PROSITE entry PS50082

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50082
Entry name [info]	WD_REPEATS_2
Accession [info]	PS50082
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00574
Associated ProRule [info]	PRU00221

Name and characterization of the entry

Description [info]

Trp-Asp (WD) repeats profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=42;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=38;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0511000; R2=0.0334182; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1113.7017822; R2=1.6596491; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=223; H_SCORE=1484; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=164; H_SCORE=1386; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-10;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L';  M= -9,-18,-20,-21,-14,  6,-23,-12,  4,-18, 10,  4,-15,-20,-14,-14,-14, -6,  1,-16,  3,-15;
/M:         M= -5, -2,-21, -2,  0,-17,-13, -6,-16, -1,-15, -9,  0,-11,  0, -1,  0, -1,-13,-25,-10, -1;
/M: SY='G';  M=  2, -5,-22, -6, -7,-22, 18,-12,-24,-10,-20,-13, -1,-14, -9,-12,  2, -7,-17,-24,-19, -9;
/M: SY='H';  M=-14,  0,-27,  0,  0,-19,-16, 57,-25, -7,-19, -5,  6,-15,  5, -2, -6,-13,-24,-27,  8, -1;
/M: SY='S';  M= -4,  1,-21,  0,  3,-20,-11, -8,-18,  0,-17,-11,  2, -9,  1, -1,  4,  3,-14,-28,-13,  1;
/M: SY='B';  M= -2,  4,-21,  4,  1,-22, -1, -6,-22, -3,-20,-13,  4,-13, -1, -6,  3, -4,-17,-27,-15, -1;
/M:         M= -2, -7,-23, -7, -3,-16, -9,-11,-16, -6,-17,-12, -5, -5, -5, -7, -1, -3,-14,-17,-11, -5;
/M: SY='V';  M= -3,-26,-12,-30,-26, -1,-29,-26, 25,-21, 11,  9,-23,-25,-23,-21,-12, -3, 30,-26, -7,-26;
/M: SY='T';  M= -7, -5,-17,-10, -9, -7,-16, -8,-11, -7,-10, -7,  0,-19, -7, -4, -1,  4, -9,-16, -4, -8;
/M: SY='S';  M=  2, -2,  0, -4, -6,-19, -7,-12,-20,-10,-19,-14, -1,-17, -7,-11,  8,  2,-11,-31,-17, -7;
/M: SY='V';  M= -3,-25,-10,-29,-23,  2,-27,-23, 18,-23, 17, 11,-23,-26,-21,-20,-14, -5, 20,-24, -6,-23;
/M: SY='A';  M=  5, -1,-15, -3, -2,-20,-11,-10,-17, -2,-16,-11, -2,-14, -2, -4,  4, -1,-10,-25,-14, -2;
/M: SY='F';  M=-12,-26,-24,-31,-24, 25,-24,-19,  0,-22,  1, -2,-22,-25,-23,-18,-19,-11, -3, 25, 16,-22;
/M: SY='S';  M= -2,  3,-16,  1, -3,-17, -9,  3,-17, -8,-18,-12,  8,-15, -3, -8,  9,  2,-14,-31,-11, -3;
/M: SY='P';  M= -6, -6,-28, -3,  1,-23,-12, -8,-20, -4,-22,-15, -5, 24, -3, -8, -2, -6,-21,-27,-18, -3;
/M: SY='D';  M= -8, 14,-22, 16,  4,-21,-10, -2,-22, -3,-20,-16, 10,-12, -2, -6,  3, -1,-18,-30,-13,  1;
/I:         I=-12; MI=-15; MD=-25; IM=-15; DM=-25;
/M: SY='G';  M= -2, -1,-19, -1, -3,-19, 13, -8,-20, -7,-18,-12,  2, -8, -5, -8,  2, -6,-16,-21,-15, -4; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='N';  M= -6,  1,-20, -1,  0,-17, -9, -4,-17,  0,-16,-10,  4, -8,  1,  1,  1, -2,-15,-22,-10,  0; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='Y';  M= -9,-15,-21,-18,-13,  1,-23, -7,  0,-10,  3,  2,-12,-22, -9, -6,-12, -5, -1,-11,  6,-12; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-18,-31,-23, 13,-29,-21, 19,-25, 23, 13,-23,-26,-22,-20,-19, -7, 15,-16,  2,-23;
/M: SY='V';  M=  8,-21,-13,-27,-21,  0,-19,-21, 10,-20,  8,  4,-19,-22,-19,-20, -8, -3, 14,-19, -6,-20;
/M: SY='T';  M=  8, -6, -8,-10, -9,-13, -9,-15,-11,-12,-15,-11, -1,-13, -9,-13, 20, 21, -1,-32,-15, -9;
/M: SY='G';  M= 10,-10, -9,-14,-16,-21, 22,-20,-22,-16,-19,-14, -5,-18,-16,-18,  6, -5,-11,-26,-23,-16;
/M: SY='S';  M=  5, -3,-13, -5, -8,-19, 11,-12,-23,-13,-23,-16,  2,-15, -8,-14, 16,  3,-14,-29,-17, -8;
/M:         M= -4, -2,-21, -2, -1,-16,-10, -7,-17, -4,-14, -9, -2,-14, -3, -4, -1, -4,-14,-18, -8, -2;
/M: SY='D';  M=-16, 39,-28, 52, 16,-35, -8,  0,-35,  0,-28,-26, 19,-11,  1, -8,  2, -7,-27,-37,-19,  9;
/M: SY='G';  M= -5, -1,-22, -4, -6,-22, 11, -5,-27, -1,-23,-13,  6,-16, -4,  1,  1, -8,-22,-24,-16, -6;
/M: SY='T';  M= -3, -2,-17, -6, -4,-14,-16, -8,-11, -4,-12, -7,  0,-15, -2, -4,  6, 11, -7,-27, -9, -3;
/M: SY='I';  M= -2,-27,-14,-32,-25,  0,-30,-26, 27,-24, 17, 12,-23,-24,-22,-23,-15, -5, 26,-23, -6,-25;
/M: SY='R';  M=-10, -7,-23,-10, -3,-15,-19, -5,-16, 13,-14, -5, -3,-17,  2, 18, -7, -6,-12,-20, -5, -2;
/M: SY='I';  M= -7,-27,-18,-31,-24,  6,-30,-22, 23,-24, 19, 13,-23,-26,-21,-20,-17, -6, 22,-20, -1,-24;
/M: SY='W';  M=-19,-35,-42,-36,-28, 17,-22,-21,-13,-20,-12,-14,-34,-29,-20,-18,-33,-24,-22,109, 32,-21;
/M: SY='D';  M=-11, 26,-24, 32, 12,-29, -9, -1,-29,  2,-26,-21, 16,-11,  3, -3,  4, -4,-24,-34,-17,  7;
/M: SY='L';  M= -5,-20,-19,-24,-18,  0,-23,-18,  9,-18, 10,  6,-18,-18,-16,-16,-12, -3,  8,-17, -3,-17;
/M: SY='R';  M= -6,  1,-23,  1,  4,-20,-13, -5,-19,  3,-17,-11,  2, -9,  3,  5,  1, -2,-15,-26,-13,  2;
/M: SY='S';  M= -3,  3,-19,  0,  0,-18,-10, -8,-18, -2,-18,-12,  5,-11, -1, -3,  8,  8,-13,-28,-13, -1;
/M: SY='G';  M= -4, -4,-23, -5, -5,-19,  4,-10,-20, -7,-17,-10, -1,-11, -6, -7, -1, -7,-17,-23,-15, -6;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-22,  0,  6,-21,-13, -6,-19,  4,-18,-11,  1,-10,  4,  3,  1, -2,-16,-25,-12,  4;
/M:         M= -6, -9,-10,-11, -5,-14,-18,-11,-11, -7, -9, -6, -8,-11, -6, -6, -6, -4, -9,-25,-11, -6;
/M: SY='V';  M= -5,-13,-20,-15, -9, -9,-21,-15,  2,-11,  1,  1,-11,-14, -9,-10, -7, -2,  3,-24, -9,-10;
/M:         M= -6, -8,-21, -9, -5,-13,-15, -3,-12, -3,-10, -4, -5,-15, -2, -1, -5, -5,-10,-20, -5, -4;
/M: SY='T';  M= -4, -6,-18, -8, -4,-13,-17,-11, -9, -5,-10, -6, -4,-13, -4, -5,  2,  5, -4,-26,-10, -5;
/I:         E1=0;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	7'263 in 2'102 different sequences
Number of true positive hits	7'261 in 2'100 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	2 in 2 different sequences
Number of false negative sequences	524
Number of 'partial' sequences	1

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.97 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	93.27 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	15
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	REPEAT
Feature description [info]	WD
Version [info]	8

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	2100 sequences A16L1_CAEEL (Q19124), A16L1_HUMAN (Q676U5), A16L1_MOUSE (Q8C0J2), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	524 sequences 2AB1_CAEEL (G5EDR3), 2ABA_ARATH (Q38821), 2ABA_CANTR (P53031), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	1 sequence NBEA_CHICK (Q9DDD5)
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	2 sequences APC4_DICDI (Q54NI1), NCAP_LASSJ (P13699)
PDB [Detailed view]	2518 PDB 1A0R; 1B9X; 1B9Y; 1ERJ; 1GG2; 1GOT; 1GP2; 1GXR; 1K8K; 1NEX; 1NR0; 1OMW; » more