PROSITE entry PS50053

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50053
Entry name [info]	UBIQUITIN_2
Accession [info]	PS50053
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-1997 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00271
Associated ProRule [info]	PRU00214

Name and characterization of the entry

Description [info]

Ubiquitin domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=76;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=71;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.1843000; R2=0.0217754; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3386.7353516; R2=3.7062781; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=382; H_SCORE=4803; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=291; H_SCORE=4465; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M= -5,-24,-21,-28,-20,  0,-25,-18, 18,-18, 15, 22,-23,-23,-14,-17,-17, -6, 16,-11, -2,-17;
/M: SY='Q';  M= -8,  4,-23,  5,  6,-23,-16, 10,-21,  1,-21,-10,  4,-13, 11,  2,  6,  2,-18,-27, -5,  7;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-21,-34,-27,  3,-34,-27, 34,-27, 27, 17,-26,-26,-23,-24,-20, -7, 29,-23, -3,-27;
/M: SY='T';  M= -9, -3,-18,-12,-10,  4,-20,-12, -8, -8, -3, -5,  3,-19,-10, -6, -1, 12, -7,-21, -3, -9;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-15,-31,-26,  7,-31,-26, 26,-25, 25, 14,-29,-29,-26,-21,-18, -5, 32,-24, -4,-26;
/M: SY='K';  M=-11, -3,-28, -4,  4,-25,-19,  0,-25, 31,-24, -6, -1, -9,  7, 25, -7, -7,-18,-22, -8,  5;
/M: SY='T';  M= -1, -4,-16,-12,-12,-10,-18, -9,  0,-10, -6,  0,  1,-17, -9,-10,  4, 11,  3,-29,-10,-11;
/I:         MD=-17;
/M: SY='L';  M= -9,-16,-24,-17, -8, -6,-23,-14,  2,-10,  7,  5,-13,-11, -6, -7,-12, -6, -2,-23, -7, -8;
/I:         MD=-17;
/M: SY='Q';  M= -7,  7,-23,  6,  3,-26, -3, -3,-23,  4,-20,-10,  7,-13, 10,  5,  2, -2,-20,-25,-14,  6; D=-3;
/I:         MD=-17;
/M: SY='G';  M= -1,  1,-26,  2,  3,-30, 14, -1,-28, -3,-23,-12,  2,-13,  9, -6,  1,-11,-24,-22,-17,  6; D=-3;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='Q';  M=-12,  7,-25,  8, 10,-22,-14,  7,-25,  9,-21,-11,  7,-13, 12, 12, -1, -5,-22,-25, -9, 10; D=-3;
/I:         DM=-17;
/M: SY='T';  M= -3, -1,-19, -1,  2,-18,-13,-13,-12, -5,-13,-10, -2,-13, -3, -8,  9, 11, -6,-30,-14, -1;
/I:         DM=-17;
/M: SY='I';  M= -6,-15,-21,-22,-18,  5,-23,-11,  7,-18,  1,  1, -7,-21,-15,-14, -6, -3,  5,-16,  0,-17;
/M: SY='E';  M= -6, -5,-21, -5, 10,-14,-21,-12,-11, -2,-11, -9, -5, -7,  2, -6,  3,  8, -8,-26,-11,  6;
/M: SY='I';  M= -8,-24,-20,-28,-22, 12,-29,-15, 17,-21, 13,  9,-21,-25,-19,-18,-15, -4, 17,-16,  7,-21;
/M: SY='E';  M=-10,  9,-24, 11, 15,-15,-17, -2,-21, -3,-17,-15,  5,-11,  3, -4,  4,  2,-18,-28,-10,  9;
/M: SY='V';  M= -5,-26,-19,-30,-25, 12,-20,-23, 15,-23, 13, 11,-22,-25,-24,-20,-14, -6, 18,-18, -1,-24;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-25,  3,  9,-22, -9, -9,-26,  9,-23,-15,  1, -7,  4,  6,  3, -1,-19,-26,-15,  6;
/M: SY='P';  M= -5,-13,-26,-11, -4,-16,-15,-16, -5,-13, -6, -6,-11,  8,-10,-13, -6, -6, -7,-28,-17, -9;
/M: SY='S';  M= -1,  2,-21,  3, 10,-26,-10, -8,-23,  6,-24,-14,  3, -9, 10,  1, 13,  8,-17,-29,-15, 10;
/M: SY='E';  M= -8,  8,-27, 12, 13,-24,-14, -3,-21,  3,-18, -7,  2, -7,  8, -2, -2, -7,-20,-22,-14, 10;
/M: SY='T';  M=  0, -2,-13, -9, -8,-13,-18,-17,-10,-10,-12,-10,  0, -7, -7,-10, 17, 35, -2,-31,-12, -8;
/M: SY='V';  M= -2,-25,-14,-29,-27, -1,-30,-27, 28,-20,  9, 11,-24,-25,-24,-20, -8,  5, 38,-28, -8,-26;
/M: SY='Q';  M=  0, -6,-22, -6,  0,-15,-11, -5,-16, -3,-12, -8, -4,-10,  3, -6,  1, -4,-14,-23, -8,  1;
/M: SY='E';  M= -8, -1,-24,  1, 12,-20,-20,  4,-12, -5, -7, -5, -2,-14,  8, -6, -3, -6,-12,-28, -9,  9;
/M: SY='L';  M=-10,-25,-22,-28,-19,  7,-30,-20, 16,-19, 27, 13,-22,-25,-17,-12,-22, -7, 10,-19,  0,-19;
/M: SY='K';  M= -8, -2,-29, -3,  7,-28,-20,-11,-25, 42,-26, -9, -1,-11,  8, 27,-10,-10,-17,-20,-10,  7;
/M: SY='E';  M= -1, -1,-23,  0, 11,-22,-17, -6,-15,  2, -9, -7, -3,-13, 11,  0, -3, -5,-14,-25,-13, 10;
/M: SY='H';  M=-10, -9,-26,-11, -2,-19,-22, 13,-11,  8, -8,  6, -6,-17, 10,  6,-11,-11,-11,-22, -2,  3;
/I:         MD=-25;
/M: SY='I';  M= -7,-22,-24,-26,-18, -4,-27,-23, 25,-22, 14, 10,-17,-22,-17,-21,-15, -8, 19,-24, -7,-20;
/I:         MD=-25;
/M: SY='E';  M=  8, -1,-20, -3, 12,-22,-12, -3,-17,  0,-16,-11,  0, -9,  8, -1,  6, -1,-14,-25,-15,  9; D=-5;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -7,  6,-27, 11, 13,-29, -1, -3,-28,  4,-24,-15,  3,-11, 12,  1,  2, -8,-25,-25,-14, 12;
/I:         DM=-25;
/M: SY='R';  M= -5, -7,-24, -7,  4,-19,-18,-10,-14,  8,-13, -8, -4,-10,  1, 13, -3, -5,-10,-25,-13,  1;
/M: SY='E';  M=-10, -2,-26, -2,  8,-18,-19, -7, -6, -4, -7, -2, -4,-13,  6, -7, -6, -5, -9,-23, -7,  6;
/M: SY='G';  M=  5, -4,-24, -7, -9,-26, 33,-15,-30, -9,-26,-17,  3,-16,-10,-10,  7, -7,-22,-24,-24,-10;
/M: SY='V';  M= -7,-23,-15,-27,-22, -1,-28,-22, 17,-15,  3,  9,-18,-19,-18,-14,-10, -4, 19,-24, -6,-21;
/M: SY='P';  M= -9, -9,-33, -2,  7,-27,-19,  1,-21, -5,-23,-14, -9, 40,  2, -9, -7,-10,-26,-29,-18,  1;
/M: SY='P';  M=  0,-13,-23,-12, -4,-17,-18,-15, -2,-10, -9,  0,-13,  9, -6,-14, -2, -2, -1,-28,-16, -6;
/M: SY='D';  M= -2, 13,-22, 15,  9,-21,  2, -7,-26, -6,-23,-20, 11,-12, -3,-10,  8, -4,-21,-30,-18,  3;
/M: SY='Q';  M= -9,  3,-26,  4,  9,-19,-10, -4,-23,  4,-20,-11,  3,-13, 13,  3,  1, -6,-21,-24,-11, 11;
/M: SY='Q';  M=-11, -9,-28,-11,  6,-21,-24,  0, -5, -2, -6,  5, -7,-15, 34,  0, -7,-10,-16,-18, -5, 20;
/M: SY='R';  M=-12,-11,-28,-12, -3,-19,-20, -9,-22, 25,-19, -9, -7,-18,  3, 38,-11,-10,-13, -8, -8, -2;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-19,-31,-23, 19,-30,-21, 18,-29, 40, 16,-29,-30,-24,-20,-26, -9, 13,-17,  3,-23;
/M: SY='I';  M= -5,-24,-24,-30,-21,  0,-30,-19, 25,-23, 21, 15,-19,-22,-13,-21,-16, -6, 14,-18,  1,-19;
/I:         MD=-20;
/M: SY='F';  M=-13,-22,-23,-26,-20, 34,-26, -2, -1,-16,  5,  1,-17,-27,-20,-13,-16, -8, -3,  5, 34,-20;
/I:         I=-8; MI=-15; IM=-15; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='E';  M=  4,  9,-23, 13, 14,-29, -6, -7,-26,  5,-23,-17,  4, -9,  8, -4,  7, -4,-20,-29,-18, 11;
/I:         DM=-20;
/M: SY='G';  M= -1, -6,-29, -6,-17,-30, 62,-19,-39,-19,-29,-20,  1,-19,-19,-19,  1,-17,-29,-21,-29,-18;
/M: SY='K';  M= -7, -8,-27,-10,  0,-21,-21, -9,-14, 21,-15, -2, -5,-15,  7, 20, -8, -8,-10,-21, -9,  2;
/M: SY='V';  M= -7,-19,-24,-20,-10, -6,-25,-16,  2,-10, -1,  0,-16, -6, -8, -4,-10, -6,  3,-22, -8,-10;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-32,-22,  7,-31,-21, 25,-29, 42, 21,-28,-28,-20,-21,-27,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-27,  9, 19,-29,-16,  3,-25, 13,-21,-11,  5,-10, 18,  9, -1, -8,-23,-27,-13, 18;
/M: SY='D';  M=-11, 40,-27, 55, 18,-37, -9, -2,-36, -1,-28,-27, 16,-10,  0,-11,  3, -8,-26,-38,-20,  9;
/I:         MD=-20;
/M: SY='D';  M= -9, 15,-25, 16,  8,-26, -1,  1,-27,  1,-24,-15, 15,-13,  3, -2,  5, -4,-23,-32,-17,  5;
/I:         I=-8; MI=-15; IM=-15; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='Q';  M= -5, -6,-23, -9,  2,-19,-20, -3,-10,  6, -7,  1, -5,-16, 11,  4, -6, -4,-10,-23, -8,  6;
/I:         DM=-20;
/M: SY='T';  M= -1, -7,-11,-12, -9,-11,-19,-19,-12,-10,-13,-11, -5,  2,-11,-12, 11, 26, -6,-29,-13,-10;
/M: SY='L';  M= -7,-27,-21,-26,-18,  0,-27,-20, 15,-23, 26, 13,-26,-11,-18,-19,-20, -7, 11,-24, -7,-19;
/M: SY='S';  M=  4, -1,-21, -1,  3,-26,  5,-10,-25,  0,-23,-15,  2,-12,  3, -1, 10,  0,-18,-27,-19,  2;
/M: SY='D';  M= -6, 16,-26, 24, 24,-24,-14, -2,-27,  0,-21,-19,  5, -8,  7, -7,  3, -6,-23,-28,-13, 16;
/M: SY='Y';  M= -9,-21,  6,-24,-20,  7,-27, -5, -2,-19,  8,  0,-21,-30,-14,-17,-17, -9, -4, -7, 23,-19;
/M: SY='G';  M= -7,  8,-28,  6, -7,-28, 30,  0,-34, -6,-29,-18, 15,-18, -8, -7,  0,-14,-29,-27,-20, -8;
/M: SY='I';  M= -9,-28,-22,-34,-25,  7,-31,-21, 30,-25, 26, 25,-24,-25,-19,-21,-21, -8, 22,-20,  0,-23;
/M: SY='E';  M= -2,  5,-24,  6, 15,-27, -9, -6,-23,  5,-21,-13,  3,-10, 11, -1,  4, -1,-19,-27,-16, 13;
/M: SY='D';  M= -7, 16,-28, 25, 17,-31,-12, -7,-29,  1,-27,-22,  6, 12,  1, -8,  3, -6,-25,-34,-21,  8;
/M: SY='G';  M= -4, -2,-27, -2,  1,-25, 15,-10,-26, -4,-18,-12,  1,-16,  0, -4, -2,-11,-22,-24,-19,  0;
/M: SY='B';  M= -2, 12, -5,  9, -1,-23,-11, -4,-21, -8,-21,-15, 10,-15, -2,-10, 11,  8,-15,-35,-16, -2;
/M: SY='T';  M= -2, -8,-17,-13, -6, -7,-20,-15, -7, -6, -9, -6, -5,-14, -4, -5,  7, 16, -1,-25, -8, -5;
/M: SY='V';  M= -5,-28,-18,-32,-27,  1,-33,-28, 32,-24, 19, 14,-25,-26,-24,-23,-15, -2, 34,-25, -5,-27;
/M: SY='H';  M=-12, -8,-25, -8,  0, -8,-24, 18, -4,-11, -3,  4, -7,-18, -3,-10,-10, -9, -4,-23,  4, -4;
/M: SY='L';  M= -1,-24,-17,-27,-19,  4,-24,-19, 14,-19, 23, 15,-23,-25,-18,-16,-16, -4, 15,-21, -4,-18;
/M: SY='M';  M= -1,-15,-18,-20,-17, -7,-21, -1, 10,-13,  1, 13,-11,-22, -9,-13, -8, -6, 13,-24, -2,-14;
/M: SY='L';  M= -7,-18,-20,-18,-16, -7,-14,-18,  5,-14, 10,  7,-18,-25,-14,-10,-14, -8, 10,-24,-10,-16;
/M: SY='R';  M=-11, -1,-26, -1,  7,-22,-19, -1,-22, 16,-20,-10,  1,-13,  8, 23,  0,  0,-16,-25,-10,  5;
/M: SY='Q';  M= -9, -6,-26, -7,  6,-21,-16, -4,-12,  7, -5,  5, -6,-15, 14,  3,-10,-10,-15,-22, -9, 10;
/M: SY='R';  M= -9,-10,-15,-12, -7,-18,-20,-13,-16,  1,-14,-10, -5,  1, -5, 11, -4,  0,-13,-28,-15, -8;
/M: SY='G';  M= -2, -1,-26, -2, -9,-27, 33,-14,-33, -4,-29,-18,  5,-16, -9, -8,  6, -8,-24,-25,-23, -9;
/M: SY='G';  M=  3, -9,-28, -8, -8,-28, 39,-18,-32,-15,-28,-19, -3, -1,-13,-18,  2,-13,-26,-24,-28,-12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	787 in 505 different sequences
Number of true positive hits	779 in 497 different sequences
Number of 'unknown' hits	2 in 2 different sequences
Number of false positive hits	6 in 6 different sequences
Number of false negative sequences	57
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.24 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	93.18 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	11
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Ubiquitin-like
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	497 sequences ALP11_SCHPO (Q10235), ANR60_HUMAN (Q9BZ19), BAG1A_SCHPO (O60125), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	57 sequences BIRC6_HUMAN (Q9NR09), BIRC6_MOUSE (O88738), DDI1_CRYNB (P0CS15), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences	2 sequences ESC2_EREGS (Q756K3), ESC2_YEAST (Q06340)
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	6 sequences ANKUB_HUMAN (A6NFN9), CYSI_BACVZ (A7Z8R5), IKKB_HUMAN (O14920), » more
PDB [Detailed view]	1601 PDB 1A5R; 1AAR; 1BT0; 1C3T; 1CMX; 1D3Z; 1EUV; 1F9J; 1FXT; 1G6J; 1GJZ; 1IYF; » more