -2,-17,-27,-16,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	2'569 in 1'534 different sequences
Number of true positive hits	2'569 in 1'534 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	114
Number of 'partial' sequences	8

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	95.75 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	6
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	RRM
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	1534 sequences A1CF_HUMAN (Q9NQ94), A1CF_MOUSE (Q5YD48), A1CF_PONAB (Q5R9H4), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	114 sequences ABT1_BOVIN (Q148M8), ABT1_HUMAN (Q9ULW3), ABT1_MOUSE (Q9QYL7), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	8 sequences GRP1_POPEU (P84560), GRP2_POPEU (P84976), LA_RABIT(Q04504), » more
PDB [Detailed view]	942 PDB 1A9N; 1AUD; 1B7F; 1CVJ; 1D8Z; 1D9A; 1DRZ; 1DZ5; 1FHT; 1FJ7; 1FJC; 1FJE; » more