PROSITE entry PS50013

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50013
Entry name [info]	CHROMO_2
Accession [info]	PS50013
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-1995 CREATED; 08-NOV-2023 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00517
Associated ProRule [info]	PRU00053

Name and characterization of the entry

Description [info]

Chromo and chromo shadow domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=59;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=54;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4848000; R2=0.0181000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3396.3852539; R2=2.6844263; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=443; H_SCORE=4586; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=333; H_SCORE=4290; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-70; E1=-70; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y';  M=-16,-17,-26,-17,-13, 19,-27,  0, -3,-13,  4,  0,-17,-25,-12,-11,-18,-11, -6,  4, 28,-13;
/M: SY='E';  M=  3, -6,-20, -4,  9,-18,-18,-15, -7, -7,-11, -9, -9, -6, -4,-12,  3,  1,  0,-30,-17,  2;
/M: SY='V';  M=  3,-24,-21,-24,-17, -9,-23,-25,  9,-16, -1, -1,-23, -1,-19,-20,-10, -6, 14,-16,-12,-19;
/M: SY='E';  M=-10,  7,-31, 17, 53,-30,-16, -2,-30,  8,-21,-20, -1,  4, 17, -2, -1,-10,-30,-30,-21, 34;
/M: SY='R';  M=-10,  1,-24,  3,  7,-26,-17, -6,-29, 28,-24,-13,  1,-14,  7, 32, -6, -8,-19,-24,-13,  5;
/M: SY='I';  M= -9,-28,-26,-35,-27,  2,-35,-28, 36,-27, 16, 14,-21,-15,-21,-26,-17, -6, 25,-21, -2,-27;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-22,-28,-18,  2,-31,-21, 22,-21, 29, 16,-24,-25,-17,-16,-22, -9, 15,-22, -3,-19;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-20; MD=-20;
/M: SY='D';  M= -4, 14,-21, 21, 10,-32,  1, -7,-31, -1,-24,-20,  5,-12,  3, -6,  1,-10,-24,-30,-20,  6;
/M: SY='A';  M=  3, -8,-15,-13, -9,-17,-12,  1,-14, -4,-12, -6, -4,-17, -6, -2,  1,  2, -7,-26, -9, -9;
/M: SY='R';  M=-11, -4,-26, -6,  2,-21,-18, -6,-20, 18,-20, -9,  2,-15,  7, 29, -1, -1,-14,-25,-11,  2;
/M: SY='B';  M= -8,  5,-22,  5, -1,-20,-11, -9,-13,  2,-15, -6,  4,-17, -5, -2, -3, -5, -6,-30,-15, -3;
/M: SY='R';  M= -5, -2,-17, -4,  0,-22,-13, -9,-19,  7,-20,-12,  1,-12,  1, 10,  0, -3,-13,-28,-16, -1;
/M: SY='R';  M=-10,  5,-22,  2,  5,-27,-11, -4,-27, 21,-27,-13,  9,-15, 10, 22,  0, -6,-22,-27,-14,  7;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0;
/M: SY='G';  M= -2, -4,-25, -5,-10,-23, 40,-11,-31,-12,-25,-17,  5,-17,-11,-11,  3,-12,-25,-20,-20,-11; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='R';  M= -9,  1,-24,  1,  4,-21, -7, -6,-19,  6,-14, -8,  3,-14,  6,  8, -4, -5,-17,-23,-13,  4; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='L';  M=-10,-23,-21,-23,-16,  6,-25,-13,  9,-17, 16,  6,-21,-14,-16,-11,-17, -7,  6,-14,  6,-17; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='E';  M= -9,  0,-25,  3, 22,-18,-21, -5,-13,  2,-11, -4, -5, -9, 10, -4, -3, -5,-12,-25,-12, 16; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='Y';  M=-18,-25,-25,-30,-25, 46,-31, -2,  5,-20,  8,  2,-21,-29,-23,-16,-20,-10, -1, 15, 49,-25;
/M: SY='L';  M=-13,-26,-23,-28,-20, 19,-30,-11, 12,-23, 29, 12,-24,-28,-17,-15,-25,-10,  3, -7, 18,-19;
/M: SY='V';  M= -6,-29,-10,-32,-27,  1,-31,-25, 28,-24, 20, 17,-26,-27,-23,-22,-17, -6, 31,-26, -6,-26;
/M: SY='K';  M=-10, -1,-29, -1,  9,-29,-20, -8,-28, 42,-27, -9,  0,-11, 12, 29, -7, -6,-19,-21,-10, 10;
/M: SY='W';  M=-20,-39,-48,-40,-30, 15,-21,-29,-19,-21,-18,-19,-39,-30,-21,-20,-39,-29,-28,140, 30,-21;
/M: SY='K';  M= -7, -7,-25, -8,  3,-21,-21,-11,-16, 22,-11, -4, -7,-15,  6, 15,-10, -6,-11,-21, -9,  4;
/M: SY='G';  M= -4,  3,-29,  3,-12,-29, 49,-13,-37,-13,-30,-21, 10,-19,-14,-13,  1,-16,-30,-25,-27,-13;
/M: SY='Y';  M=-13,-21,-26,-21,-17, 15,-20, -4, -2,-16,  2, -2,-19,-26,-14,-14,-15, -8, -6, 16, 32,-17;
/M: SY='D';  M= -2, 14,-22, 18,  3,-28, -1, -4,-27, -7,-27,-21, 11, -2, -3,-12, 12,  1,-21,-35,-20, -1;
/M: SY='E';  M=-11,  9,-28, 12, 15,-19,-18, 13,-19, -2,-17,-11,  5,-13,  9, -5, -3, -9,-21,-21,  2, 10;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-20; IM=0;
/M: SY='A';  M=  5,  1,-18,  0, -1,-16, -9,-11,-14, -3,-14,-11,  0,-11, -4, -6,  4,  1,-10,-14,-11, -2; D=-5;
/I:         DM=-20;
/M: SY='E';  M=-12, 12,-26, 20, 29,-25,-16, 22,-28,  1,-20,-15,  6, -8, 10, -3,  0,-10,-26,-28, -6, 18; D=-5;
/I:         DM=-20;
/M: SY='N';  M= -9, 11, -7,  1, -7,-17,-12,  3,-14, -9,-14, -6, 19,-13, -6, -9, -3, -6,-18,-35,-15, -7;
/M: SY='T';  M=  0, -5,-11,-11,-11,-11,-18,-12, -6,-12,-11, -8, -3,-14,-10,-11, 17, 32,  5,-32,-10,-11;
/M: SY='W';  M=-17,-34,-45,-33,-24,  3,-21,-27,-17,-19,-17,-17,-34, -9,-18,-20,-32,-22,-26,101, 16,-18;
/M: SY='E';  M=  3,  5,-24, 10, 39,-27,-14, -5,-25,  4,-20,-18,  0, -3, 12, -5,  8, -3,-22,-30,-20, 26;
/M: SY='P';  M= -6, -5,-28, -2,  1,-25,-16,-15,-21,  0,-26,-17, -4, 35, -5, -8,  3,  5,-21,-31,-21, -4;
/M: SY='E';  M= -4, -5,-26, -1, 22,-19,-17, -8,-14, -1, -9,-10, -8, -7,  3, -6, -5, -9,-13,-24,-12, 12;
/M: SY='A';  M= 11, -1,-19, -2, 10,-20,-11,-12,-15, -3,-12,-12, -3,-10, -1,-10,  6,  2, -9,-27,-17,  4;
/M: SY='N';  M=-11, 25,-22, 16,  0,-18, -8,  7,-18, -4,-20,-14, 34,-19,  1, -4,  4, -1,-23,-33,-12,  0;
/M: SY='L';  M= -9,-25,-18,-29,-19,  0,-31,-21, 23,-21, 24, 17,-23,-24,-17,-18,-21, -9, 17,-23, -4,-19;
/M: SY='K';  M= -3, -2,-24,  0,  4,-22,-14,-13,-15,  6,-15, -9, -4, -9,  0, -2, -2, -4, -9,-27,-14,  1;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-25; MD=-25;
/M: SY='C';  M= -2, -5, 31, -8,-15,-17,-13,-14,-22,-19,-16,-15, -8,-25,-18,-22, -5,-10,-11,-34,-18,-17;
/M: SY='P';  M= -3,-14,-28,-12, -2,-21,-18,-13,-13, -6,-14, -8,-13, 28,  0,-10, -4, -4,-17,-25,-16, -3;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-26,  2, 15,-27,-20, -3,-19, 11,-17, -8, -2,-12, 21, 14, -2, -4,-16,-25,-12, 17;
/M: SY='M';  M= -8,-21,-14,-24,-16, -3,-26,-13,  9,-11, 16, 17,-20,-24, -9, -8,-19, -9,  6,-20, -2,-13;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-21,-30,-22,  3,-32,-21, 28,-23, 22, 17,-25,-25,-19,-20,-19, -7, 25,-20,  1,-22;
/M: SY='D';  M= -9,  1,-27,  4,  4,-19,-21, -9,-10,  3, -9, -7, -3,-14,  0,  0, -8, -9,-10,-24, -7,  1;
/M: SY='E';  M= -1,  8,-23,  5, 13,-21,-12,  6,-19, -1,-18,-12, 10,-12,  9, -2,  2, -6,-20,-27,-12, 10;
/M: SY='F';  M=-19,-26,-24,-32,-26, 57,-30, -5,  1,-22,  6,  0,-20,-30,-28,-16,-20,-10, -2, 16, 48,-26;
/M: SY='Y';  M=-15,-11,-22,-11,  1,  1,-25,  9,-13, -3, -8, -3,-11,-20,  5, -4,-13,-12,-17, -1, 21,  2;
/M: SY='K';  M= -7,  4,-26,  3, 17,-26,-16, -3,-25, 18,-22,-13,  6,-11, 12, 16,  0, -5,-21,-26,-14, 14;
/M: SY='R';  M=-10, -3,-26, -1, 14,-23,-17, -1,-25, 16,-20,-12,  0,-12, 10, 21, -1, -5,-20,-21,-11, 11;
/M: SY='R';  M=-13,  2,-27, -1,  4,-13,-17, 11,-21,  4,-16,-10,  8,-18,  6, 13, -6,-10,-22,-15, -1,  4;
/M: SY='Q';  M= -8, -5,-27, -5, -2,-19,-14, -6,-12,  0, -5, -3, -3,-13,  4, -1,-10,-10,-14,-24,-10,  0;
/M: SY='S';  M=  0, -4,-19, -6, -4,-16, -9, -8,-10, -8,-11, -3, -3,-14, -5,-10,  7,  7, -6,-29,-12, -5;
/M: SY='W';  M=-10,-10,-28,-10, -4, -8,-17,-13,-17,  3,-16,-11,-10,-18, -6,  1, -9, -6,-13,  9,  1, -4;
/M: SY='H';  M=-12,  0,-29,  3,  9,-20,-18, 11,-21,  5,-18, -8, -2, -5,  4,  4, -6, -8,-20,-23, -3,  4;
/M: SY='E';  M= -2, -1,-21, -2,  7,-21,-11,-10,-19,  2,-18,-12,  1, -5,  2,  0,  7,  6,-14,-28,-16,  4;
/M: SY='P';  M=-11, -3,-24, -1,  0,-20,-16, -6,-21, -2,-22,-15, -2, 12,  1, -4, -5, -6,-23,-17, -9, -1;
/M: SY='E';  M= -8, -2,-26, -1,  5,-16,-18, -9,-11, -6,-14, -9, -2,  5, -2, -8, -3, -6,-14,-28,-15,  0;
/M: SY='K';  M= -5, -1,-27, -1,  9,-22,-10, -7,-23, 14,-20,-12,  1, -7,  3,  9, -4, -8,-20,-22,-11,  5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH

PS52032

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	150 in 111 different sequences
Number of true positive hits	149 in 110 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	4
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.33 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	97.39 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Chromo
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	110 sequences CBX1_HUMAN (P83916), CBX1_MOUSE (P83917), CBX2_HUMAN (Q14781), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	4 sequences DCAF1_HUMAN (Q9Y4B6), DCAF1_MOUSE (Q80TR8), MSL3_DROME (P50536), MSL3_DROVI (Q9NBL2) » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	1 sequence GENL2_ARATH (Q9M2Z3)
PDB [Detailed view]	130 PDB 1AP0; 1DZ1; 1E0B; 1G6Z; 1GUW; 1KNA; 1KNE; 1PDQ; 1PFB; 1Q3L; 1S4Z; 1X32; » more