PROSITE entry PS50071

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50071
Entry name [info]	HOMEOBOX_2
Accession [info]	PS50071
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-1997 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00027
Associated ProRule [info]	PRU00108

Name and characterization of the entry

Description [info]

'Homeobox' domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1179000; R2=0.0161953; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3296.3750000; R2=2.4588416; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=456; H_SCORE=4418; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=333; H_SCORE=4115; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M= -4, -4,-23, -5, -2,-21, -3, -8,-21,  1,-20,-12,  0,-10, -1,  2,  1, -5,-17,-22,-14, -2;
/M: SY='R';  M= -7,  1,-25,  1,  4,-24,-13, -4,-22, 10,-20,-10,  1, -9,  5, 11, -1, -5,-17,-26,-14,  3;
/M: SY='R';  M= -5, -2,-25, -2,  1,-24, -7, -7,-23,  8,-22,-12,  2, -6,  4,  9,  0, -5,-18,-26,-16,  1;
/M: SY='R';  M=-12, -5,-26, -6,  2,-21,-17, -6,-25, 23,-22,-10, -1,-11,  5, 31, -6, -6,-18,-21,-11,  2;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-28, -6,  4,-23,-15, -6,-26, 25,-22,-11,  0,-14,  7, 35, -6, -8,-18,-20,-11,  3;
/M: SY='K';  M= -7, -6,-26, -6,  0,-21,-14, -9,-19, 11,-20,-10, -2,  0,  0,  8, -3, -4,-15,-24,-13, -2;
/M: SY='R';  M=-16, -9,-28, -9,  0,-21,-18, -2,-28, 27,-20, -9, -1,-17,  9, 54, -9, -9,-19,-20, -9,  1;
/M: SY='T';  M= -4, -6,-14,-11, -9,-11,-17,-12,-11, -6, -9, -7, -4,-14, -6, -2,  7, 21, -4,-26, -8, -8;
/M: SY='T';  M=  1, -8,-16,-12, -8,-13,-14,-12,-11, -3,-12, -8, -3,-13, -7,  1,  4,  5, -5,-27,-13, -9;
/M: SY='F';  M=-14,-24,-23,-30,-23, 35,-29,-12,  8,-23, 12,  5,-18,-25,-23,-18,-19, -9,  2,  0, 22,-23;
/M: SY='T';  M=  0,  3,-17, -1,  1,-19,-10,-12,-18, -5,-20,-15,  5, -4, -4, -8, 16, 22,-12,-32,-16, -2;
/M: SY='E';  M= -4,  1,-24,  2,  4,-23,-12, -8,-19,  3,-19,-13,  0, -1,  0,  1,  2, -1,-15,-28,-16,  1;
/M: SY='E';  M= -5,  2,-25,  3, 11,-18,-15,  1,-18,  0,-15,-11,  1,-11,  4, -3, -2, -5,-17,-24, -7,  7;
/M: SY='Q';  M= -3, -4,-25, -4, 12,-30,-19,  1,-14,  3,-16, -3, -3,-11, 34,  1,  1, -5,-18,-22,-10, 23;
/M: SY='L';  M= -7,-20,-20,-22,-15, -4,-26,-19,  9,-11, 14,  7,-17,-22,-13, -5,-13, -1,  9,-23, -6,-15;
/M: SY='E';  M= -5, -3,-24, -3,  4,-18,-13, -4,-16,  0,-12, -8, -2,-12,  4,  1, -2, -4,-15,-23,-10,  3;
/M: SY='E';  M= -1,-10,-21,-11,  3,-12,-19,-12, -5, -5, -6, -4, -9,-13, -3, -5, -3, -2, -3,-23,-10, -1;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-19,-30,-20, 10,-29,-19, 19,-29, 47, 21,-29,-30,-19,-20,-29,-10,  9,-19,  0,-20;
/M: SY='E';  M=-11,  5,-29, 10, 35,-26,-20,  1,-26, 14,-18,-13,  0, -7, 17, 10, -4,-10,-25,-25,-13, 25;
/M: SY='K';  M= -1,  2,-23,  0,  6,-24,-14, -5,-21, 15,-21,-10,  3,-12,  7, 11,  1, -3,-16,-25,-13,  6;
/M: SY='E';  M= -5,-10,-22,-10,  4, -9,-19, -2,-14, -5,-11, -8, -9,-16, -2, -5, -5, -6,-12, -5,  2,  0;
/M: SY='F';  M=-19,-29,-22,-37,-28, 68,-30,-15,  1,-27, 10,  1,-21,-30,-35,-19,-21,-10, -1, 13, 34,-28;
/M: SY='Q';  M= -5, -2,-24, -2,  7,-19,-17,  4,-16,  3, -9, -4, -2,-15,  8,  2, -6, -8,-16,-23, -7,  7;
/M: SY='E';  M= -8, -5,-23, -6,  3,-11,-20, -5,-13,  2,-11, -6, -4,-16,  2,  2, -5, -5,-11,-20, -4,  2;
/I:         I=-8; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='N';  M= -9, 17,-13,  9,  2,-22, -9,  5,-22, -2,-24,-15, 23,-17,  4, -3,  6,  0,-23,-32,-14,  3;
/M: SY='P';  M= -7, -5,-28, -4,  3,-26,-16, -2,-22,  6,-24,-11, -2, 15,  6,  6, -2, -6,-22,-27,-16,  2;
/M: SY='Y';  M=-15,-13,-28,-15,-13, 13,-25, 10, -8,  0, -7, -4,-10,-25, -6,  0,-13, -7,-12, 10, 46,-13;
/M: SY='P';  M=-10,-24,-32,-19, -9,-14,-25,-21, -1,-18,  0, -3,-24, 40,-15,-21,-17,-10,-10,-26,-18,-15;
/M: SY='S';  M=  1,  8,-13,  6,  0,-20, -7,-10,-20, -7,-22,-17,  9,-11, -4, -9, 20, 19,-12,-34,-17, -2;
/M: SY='R';  M= -4, -7,-24, -6,  2,-21,-14, -9,-17,  5,-16,-10, -5, -5,  0,  8, -2, -5,-12,-24,-14,  0;
/M: SY='E';  M= -4, -1,-25,  1, 13,-23,-15, -3,-21,  5,-17,-10, -3, -5,  9,  2, -1, -6,-18,-24,-12, 10;
/M: SY='E';  M=-10,  3,-26,  7, 17,-25,-18, -4,-22, 11,-17,-10,  0,-11, 10, 14, -3, -6,-17,-26,-14, 13;
/M: SY='R';  M=-15,-12,-28,-14, -4,-16,-23, -8,-14, 19,-11, -3, -6,-19,  3, 35,-12,-10,-10,-19, -7, -4;
/M: SY='E';  M= -5, -4,-23, -4,  8,-18,-20, -7,-10, -1,-10, -6, -4,-13,  5, -1, -2, -3,-10,-24,-10,  6;
/M: SY='E';  M= -7,  2,-25,  4, 20,-24,-17,  0,-21,  7,-16, -9,  1,-10, 14,  6, -1, -5,-19,-26,-12, 16;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-23,-32,-23,  8,-32,-21, 27,-28, 38, 20,-27,-27,-20,-22,-26,-10, 16,-18,  1,-23;
/M: SY='A';  M= 35, -9,-11,-16, -9,-18, -2,-18, -9,-11,-12,-10, -7,-12, -9,-17, 13,  4,  0,-25,-19, -9;
/M: SY='Q';  M= -4,  1,-25,  1,  9,-23,-16,  1,-20,  9,-17, -9,  1,-13, 10,  9, -1, -6,-16,-25,-11,  9;
/M: SY='E';  M= -4, -2,-23, -2, 10,-22,-17, -5,-16,  5,-14, -6, -2,-12, 10,  3,  0, -2,-14,-25,-12, 10;
/M: SY='L';  M= -6,-22,-13,-25,-18,  3,-27,-21, 12,-24, 27, 10,-21,-25,-18,-18,-15,  4,  9,-23, -4,-18;
/I:         I=-4; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='G';  M= -6,  4,-23,  2, -4,-26, 16, -4,-28, -4,-24,-14, 10,-16, -3, -5,  1,-10,-24,-27,-19, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-20,-30,-20,  7,-29,-19, 20,-27, 40, 21,-27,-26,-18,-20,-26, -9, 11,-20,  0,-19;
/M: SY='T';  M= -2,  3,-17,  1,  2,-21,-12,-10,-19, -3,-21,-14,  4, -4,  0, -5, 14, 16,-13,-32,-16,  1;
/M: SY='E';  M= -9, -3,-28,  2, 18,-20,-21, -8,-17,  5,-14,-10, -6,  1,  4,  1, -5, -6,-16,-25,-13, 10;
/M: SY='R';  M= -6, -3,-22, -4,  2,-19,-15, -6,-20,  9,-17,-11,  1,-14,  3, 18,  1,  1,-14,-26,-12,  0;
/M: SY='Q';  M= -8, -4,-25, -4,  9,-29,-21,  1,-13,  6,-15, -2, -3,-14, 33,  9, -1, -5,-15,-23,-10, 20;
/M: SY='V';  M= -4,-29,-17,-32,-29,  0,-32,-29, 34,-23, 14, 13,-26,-26,-26,-22,-14, -4, 40,-26, -7,-29;
/M: SY='K';  M= -6, -1,-23, -2,  6,-26,-16, -6,-22, 20,-22, -9,  2,-13, 11, 16, -1, -4,-17,-24,-12,  8;
/M: SY='I';  M= -5,-12,-20,-19,-18, -7,-25,-18, 17,-14,  1,  4, -5,-21,-15,-16, -7, -1, 16,-27, -8,-18;
/M: SY='W';  M=-20,-39,-48,-40,-30, 14,-21,-29,-18,-21,-18,-18,-39,-30,-21,-20,-39,-29,-28,140, 30,-21;
/M: SY='F';  M=-19,-30,-20,-39,-29, 77,-30,-19,  1,-29, 10,  0,-20,-30,-39,-20,-20,-10,  1,  9, 30,-29;
/M: SY='Q';  M= -7, -4,-16, -7,  6,-29,-19,  0,-14,  2,-16, -1, -2,-14, 29,  1, -1, -7,-18,-24,-11, 17;
/M: SY='N';  M=-10, 35,-21, 19,  1,-21, -2,  8,-20,  0,-28,-19, 51,-18,  1, -1,  9,  0,-28,-38,-19,  1;
/M: SY='R';  M= -8, -7,-26, -9,  0,-21,-17, -2,-24, 20,-19, -8, -1,-16,  8, 40, -5, -5,-16,-21,-10,  1;
/M: SY='R';  M=-19,-10,-30,-10,  0,-19,-20,  0,-29, 28,-19, -9,  0,-20, 10, 65,-10, -9,-20,-20, -9,  0;
/M: SY='A';  M=  6,-10,-18,-16, -8,-13,-15, -6, -8, -2, -8,  2, -7,-16,  2,  1, -2, -2, -6,-18, -5, -4;
/M: SY='R';  M=-11, -4,-28, -4,  5,-24,-19, -6,-27, 35,-24,-10,  0,-14,  9, 37, -7, -7,-19,-20, -9,  5;
/M: SY='W';  M= -7,-10,-23,-10, -3,-10,-18, -8,-11, -9, -7, -5,-11,-18, -3,-10, -9, -9,-12,  1, -1, -3;
/M: SY='R';  M=-12, -6,-30, -7,  2,-23,-15, -8,-27, 31,-23, -9, -2,-14,  6, 34,-10,-11,-19,-15,-10,  2;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-27, -7,  0,-18,-19, -5,-22, 21,-19, -9, -1,-15,  4, 25, -8, -7,-16,-16, -7,  1;
/M: SY='Q';  M= -5, -3,-23, -4,  4,-21,-14, -6,-14,  2,-13, -7, -1,-10,  6,  2,  0, -4,-13,-27,-13,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	1'714 in 1'637 different sequences
Number of true positive hits	1'702 in 1'625 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	12 in 12 different sequences
Number of false negative sequences	54
Number of 'partial' sequences	6

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.30 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	96.92 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	4
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	Homeobox
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	1625 sequences ABDA_AEDAE (P29552), ABDA_ANOGA (O76762), ABDA_APIME (P15856), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	54 sequences ADN1A_DANRE (F1QLG5), ADN2A_DANRE (A4QP16), ADNP2_HUMAN (Q6IQ32), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	6 sequences BCD_DROSU (P55924), DLX1_RAT(Q64202), DLX2_RAT(Q64204), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	12 sequences CERS2_BOVIN (Q3ZBF8), CERS2_HUMAN (Q96G23), CERS2_MOUSE (Q924Z4), » more
PDB [Detailed view]	231 PDB 1AHD; 1AKH; 1APL; 1AU7; 1B72; 1B8I; 1BW5; 1CQT; 1DU0; 1DU6; 1E3O; 1ENH; » more